COSMO problem: a1mat not positive definite in consts.f

[Гесс]

Всем доброго времени суток.
Пытаюсь считать в неявном растворителе в орке.
Инпут:

! BP86 UHF TZV TZV/J RIJCOSX TightSCF Opt
! KDIIS VeryTightSCF Opt TightOpt Grid6 COSMO(DMF)
%pal nprocs 16 end
%geom Constraints
{C 0 C}
end
end
* xyz -1 2
C -3.467

Альтернативное начало инпута

! BP86 UHF TZV TZV/J RIJCOSX TightSCF Opt
! KDIIS VeryTightSCF Opt TightOpt Grid6
%cosmo epsilon 80
refrac 1.33
end
%pal nprocs 16 end
%geom Constraints
{C 0 C}
end
end
* xyz -1 2

Конец аутпута:

--------------------
COSMO INITIALIZATION
--------------------

Epsilon ... 38.3000
Refractive Index ... 1.4300
Potential Evaluation ... ANALYTIC
Technical COSMO parameters:
rsolv ... 1.3000
routf ... 0.8500
disex ... 10.0000
nppa ... 1082
nspa ... 92
Radii:
Radius for C used is 3.7795 Bohr (= 2.0000 Ang.)
Initializing COSMO package ... done
Setting COSMO radii ... done
Setting atoms and making cavity ... USING 1082 GRID
Error (ORCA/COSMO): the COSMO Module ran into trouble
Error description:
COSMO problem: a1mat not positive definite in consts.f Process 0: Aborting the run

An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 16 /home/Имя/Prog/orca_2_9_1_linux_x86-64/orca_scf_mpi Anion.W.gbw b
RETURN CODE : 32000
ABORTING THE RUN

Констрейнт замораживающий положение 1 атома ни на что не влияет.
То что в одной шапке дмфа а в другой параметры воды неважно, он ни с одним растворителем не идет.
Такая проблема в интернете описана 1 раз, причем как пришить к себе ее решение я непонял http://www.ccl.net/cgi-bin/ccl/message- ... +05+30+004
Помогите, пожалуйста, люди добрые!

[alxyppv]

Если это фуллерен, то возможно не получится... я помню натыкался на невозможность его считать с PCM и даже задал вопрос на форуме Орки. но там мне овтетили что модуль - не их, и они ничего сделать не могут. В том примере. который Вы нашли, речь идет о том, чтобы поиграть с радиусами элементов при построении полости, и видимо иногда это помогает. Т.е. надо взять значения используемые по умолчанию и немного их менять пока не станет хорошо. Если вообще станет...

[uchebnik fiziki]

Я бы советовал написать об этом в CCL или самому Кламту

[Shorku]

[durak_mode=on] У меня есть безумная мысль, что можно было бы натыкать dummy атомов, чтобы поляризуемая поверхность вокруг молекулы рисовалась нормально, без разрывов и т.п. [durak_mode=off]
тоже сталкивался, не решил, просто перешел на реальный растворитель.

[Гесс]

[durak_mode=on] У меня есть безумная мысль, что можно было бы натыкать dummy атомов, чтобы поляризуемая поверхность вокруг молекулы рисовалась нормально, без разрывов и т.п. [durak_mode=off]

И совсем не durak_mode, судя по ответу Кламта

Dear ****,

I am sorry to tll you that I have no systematic soluion for this problem, which really rarely happens. In most cases it works if you slightly increase the solvent radius, e.g. from 1.3 to 1.31. THis should not have significant influence on your results but may resolve the problem.

For C60 please be aware that the COSMO cavity wil have an inner sphere, i.e. that COSMO will assume solvent to be also on the inner side. As far as I remember we build an option in TURBOMOLE in order to remove this inner cavity. But I am afraid that this is not the case in ORCA. Whether ORCA has an option of a Dumy atom, which can be placed in the center and avoids the inner cavity, I do not know.

Regards

Andreas Klamt

С rsolv я уже игрался, еще до письма Кламту, от 1,250 до 1.315, с шагом 0.005. От 1,3 до 1,315 ничего не меняется, а с меньшими значениями мы умираем

--------------------
COSMO INITIALIZATION
--------------------

Epsilon ... 80.0000
Refractive Index ... 1.3300
Potential Evaluation ... ANALYTIC
Technical COSMO parameters:
rsolv ... 1.2650
routf ... 0.8500
disex ... 10.0000
nppa ... 1082
nspa ... 92
Radii:
Radius for C used is 3.7795 Bohr (= 2.0000 Ang.)
Initializing COSMO package ... done
Setting COSMO radii ... done
Setting atoms and making cavity ... USING 1082 GRID
Process 14: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 15: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 0: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 1: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 2: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 3: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 4: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 5: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 6: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 7: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 8: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 9: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 10: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 11: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 12: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting
Process 13: Error (ORCA_SCF/COSMO) - aborting

An error has occured in the SCF module
CALLING COMMAND: mpirun -np 16 /home/Имя/Prog/orca_2_9_1_linux_x86-64/orca_scf_mpi Anion.1265.W.gbw b
RETURN CODE : 1536
ABORTING THE RUN

Я об этом Кламту написал в том же письме, но он либо незаметил либо проигнорил.
Ну что ж. Попробую вылить воду из этого шарика.

[sanya1024]

Вроде еще Кламт сказал, что можно попробовать засунуть внутрь фуллерена Dummy Atom, если Орка позволит такое. Dummy заполнит полость, но не повлияет на результат.

[Shorku]

Вроде еще Кламт сказал, что можно попробовать засунуть внутрь фуллерена Dummy Atom, если Орка позволит такое. Dummy заполнит полость, но не повлияет на результат.

постом выше это есть в цитате

[Гесс]

Засовываю. Я это имел в виду "Попробую вылить воду из этого шарика".
Облажался с AtomicNumber у DA (так в орке называется думмик), счас жду что он мне скажет при атомном номере 0 и радиусе 3.0 Возможно ждать придется долго.
Несовсем ясно какенного размера надо делать думмик. Если в области очерчиваемой радиусом атома "растворителя" нет, то при том что для углерода радиус 2 ангстрема, а диаметр фуллерена около 7 А, то думмик может быть чуть больше 1,5 А (и не больше 4,5А).

А вопрос теоретического плана - как влияют "разрывы" ну или отдельные области с "космическим растворителем" на рассчет?
Опять же чисто теоретически, если бы я делал рассчет бесконечной пластины графена залитый с разных сторон растворителем - я бы тоже был послан?

[Гесс]

Мда уж.
Попробовал радиусы думмика 3.0, 4.5, а также радиус думмика 3.5 и рсолв 1.305, 1.315, 1.285 (больше неуспел, нода убежала).
Результат неизменный

Error (ORCA/COSMO): the COSMO Module ran into trouble
Error description:
COSMO problem: a1mat not positive definite in consts.f

[alien308]

Что такое dummy atom в Orca? Я счтитал, что это набор базисный некого атома без ядра. По описанию, что это такое и как им пользоваться не понял.

[Гесс]

Ноги вероятно растут (в том числе) из компиляции.
Я проверил на двух серверах, разумеется под линуксом. В обоих случаях поймал вышеописанную ошибку.
Начальство на одном из этих серверов поймало ошибку нехватки памяти, однако задача вроде как не падает на этом этапе под маком.
Более того, на моем виндузячем ноуте Intel-Core i5, задача мучалась более трех часов прежде чем сдохнуть от каких то левых причин, я с этим пока не разбирался, у меня счас эскапада вдали от дома.
Вопрос скорее в том что система/уровень таковы что без Космо, задача распараллеленная на 16 процов считается от суток.
Сколько оно будет считаться на моем ноуте - загадка природы.

[Гесс]

Пока писал это сообщение задача внезапно проскочила место на котором до этого несколько раз умирала.
Причем перед текущим запуском НИЧЕГО не было изменено!

[Гесс]

Чудесатости не прекращаются. Собственно счас я тут воспроизведу большую часть того что писал в прошлом сообщении которое потом исправил.
Итак, как я писал несколько дней назад, на двух линуксовских серверах задачи ложатся изза Космо, а на ноуте этот этап нормально проходится.
Сегодня я поставил на свою локальную машину (64 бита, Интел, Виндоус 7), опенмпи и орку в точном соответствии с тем как я это ставил на ноут (64 бита, Интел, Виндоус 7). И скормил орке тот же самый инпут файл. Задача легла на космомодуле, выбросив в виндоус уведомление о некорректной работе otool_cosmo.exe (интересный момент - после выбрасывания этого уведомления орка прекращает писать что либо в какие либо файлы задачи, однако поддерживает 100% загрузку проца и в командной строке задача висит как ранящаяся). После закрытия уведомления в командную строку пишется много жалоб, а в аутпут дописывается несколько строк о безвременной кончине задачи, вчастности поминается добрым словом gbw файл. Строки предшествующие этому принудительному вырубанию модуля соответствуют нормальному течению рассчета. Это все как бы присказка, сказка будет впереди.
Если рестартовать задачу с применением gbw файла, то она ранится, делает полный цикл, включая инициирование космо, сцф-процедуры, заканчивается FinalSingle point energy, стартует второй Geometry Optimization Cycle, и опять умирает на космо-этапе.
Причем на ноуте такого бардака нет, а локалку я сегодня уже три раза рестартую таким манером.

[sanya1024]

Будете смеяться, но я иду прямиком по Вашим стопам Сначала на кластере орку устанавливала, теперь вот COSMO.
Гоняю расчет потенциала ионизации довольно развесистой молекулы (но без внутренних полостей) в COSMO. При rsolv=2 все проходит нормально, при rsolv=2.5 и выше -- вылетает точно так же, как у Вас. При этом система очередей выдает такую диагностику:

Код: Выделить всё

Process 0: Aborting the run
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 125.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 15271 on
node n14.unicluster.campus.mephi.ru exiting improperly. There are two reasons this could occur:

1. this process did not call "init" before exiting, but others in
the job did. This can cause a job to hang indefinitely while it waits
for all processes to call "init". By rule, if one process calls "init",
then ALL processes must call "init" prior to termination.

2. this process called "init", but exited without calling "finalize".
By rule, all processes that call "init" MUST call "finalize" prior to
exiting or it will be considered an "abnormal termination"

This may have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
ABORTING THE RUN

Не знаю, насколько это информативно. Мне кажется, что ни на сколько. Ведь при меньшем rsolv все успешно прокатывает...

[sanya1024]

Кстати, возникла идея попробовать порулить параметрами routf, disex, nppa, nspa. Что это за параметры, я пока не понимаю -- Оркин мануал отсылает к оригинальной статье, читать к-рую у меня пока руки не дошли и в ближайшее время вряд ли дойдут.