Симметрия в Гауссиане?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Симметрия в Гауссиане?

Сообщение AlexKsen » Вт дек 25, 2012 8:28 pm

Подскажите, как в Гауссиане задать точечную группу. Не через ГауссВью, а через входной файл? Спасибо.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия в Гауссиане?

Сообщение Гесс » Вт дек 25, 2012 9:59 pm

Гммм, а почему нельзя в гаусвью или иную прогу задать симетрию и она расставит атомы где надо?
Иначе надо править координаты руцями.
Может есть конечно какой то кейворд но я о нем незнаю.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 602
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Симметрия в Гауссиане?

Сообщение AlexKsen » Вт дек 25, 2012 10:16 pm

Просто через гаусвью, я постоянно работаю! А какими программами можно задать симметрию?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия в Гауссиане?

Сообщение Гесс » Ср дек 26, 2012 1:13 am

позже напишу как с этим играть
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия в Гауссиане?

Сообщение Гесс » Ср дек 26, 2012 3:02 am

Работает под виндой. Называется Молекула. Версия старая, есть новая под мак, но не у меня.
Распаковать оба архива в пути без кириличных символов.
Открыть Экзекутор в папке ЭкзекВин. прыгая по менюшкам найти папку с Молекулой и выбрать версию 1.3.5. Там же можно значок вытянуть на верхнюю панель экзекутора. Молекула открывается в полное окно экзекутора и в этой версии до больших размеров окно не увеличивается. Начинается оно с мануала который при нежелании читать захлопывается в левом верхнем углу. Закрытие всех окон экзекутора именно там.
GetClipboard попробует открыть то что на данный момент в буфере памяти, предложив варианты. Если оно само выбрало вариант лучше не спорить. Удобно для скармливания смысловой части гауссиановского аутпута и других фич. Жрет гауссовские инпуты и многое другое. Но если накормить тем что не любит и заставить сьесть - может вылететь или зависнуть.
В Edite можно выбрать заряд и мультиплетность.
В Билде:
построение молекулы поатомно вручную,
просмотр зетматрицы с возможностью редактирования,
перенумеровать атомы. Иногда жутко полезная вещь. После выбора опции клацаете по атому он становится первым и подсвечивается номер 1. если не промахиваться по атомам - следующим кликом назначите атом 2 и т.д.
Orientation - если выбрать "как на экране" то оно запомнит эту ориентацию и можно будет выбрать пункт симметрия. Если повернете молекулу придется заново задавать ориентацию. С симметрией больших сложностей нет - располагаете так чтобы ваша ось направлялась как одна из основных осей и коммандуете симметрия с указанием ось какого порядка вдоль какой оси.
Важно: если молекула не похожа на симметричную Molecule отдублит все атомы и вы получите ежика.
С осью третьего порядка изредка возникают проблемы особенно при направлении вдоль Z. Но я ловил всего пару раз.
Если нужна симметрия Д - операцию применять несколько раз.
Tables - Geometry позволяет создавать инпуты. После нажатия ОК в формировании инпута появляется типа пустой белый лист, но если нажать Эдит-Копи то созданный вами инпут можно скопировать в текстовый документ (можно непустой). Пустой лист закрывается независимо от окна с вашей геометрией стандартным кликом слева сверху.
Может быть открыто дохрена окон (больше 40 точно, но с ними неудобно работать ибо выбирать каждый раз через Файл-СелектМолекюл).
В Дисплее настройка внешнего вида, в Калкулэйшенсах при некоторых наворотах можно визуализировать колебания переходного состояния.

Если че непонятно по описанным пунктам могу дать более детальное описание вплоть до раскадровки, но по большой части я в проге самоучка и вероятно многое можно проще и больше.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 14 гостей