Оценка межмолекулярного взаимодействия
-
Father_Artemii
- Сообщения: 19
- Зарегистрирован: Чт апр 05, 2012 12:02 pm
Оценка межмолекулярного взаимодействия
Добрый день, уважаемые знатоки. Возник вопрос об оценке межмолекулярного взаимодействия в системе пара катионов и вода. Собственно, интересно посмотреть на изменение характера взаимодействия ионов в зависимости от их сольватации. В случае силовых полей это не сложно, так как нужно просуммировать соответствующие парные взаимодействия. В квантовых же оных не существует. Есть полная электронная система с энергией и точка.
Вот и вопрос: существуют ли теории, рамках которых возможно некоторое условное разделение полной системы на части? Возможно, это "Атомы в молекулах" с его критическими точками электронной плотности.. Что оттуда можно вытащить для оценки межмоллекулярного взаимодействия, и в каких программах это реализовано?
Немного сумбурно,извините) Заранее спасибо.
Вот и вопрос: существуют ли теории, рамках которых возможно некоторое условное разделение полной системы на части? Возможно, это "Атомы в молекулах" с его критическими точками электронной плотности.. Что оттуда можно вытащить для оценки межмоллекулярного взаимодействия, и в каких программах это реализовано?
Немного сумбурно,извините) Заранее спасибо.
- Лечащий Врач
- Сообщения: 382
- Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
- Контактная информация:
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
В теории Бейдера это вполне можно делать. Миниобзор есть, например, в Mendeleev Communications (только больше про кристаллы):
- DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.mencom.2012.01.001
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
Недавно вышла psi4. Насколько я понял, там есть гуманный вариант SAPT. Это метод специально предназначенный для расчёта межмолекулярного взаимодействия. Правда только между двумя молекулами. У создателей SAPT есть вариант программы расчёта межмолекулярного взаимодействия трёх молекул. Правда они гуманностью не страдают.
Ссылки:
psi4 http://www.psicode.org
SAPT http://www.physics.udel.edu/~szalewic/S ... ation.html
Вчера поставил psi4. Ещё не запускал, руки не дошли. Если по установке будут вопросы спрашивайте.
Ещё приемлимые результаты для межмолекулярного взаимодействия может давать CCSD(T). Только базис надо побольше и с диффузными функциями. Не забывайте про возможность суперпозиционной ошибки. Ещё в CCSD(T) надо задать высокую точность Хартри-Фоковского расчёта, иначе на поверхности потенциальной энергии могут быть скачки.
Ссылки:
psi4 http://www.psicode.org
SAPT http://www.physics.udel.edu/~szalewic/S ... ation.html
Вчера поставил psi4. Ещё не запускал, руки не дошли. Если по установке будут вопросы спрашивайте.
Ещё приемлимые результаты для межмолекулярного взаимодействия может давать CCSD(T). Только базис надо побольше и с диффузными функциями. Не забывайте про возможность суперпозиционной ошибки. Ещё в CCSD(T) надо задать высокую точность Хартри-Фоковского расчёта, иначе на поверхности потенциальной энергии могут быть скачки.
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
Ой, а можно подробнее об этом? Я уже начал читать ссылки, это мне наверное оочень интересно.alien308 писал(а):Недавно вышла psi4...
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
O SAPT? Делается так: берутся волновые функции Хартри-Фока, метода функционала плотности или ССSD (кто во что горазд) молекул между котороми исследуется взаимодействие, над ними производят некое надругательство в особо извращённой форме. Учитывается суперпозиционная ошибка. С этим производятся странные манипуляции и получается энергия межмолекулярного взаимодействия с удивительно высокой точностью. С технической стороны можно посмотреть в описании MOLPRO http://www.molpro.net/info/current/doc/manual/. Я соверщенно фигею с этого дела и ничего не понимаю. Может вместе попробуем поразбиратся?Гесс писал(а): Ой, а можно подробнее об этом?
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
Прошу прощения, 4 дня был без интернета.alien308 писал(а):Я соверщенно фигею с этого дела и ничего не понимаю. Может вместе попробуем поразбиратся?
Вцелом я всеми руками за, но предупреждаю что знаний у меня кот наплакал.
Если вас это устраивает - то можем продолжить тут, в ЛС, по скайпу, мылу, вконтакту, фейсбуку.
Кстати Молпро для которого есть образдцы, у меня есть, я могу попробовать как минимум воспроизвести примеры
https://www.google.de/url?sa=t&rct=j&q= ... 0085,d.ZWU
Но вот это меня усыпляет. http://vergil.chemistry.gatech.edu/note ... n-2010.pdf
Вот тут практические рекомендации: http://www.crystallography.fr/crm2/fr/l ... lewicz.pdf
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Initially disappointing results were greatly improved by applying an asymptotic correction to the exchange-correlation potentials of the density functional theory DFT and by calculating the dispersion and induction energies from coupled Kohn–Sham CKS density susceptibilities. Such a method, referred to as SAPTDFT or DFT-SAPT, turned out to be remarkably accurate. For a number of systems, for which reliable benchmark results are available, the accuracy of SAPTDFT results was equal or better than that of the standard SAPT approach. At the same time, the SAPTDFT results could be obtained with a much lower computational cost than that of the standard SAPT. The efficiency of SAPTDFT has been considerably improved recently by applying the density-fitting method.
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
В свою очередь был в командировке. На неделе постараюсь включится в процесс.
Для реальных систем SAPT(DFT) только и работает. Всё остальное для тестов с маленькими молекулами. Как всегда.
Вам нужены системы с открытой оболочкой? Изучаете межмолекулярное взаимодействие возбуждённых молекул? Или я неправильно понял?Гесс писал(а):Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Для реальных систем SAPT(DFT) только и работает. Всё остальное для тестов с маленькими молекулами. Как всегда.
Re: Оценка межмолекулярного взаимодействия
Анионов, с переносом зарядов, у чего с SAPTом могут быть проблемы. Самое свежее по этому вопросу http://arxiv.org/abs/1308.1231 Charge-transfer from Regularized Symmetry-Adapted Perturbation Theory Alston J. Misquitta (вышло в этом месяце). Там использована 4ая прога (кроме Molpro, Qsi4 и самого SAPT), и кажется она допиливалась.alien308 писал(а):В свою очередь был в командировке. На неделе постараюсь включится в процесс.Вам нужены системы с открытой оболочкой? Изучаете межмолекулярное взаимодействие возбуждённых молекул? Или я неправильно понял?Гесс писал(а):Если я правильно понимаю в Molpro нет open-shell SAPT, и вообще open-shell это только SAPT(DFT). Я попробую выяснить с чем его едят.
Для реальных систем SAPT(DFT) только и работает. Всё остальное для тестов с маленькими молекулами. Как всегда.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей