Неудача в GAMESS
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Неудача в GAMESS
Постоянно обрывает вычесления для As4. Может кому сразу ошибку видно? Помогите, пожалуйста.
! File created by MacMolPlt 7.4.2
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=200 MULT=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=525600 MEMORY=11000000 KDIAG=3 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$STATPT OPTTOL=1e-005 NSTEP=200 Method=RFO DXMAX=0.0003 TRMAX=0.005
TRMIN=0.0005 $END
$DATA
Title
C1
As 33.0 0.07385 -0.15415 -0.08680
As 33.0 -1.44667 1.15734 0.80957
As 33.0 0.79958 1.87901 0.14929
As 33.0 0.69918 -2.27233 -0.49500
$END
***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED
UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Nov 30 08:50:39 2012
580000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME = 0.01 TOTAL CPU TIME = 1565.4 ( 26.1 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 1565.4 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%
! File created by MacMolPlt 7.4.2
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=200 MULT=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=525600 MEMORY=11000000 KDIAG=3 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$STATPT OPTTOL=1e-005 NSTEP=200 Method=RFO DXMAX=0.0003 TRMAX=0.005
TRMIN=0.0005 $END
$DATA
Title
C1
As 33.0 0.07385 -0.15415 -0.08680
As 33.0 -1.44667 1.15734 0.80957
As 33.0 0.79958 1.87901 0.14929
As 33.0 0.69918 -2.27233 -0.49500
$END
***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED
UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Nov 30 08:50:39 2012
580000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME = 0.01 TOTAL CPU TIME = 1565.4 ( 26.1 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 1565.4 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 100.00%
Re: Неудача в GAMESS
Попробуйте убрать диффузные функции (DIFFSP=.TRUE.), может, они мешают сходимости.
Попробуйте немного другую стартовую геометрию, с симметрией.Наконец, читайте, как преодолеть проблемы со сходимостью в REFS.DOC
Попробуйте немного другую стартовую геометрию, с симметрией.
Код: Выделить всё
$data
Cnv 2
As 33.0 0.00000000 0.00000000 0.52660000
As 33.0 1.18030000 0.00000000 -1.61240000
As 33.0 -1.18030000 0.00000000 -1.61240000
As 33.0 0.00000000 0.00000000 2.69820000
$endRe: Неудача в GAMESS
Посмотрите, все ли в порядке с мультиплетностью (у таких кластеров часто основное состояние бывает высокоспиновым), поставьте soscf=.f. Очень рекомендую взять не 6-31 базис, а что-нибудь с релятивистским псевдопотенциалом или полноэлектронный релятивистский: мышьяк достаточно тяжелый атом, чтобы релятивистские эффекты начали сказываться.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Неудача в GAMESS
Виктор Smile, а откуда Вы взяли свою структуру? Она очень горячая, на 86 ккал выше глобального минимума (тетраэдр). У таких горячих структур проблемы со сходимостью SCF - обычное дело (но и считать их почти никогда не имеет смысла).
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Re: Неудача в GAMESS
amge, симметрия уменьшила время, но ошибка никуда не пропала. структура из списка. мне нужны расчеты для всех возможных стуктур As(x)S(4-x).
задание у меня вполне конкретное. Мне нужно показать, какие структуры могут иметь места, а какие нет. Строю в MacMolPlt. Как получить симметричные координаты, если не секрет?
sanya1024, результаты нужны в понедельник, а я с этим не сталкивался. 6-31 - это как часть задачи.
Может посоветуете литературу (если есть, то лучше по русски)?
задание у меня вполне конкретное. Мне нужно показать, какие структуры могут иметь места, а какие нет. Строю в MacMolPlt. Как получить симметричные координаты, если не секрет?
sanya1024, результаты нужны в понедельник, а я с этим не сталкивался. 6-31 - это как часть задачи.
Может посоветуете литературу (если есть, то лучше по русски)?
Re: Неудача в GAMESS
По-русски ничего нет, скорее всего. А я говорю по собственному опыту и опыту коллег.
Эк Вас поставили... в неудобное положение: вынь да положь к понедельнику все возможные структуры кластеров сульфида мышьяка, да еще в неподходящем базисе. Вопрос к Вашему начальству: зачем так было задачу ставить? чтоб жизнь медом не казалась?
Эк Вас поставили... в неудобное положение: вынь да положь к понедельнику все возможные структуры кластеров сульфида мышьяка, да еще в неподходящем базисе. Вопрос к Вашему начальству: зачем так было задачу ставить? чтоб жизнь медом не казалась?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Re: Неудача в GAMESS
ну.. надо значит надо.
буду значит перебирать варианты. жаль, правда, времени много занимает
буду значит перебирать варианты. жаль, правда, времени много занимает
Re: Неудача в GAMESS
Самым простым мне представляется симметризовать структуры в chemcraft (в нем же можно и строить их). Сам я использую программу symmetry. Еще, если гамессу подсунуть почти симметричную структуру и задать симметрию, то он вылетит с ошибкой, но при этом напечатает декартовы координаты переориентированные таким образом, что их легко будет сделать правильными вручную (обрезав лишние значащие цифры или удалив неуникальные атомы и при необходимости переставив оси координат).Виктор Smile писал(а):Как получить симметричные координаты, если не секрет?
Re: Неудача в GAMESS
в molecule можно
Re: Неудача в GAMESS
Гесс, что это за программа? Не смог найти...Гесс писал(а):в molecule можно
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Re: Неудача в GAMESS
75% нужного я сделал и это хорошо.
amge, как я понимаю, при наличии симметрии считаться оно все должно с большей вероятностью позитивного исхода?
базис меняться не будет (параметры не изменяем).
chemcraft за денюжку)
symmetry скачал, но как понимаю для нее нужен выходной файл своеобразного формата? и получить его можно здесь: http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/inp2xyz/ ?
вместо скачанного файла выдает код, а что с ним делать, не понимаю=)
привык пользоваться калькулятором, а тут вон какие задачи...
Спасибо за ответы на нупские вопросы.
amge, как я понимаю, при наличии симметрии считаться оно все должно с большей вероятностью позитивного исхода?
базис меняться не будет (параметры не изменяем).
chemcraft за денюжку)
symmetry скачал, но как понимаю для нее нужен выходной файл своеобразного формата? и получить его можно здесь: http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/inp2xyz/ ?
вместо скачанного файла выдает код, а что с ним делать, не понимаю=)
привык пользоваться калькулятором, а тут вон какие задачи...
Спасибо за ответы на нупские вопросы.
Re: Неудача в GAMESS
Если расчет все-равно не сходится, проверьте наименьший элемент интегралов перекрывания - проверка на ортогональность базиса. Или вышлите *inp и *out файлы, я поправлю руками.
После отстоя требуйте долива
Re: Неудача в GAMESS
Найду архивы пришлю. У меня старая версия под виндоус (работает через Executor), есть красивая под Мак.amge писал(а):Гесс, что это за программа? Не смог найти...Гесс писал(а):в molecule можно
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Re: Неудача в GAMESS
Не могу с Вами говорить таким же языком, ибо не на столько хорошо знаю тему. честно говоря, хочется самому понять, а не чтоб за меня поправили.VTur писал(а):....
значит мне нужно проверить перекрытие орбиталей ?
http://www.ex.ua/view_storage/353985425487
Re: Неудача в GAMESS
ChemCraft Lite бесплатный, ежличо 
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Неудача в GAMESS
Виктор Smile, диффузные функции из базиса убирали, ispher=1 добавляли? это надо сделать для всей серии расчетов, иначе энергии будут несопоставимы, как если бы Вы брали разные базисы. Без этих мер запросто возможна линейная зависимость базиса (при этом Гамесс напечатает те самые интегралы перекрывания, к-рые Вам советуют проверить, и укажет, что с ними что-то не так).
Мультиплетность проверяли?
KDIAG=3 -- из мануала: use JACOBI diagonalization (this is the slowest method) уберите этот ключ, он гарантированно вызовет проблемы.
Мультиплетность проверяли?
KDIAG=3 -- из мануала: use JACOBI diagonalization (this is the slowest method) уберите этот ключ, он гарантированно вызовет проблемы.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Неудача в GAMESS
Думаю, что да, но точно не знаю (не проверял). Во всяком случае, будет быстрее.Виктор Smile писал(а):amge, как я понимаю, при наличии симметрии считаться оно все должно с большей вероятностью позитивного исхода?
Ну и зря. Можно упереться и вообще не получить решения.Виктор Smile писал(а):базис меняться не будет (параметры не изменяем).
См. пост sanya1024 чуть выше. Кроме того, у полнофункциональной версии длительный пробный период, да и денюжка не шибко великая.Виктор Smile писал(а):chemcraft за денюжку)
Если chemcraft все же не устроит, но очень надо, пишите в личку, расскажу, как робить.Виктор Smile писал(а):symmetry скачал, но как понимаю для нее нужен выходной файл своеобразного формата? и получить его можно здесь: http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/inp2xyz/ ?
вместо скачанного файла выдает код, а что с ним делать, не понимаю=)
-
Виктор Smile
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Ср ноя 28, 2012 12:59 am
Re: Неудача в GAMESS
вернулся. спасибо за советы. в конце концов помогло и расчеты успешно были закончены. симмнетрию просто ручками делал (ставил атомы и ручками им придавал красивые круглые координаты).
собсно скоро нужно будет делать расчеты для 5 и более атомов. хотел наперед проконсультироваться. да и вообще какие нужны мощности? может есть какие-то "облачные" сервера для расчетов?
собсно скоро нужно будет делать расчеты для 5 и более атомов. хотел наперед проконсультироваться. да и вообще какие нужны мощности? может есть какие-то "облачные" сервера для расчетов?
Re: Неудача в GAMESS
GAMESS не особо прожорлив. Люди и на 8, и на 4 ядрах считают, но кластеры (хотя бы на 4-8 узлов) лучше. 5 атомов -- обычная PC-шка, даже одноядерная скушает -- не подавится.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 22 гостя