Полуэмпирика в гауссиане

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Полуэмпирика в гауссиане

Сообщение amge » Чт мар 14, 2013 11:14 am

Помогая тов. shvalbe искать переходные состояния (тема), столкнулся с расчетов полуэмпирики в гауссиане и с удивлением обнаружил, что она там считается очень медленно, медленнее даже Лайковской "полуэмпирики", не говоря уже о гамессе и тем более мопаке.

Код: Выделить всё

Program              keys                 real
                                          time

Gaussian 09          %nProc=1             77 s
EM64L-G09RevB.01     # PM3 Opt=Tight

GAMESS US            PM3 opttol=0.00001    6 s

MOPAC2012            PM3 precise nosym     3 s

Priroda11            theory=QM            47 s
                     basis=qm.in
Вспоминая пользователя Yurii и его утверждения о том, что гауссиан, наоборот, самый быстрый, возникло подозрение, что у меня сборка гауссиана "неправильная". Кто может, запустите, пожалуйста, у себя следующий инпут и сообшите о времени выполнения.
[cut]

Код: Выделить всё

%nProc=1
# PM3 Opt=Tight

Dimethylbuten(krumm) und Chinodimethan

  0  1
 C     0.769853     0.080389    -0.531422
 C    -0.735503     0.055252    -0.548047
 C     1.448521    -1.091815     0.141239
 C     1.410631     1.403663    -0.169947
 C    -1.427979     1.354780    -0.195795
 C    -1.389545    -1.141678     0.105113
 H     2.540646    -1.028399     0.066337
 H     1.199396    -1.148211     1.207680
 H     1.158066    -2.046012    -0.321913
 H     2.501993     1.366887    -0.276061
 H     1.200229     1.676951     0.872181
 H     1.056905     2.224267    -0.805252
 H    -2.515181     1.281158    -0.323273
 H    -1.247258     1.631777     0.850907
 H    -1.090257     2.188991    -0.822019
 H    -2.480672    -1.118350    -0.001332
 H    -1.169371    -1.189312     1.178368
 H    -1.051191    -2.084620    -0.348411
 C    -0.643452    -1.336496    -2.930047
 C     0.771217    -1.317282    -2.913047
 C     1.485429    -2.459056    -3.326047
 C     0.806827    -3.592063    -3.764726
 C    -0.596825    -3.610977    -3.781987
 C    -1.316295    -2.496873    -3.360342
 C    -1.358092    -0.165806    -2.435779
 C     1.441809    -0.127163    -2.403687
 H     2.572732    -2.447316    -3.307871
 H     1.361755    -4.466899    -4.095208
 H    -1.119687    -4.500332    -4.125744
 H    -2.403634    -2.514496    -3.368839
 H    -2.428946    -0.250895    -2.312710
 H    -1.065705     0.791487    -2.850778
 H     2.511442    -0.182783    -2.255669
 H     1.133244     0.821333    -2.827173

[/cut]

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Полуэмпирика в гауссиане

Сообщение Droog_Andrey » Чт мар 14, 2013 2:31 pm

Код: Выделить всё

 Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 43.0 seconds.
Думаю, это из-за 76 шагов оптимизации (там почти плоскую область оно проходило в районе 20-го шага). Большая часть времени тратилась на вызов модулей и передачу данных между ними, а не на сами расчёты.
http://www.primefan.ru/stuff/chem/amge.rar
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2047
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Полуэмпирика в гауссиане

Сообщение amge » Чт мар 14, 2013 2:52 pm

В гамессе тоже было 79 шагов оптимизации. Эта плоская область была у всех, из-за нее пришлось во всех программах повышать точность.

Насчет траты времени на вызов модулей и т.п. - на более больших системах, где эти траты относительно меньше, ситуация была столь же катастрофическая. Там где мопак справлялся за 2-3 мин, гауссиана - даже на 4 ядрах - приходилось ждать 10-20 мин.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Полуэмпирика в гауссиане

Сообщение Droog_Andrey » Чт мар 14, 2013 3:08 pm

Ну просто трудно сравнивать скорость расчёта, когда шаг проходится за сотые доли секунды. Лучше уж тогда взять систему посолиднее и прогнать SP.
2^74207281-1 is prime!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя