Программы/утилиты для определения группы симметрии

[Shurick]

Подскажите, может, кто знает, существуют ли программы для определения группы симметрии молекулы (скажем по набору декартовых координат атомов). Конечно, это самое делает и, например, Гауссиан, но он делает это весьма строго. Хотелось бы иметь возможность вручную задавать точность, с которой происходило бы определение группы симметрии, поскольку элементы симметрии оптимизированным структурам обычно можно приписать лишь приближенно.

[Shorku]

Во многих визуализаторах такая возможность есть. Например, в ChemCraft'e

[amge]

программы для определения группы симметрии молекулы (скажем по набору декартовых координат атомов).

Код: Выделить всё

http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/symmetry/
http://www.ccp14.ac.uk/ccp/web-mirrors/symmol/~pila/

Обе программы консольные, первая на С, вторая на фортране, обе позволяют задавать "степень несимметричности" и кроме собственно группы симметрии выдают симметризованные координаты.

[Shurick]

Спасибо. Для воды сработало)

[Shurick]

Первая программа выдала всего-навсего C2v для точно заданного метана. С чем это может быть связано?

[amge]

Первая программа выдала всего-навсего C2v для точно заданного метана. С чем это может быть связано?

Скорее всего, это абелева подгруппа. Посмотрите аутпут программы выше. Если там про Td ничего не говорится, попробуйте уменьшать -final. Также есть опция -na
symmetry -final 0.001 -na CH4.xyz


Кстати, обнаружил у себя еще одну программу подобного рода, на яве. Прилагаю статью, в ней есть ссылка, откуда качать.

[Shurick]

Ага. Воспользовался опцией -na и помогло (Td). А в чем ее глубинный смысл и всегда ли нужно так делать?

[amge]

Раз -na "помогло", то и без этой опции в аутпуте должно быть сообщение о Td, после которого идет информация о максимальной абелевой подгруппе. Зачем эта информация? Просто некоторые квантово-химические пакеты могут использовать только абелевы подгруппы.

[Shurick]

Да, все верно, извините. Сообщение о Td идет в аутпуте раньше. Дело не в -na