Оценка межмолекулярного взаимодействия

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Father_Artemii
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Чт апр 05, 2012 12:02 pm

Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Father_Artemii » Чт июл 11, 2013 2:19 pm

Добрый день, уважаемые знатоки. Возник вопрос об оценке межмолекулярного взаимодействия в системе пара катионов и вода. Собственно, интересно посмотреть на изменение характера взаимодействия ионов в зависимости от их сольватации. В случае силовых полей это не сложно, так как нужно просуммировать соответствующие парные взаимодействия. В квантовых же оных не существует. Есть полная электронная система с энергией и точка.
Вот и вопрос: существуют ли теории, рамках которых возможно некоторое условное разделение полной системы на части? Возможно, это "Атомы в молекулах" с его критическими точками электронной плотности.. Что оттуда можно вытащить для оценки межмоллекулярного взаимодействия, и в каких программах это реализовано?
Немного сумбурно,извините) Заранее спасибо.

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Лечащий Врач » Чт июл 11, 2013 9:38 pm

В теории Бейдера это вполне можно делать. Миниобзор есть, например, в Mendeleev Communications (только больше про кристаллы):
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.mencom.2012.01.001

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение alien308 » Ср авг 07, 2013 9:26 pm

Недавно вышла psi4. Насколько я понял, там есть гуманный вариант SAPT. Это метод специально предназначенный для расчёта межмолекулярного взаимодействия. Правда только между двумя молекулами. У создателей SAPT есть вариант программы расчёта межмолекулярного взаимодействия трёх молекул. Правда они гуманностью не страдают.
Ссылки:
psi4 http://www.psicode.org
SAPT http://www.physics.udel.edu/~szalewic/S ... ation.html
Вчера поставил psi4. Ещё не запускал, руки не дошли. Если по установке будут вопросы спрашивайте.
Ещё приемлимые результаты для межмолекулярного взаимодействия может давать CCSD(T). Только базис надо побольше и с диффузными функциями. Не забывайте про возможность суперпозиционной ошибки. Ещё в CCSD(T) надо задать высокую точность Хартри-Фоковского расчёта, иначе на поверхности потенциальной энергии могут быть скачки.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Гесс » Ср авг 07, 2013 9:43 pm

alien308 писал(а):Недавно вышла psi4...
Ой, а можно подробнее об этом? Я уже начал читать ссылки, это мне наверное оочень интересно.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение alien308 » Чт авг 08, 2013 6:04 pm

Гесс писал(а): Ой, а можно подробнее об этом?
O SAPT? Делается так: берутся волновые функции Хартри-Фока, метода функционала плотности или ССSD (кто во что горазд) молекул между котороми исследуется взаимодействие, над ними производят некое надругательство в особо извращённой форме. Учитывается суперпозиционная ошибка. С этим производятся странные манипуляции и получается энергия межмолекулярного взаимодействия с удивительно высокой точностью. С технической стороны можно посмотреть в описании MOLPRO http://www.molpro.net/info/current/doc/manual/. Я соверщенно фигею с этого дела и ничего не понимаю. Может вместе попробуем поразбиратся?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Гесс » Вс авг 11, 2013 9:02 pm

alien308 писал(а):Я соверщенно фигею с этого дела и ничего не понимаю. Может вместе попробуем поразбиратся?
Прошу прощения, 4 дня был без интернета.
Вцелом я всеми руками за, но предупреждаю что знаний у меня кот наплакал.
Если вас это устраивает - то можем продолжить тут, в ЛС, по скайпу, мылу, вконтакту, фейсбуку.

Кстати Молпро для которого есть образдцы, у меня есть, я могу попробовать как минимум воспроизвести примеры
https://www.google.de/url?sa=t&rct=j&q= ... 0085,d.ZWU

Но вот это меня усыпляет. http://vergil.chemistry.gatech.edu/note ... n-2010.pdf

Вот тут практические рекомендации: http://www.crystallography.fr/crm2/fr/l ... lewicz.pdf

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Гесс » Пн авг 12, 2013 2:25 pm

Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Initially disappointing results were greatly improved by applying an asymptotic correction to the exchange-correlation potentials of the density functional theory DFT and by calculating the dispersion and induction energies from coupled Kohn–Sham CKS density susceptibilities. Such a method, referred to as SAPTDFT or DFT-SAPT, turned out to be remarkably accurate. For a number of systems, for which reliable benchmark results are available, the accuracy of SAPTDFT results was equal or better than that of the standard SAPT approach. At the same time, the SAPTDFT results could be obtained with a much lower computational cost than that of the standard SAPT. The efficiency of SAPTDFT has been considerably improved recently by applying the density-fitting method.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение alien308 » Вс авг 25, 2013 7:08 am

В свою очередь был в командировке. На неделе постараюсь включится в процесс.
Гесс писал(а):Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Вам нужены системы с открытой оболочкой? Изучаете межмолекулярное взаимодействие возбуждённых молекул? Или я неправильно понял?

Для реальных систем SAPT(DFT) только и работает. Всё остальное для тестов с маленькими молекулами. Как всегда.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия

Сообщение Гесс » Вс авг 25, 2013 1:40 pm

alien308 писал(а):В свою очередь был в командировке. На неделе постараюсь включится в процесс.
Гесс писал(а):Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Вам нужены системы с открытой оболочкой? Изучаете межмолекулярное взаимодействие возбуждённых молекул? Или я неправильно понял?

Для реальных систем SAPT(DFT) только и работает. Всё остальное для тестов с маленькими молекулами. Как всегда.
Анионов, с переносом зарядов, у чего с SAPTом могут быть проблемы. Самое свежее по этому вопросу http://arxiv.org/abs/1308.1231 Charge-transfer from Regularized Symmetry-Adapted Perturbation Theory Alston J. Misquitta (вышло в этом месяце). Там использована 4ая прога (кроме Molpro, Qsi4 и самого SAPT), и кажется она допиливалась.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей