Неудача в GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Пт ноя 30, 2012 10:13 am

Постоянно обрывает вычесления для As4. Может кому сразу ошибку видно? Помогите, пожалуйста.

! File created by MacMolPlt 7.4.2
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=200 MULT=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=525600 MEMORY=11000000 KDIAG=3 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$STATPT OPTTOL=1e-005 NSTEP=200 Method=RFO DXMAX=0.0003 TRMAX=0.005
TRMIN=0.0005 $END
$DATA
Title
C1
As 33.0 0.07385 -0.15415 -0.08680
As 33.0 -1.44667 1.15734 0.80957
As 33.0 0.79958 1.87901 0.14929
As 33.0 0.69918 -2.27233 -0.49500
$END


***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED
UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Nov 30 08:50:39 2012
580000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME = 0.01 TOTAL CPU TIME = 1565.4 ( 26.1 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 1565.4 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение amge » Пт ноя 30, 2012 12:34 pm

Попробуйте убрать диффузные функции (DIFFSP=.TRUE.), может, они мешают сходимости.
Попробуйте немного другую стартовую геометрию, с симметрией.

Код: Выделить всё

  $data
  
  Cnv 2
 
  As  33.0    0.00000000   0.00000000   0.52660000
  As  33.0    1.18030000   0.00000000  -1.61240000
  As  33.0   -1.18030000   0.00000000  -1.61240000
  As  33.0    0.00000000   0.00000000   2.69820000
  $end
Наконец, читайте, как преодолеть проблемы со сходимостью в REFS.DOC

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Пт ноя 30, 2012 2:12 pm

Посмотрите, все ли в порядке с мультиплетностью (у таких кластеров часто основное состояние бывает высокоспиновым), поставьте soscf=.f. Очень рекомендую взять не 6-31 базис, а что-нибудь с релятивистским псевдопотенциалом или полноэлектронный релятивистский: мышьяк достаточно тяжелый атом, чтобы релятивистские эффекты начали сказываться.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение amge » Пт ноя 30, 2012 3:17 pm

Виктор Smile, а откуда Вы взяли свою структуру? Она очень горячая, на 86 ккал выше глобального минимума (тетраэдр). У таких горячих структур проблемы со сходимостью SCF - обычное дело (но и считать их почти никогда не имеет смысла).

Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Пт ноя 30, 2012 10:18 pm

amge, симметрия уменьшила время, но ошибка никуда не пропала. структура из списка. мне нужны расчеты для всех возможных стуктур As(x)S(4-x).
задание у меня вполне конкретное. Мне нужно показать, какие структуры могут иметь места, а какие нет. Строю в MacMolPlt. Как получить симметричные координаты, если не секрет?

sanya1024, результаты нужны в понедельник, а я с этим не сталкивался. 6-31 - это как часть задачи.

Может посоветуете литературу (если есть, то лучше по русски)?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Пт ноя 30, 2012 11:49 pm

По-русски ничего нет, скорее всего. А я говорю по собственному опыту и опыту коллег.
Эк Вас поставили... в неудобное положение: вынь да положь к понедельнику все возможные структуры кластеров сульфида мышьяка, да еще в неподходящем базисе. Вопрос к Вашему начальству: зачем так было задачу ставить? чтоб жизнь медом не казалась?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Сб дек 01, 2012 12:38 am

ну.. надо значит надо.
буду значит перебирать варианты. жаль, правда, времени много занимает

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение amge » Сб дек 01, 2012 4:32 pm

Виктор Smile писал(а):Как получить симметричные координаты, если не секрет?
Самым простым мне представляется симметризовать структуры в chemcraft (в нем же можно и строить их). Сам я использую программу symmetry. Еще, если гамессу подсунуть почти симметричную структуру и задать симметрию, то он вылетит с ошибкой, но при этом напечатает декартовы координаты переориентированные таким образом, что их легко будет сделать правильными вручную (обрезав лишние значащие цифры или удалив неуникальные атомы и при необходимости переставив оси координат).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Гесс » Сб дек 01, 2012 5:47 pm

в molecule можно

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение amge » Вс дек 02, 2012 12:21 pm

Гесс писал(а):в molecule можно
Гесс, что это за программа? Не смог найти...

Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Пн дек 03, 2012 5:55 pm

75% нужного я сделал и это хорошо.
amge, как я понимаю, при наличии симметрии считаться оно все должно с большей вероятностью позитивного исхода?
базис меняться не будет (параметры не изменяем).
chemcraft за денюжку)
symmetry скачал, но как понимаю для нее нужен выходной файл своеобразного формата? и получить его можно здесь: http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/inp2xyz/ ?
вместо скачанного файла выдает код, а что с ним делать, не понимаю=)
привык пользоваться калькулятором, а тут вон какие задачи...
Спасибо за ответы на нупские вопросы.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение VTur » Пн дек 03, 2012 6:38 pm

Если расчет все-равно не сходится, проверьте наименьший элемент интегралов перекрывания - проверка на ортогональность базиса. Или вышлите *inp и *out файлы, я поправлю руками.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Гесс » Пн дек 03, 2012 6:52 pm

amge писал(а):
Гесс писал(а):в molecule можно
Гесс, что это за программа? Не смог найти...
Найду архивы пришлю. У меня старая версия под виндоус (работает через Executor), есть красивая под Мак.

Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Пн дек 03, 2012 6:55 pm

VTur писал(а):....
Не могу с Вами говорить таким же языком, ибо не на столько хорошо знаю тему. честно говоря, хочется самому понять, а не чтоб за меня поправили.
значит мне нужно проверить перекрытие орбиталей ? :very_shuffle:
http://www.ex.ua/view_storage/353985425487

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Пн дек 03, 2012 11:55 pm

ChemCraft Lite бесплатный, ежличо :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Вт дек 04, 2012 12:12 am

Виктор Smile, диффузные функции из базиса убирали, ispher=1 добавляли? это надо сделать для всей серии расчетов, иначе энергии будут несопоставимы, как если бы Вы брали разные базисы. Без этих мер запросто возможна линейная зависимость базиса (при этом Гамесс напечатает те самые интегралы перекрывания, к-рые Вам советуют проверить, и укажет, что с ними что-то не так).
Мультиплетность проверяли?
KDIAG=3 -- из мануала: use JACOBI diagonalization (this is the slowest method) уберите этот ключ, он гарантированно вызовет проблемы.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2048
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение amge » Вт дек 04, 2012 9:42 am

Виктор Smile писал(а):amge, как я понимаю, при наличии симметрии считаться оно все должно с большей вероятностью позитивного исхода?
Думаю, что да, но точно не знаю (не проверял). Во всяком случае, будет быстрее.
Виктор Smile писал(а):базис меняться не будет (параметры не изменяем).
Ну и зря. Можно упереться и вообще не получить решения.
Виктор Smile писал(а):chemcraft за денюжку)
См. пост sanya1024 чуть выше. Кроме того, у полнофункциональной версии длительный пробный период, да и денюжка не шибко великая.
Виктор Smile писал(а):symmetry скачал, но как понимаю для нее нужен выходной файл своеобразного формата? и получить его можно здесь: http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/inp2xyz/ ?
вместо скачанного файла выдает код, а что с ним делать, не понимаю=)
Если chemcraft все же не устроит, но очень надо, пишите в личку, расскажу, как робить.

Виктор Smile
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение Виктор Smile » Чт фев 14, 2013 12:52 am

вернулся. спасибо за советы. в конце концов помогло и расчеты успешно были закончены. симмнетрию просто ручками делал (ставил атомы и ручками им придавал красивые круглые координаты).

собсно скоро нужно будет делать расчеты для 5 и более атомов. хотел наперед проконсультироваться. да и вообще какие нужны мощности? может есть какие-то "облачные" сервера для расчетов?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Неудача в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Сб фев 16, 2013 8:12 pm

GAMESS не особо прожорлив. Люди и на 8, и на 4 ядрах считают, но кластеры (хотя бы на 4-8 узлов) лучше. 5 атомов -- обычная PC-шка, даже одноядерная скушает -- не подавится.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 22 гостя