расчет ELF

[Cveto4ek]

Подскажите, пожалуйста, какой доступной программой можно получить значения ELF для связей между атомами? Мне не нужна визуализация, нужны лишь цифры как характеристики связей.
Попробовала DGrid, но в выходном файле не нашла значения ELF.

[alxyppv]

Когда Вы говорите "значения ELF", что Вы имеете в виду? максимум значения функции для данного "бассейна" (basin)? или интеграл электронной плотности по бассейну (обычно соответствует ожидаемым значениям порядка связи)?
Я обычно пользуюсь TopMod. Но интегрирование бассейнов, во всяком случае для больших молекул (порядка 80 атомов и более) - процесс очень долгий, надо набраться терпения.
http://www.lct.jussieu.fr/pagesperso/si ... od_en.html

[Cveto4ek]

Для начала мне нужен максимум значения функции для данного "бассейна".
За ссылку спасибо. С запуском я разобралась: их примеры отлично работают, все получилось. А вот мой wfn почему-то не запускается.

[alxyppv]

А вы откуда свой wfn брали? если он разумных размеров и не секретный, могу одним глазом посмотреть.

[Cveto4ek]

Wfn мой, уже запустился, первый шаг (grid09) я посчитала, а вот дальше (bas09) застряла: автоматический поиск не пошел, вручную я пока не поняла как делать, отвлекли более важные дела. Если глянете файл и подскажете, как быть, буду благодарна. Напишите, куда выслать.

[Olsha]

В dgrid двухэтапная система: сначала рассчитываются значения выбранного параметра по всем узлам сетки (compute=ELF если считается ELF), потом для этого параметра определяются бассейны, используя полученный файл типа file_name.elf, и тут же можно проинтегрировать свойство (не обязательно то же самое, можно электронную плотность например) по этим бассейнам. Выдаст в файле *.bas таблицу, в которой для каждого бассейна будет максимум, его координаты и интеграл по бассейну.
Текст второго файла примерно такой:

property =exam01.gms.elf
integrate=exam01.gms.elf
output=.
End