startup

[luchevaya]

Доброго времени суток.)

Прошу помощи опытных квантово-ориентированных коллег.
Сама закончила бакалавриат СПбГУ, 2й год работаю тупо-инженером-химиком, но сейчас появилась счастливая возможность поучаствовать в "обсчете" чужой темы (ну, а далее, если увлечет и пр, и пр - поступить в магистратуру и вернуться в учебно-академ. среду) и я, увы, ощущаю нелегкий дефицит квантово-химических знаний.). Считать предстоит неорганику в гауссиане и гамессе. С расчетами имею минимальный опыт.

Пожалуйста, подскажите, с чего начать.
Пока начала с переустановки загаженной и тыщу лет не обновленной убунты на линукс_минт15 и установки краденного гауссиана9. Считать, конечно, буду на казеных расчетных кластерах, но какие-то мелочи, наверное, придется делать на своей машине.

Подскажите, пожалуйста:
- какой сопутствующий софт мне пригодится?
- какую литературу надо поднять, чтобы стать более-менее приличным квантовым химиком? какие мануалы прошарить?
Уровень - самый стартовый, но готова хорошо потрудиться (:

Заранее большое спасибо за любые советы по теме.)

[Tonnie Fox]

Подскажите, пожалуйста:
- какой сопутствующий софт мне пригодится?
- какую литературу надо поднять, чтобы стать более-менее приличным квантовым химиком? какие мануалы прошарить?
Уровень - самый стартовый, но готова хорошо потрудиться (:]

1. Кемкрафт (chemcraft), само собой, для визуализации результатов расчетов (в интернете легко достать)
Мне кажется, даже если пользуешься казеным компом, все равно надо проделавывать какие-то подготовительные работы для сокращения расчетного времени. Я обычно рисую системы в Hyperchem и делаю в нем же оптимизацию, а полученную геометрию использую как стартовую для оптимизации в гауссиане.
2. Бутырская Е.В. "Компьютерная химия: основы теории и работа с программами Gaussian и GausView - в книге описаны основные методики расчетов + немного теории, остальное в мануале на оф.сайте. Также по Гауссиану есть хорошая книжка J.B.Foresman Exploring chemistry with electronic structure methods
А с Гамесом познакомился недавно, пользуюсь http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/ ... ation.html

[alxyppv]

Мне кажется Вам надо попытаться понять какого рода расчеты придется делать. т.е. какие свойства интересуют, с какой точностью, какие размеры систем и проч. В зависимости от этого можно ориентироваться на разные методы расчета и на разный софт. Можно ведь молекулу воорода годами считать с безумной точностью, а можно белки моделировать в силовых полях за минуты.

И совсем необязательно пользоваться краденый Гсном, есть много других программ. Например, Firefly, Orca и т.п.

[luchevaya]

Tonnie Fox,
спасибо, все скачаю и прочитаю.)
правда, мне казалось, кемкрафт и гиперчем - это виндовские вещи, пойду искать линуксовые..

alxyppv,
ответила в личку.

[amge]

правда, мне казалось, кемкрафт и гиперчем - это виндовские вещи, пойду искать линуксовые..

Chemcraft есть и под linux, правда, не полностью функциональный. Версию для windows можно под wine пускать. Для рисования исходных молекул попробуйте MarvinSketch - очень удобно, рисуете двумерную структуру (как для статьи) и в несколько кликов превращаете ее в инпут-файл. Поставьте также openbabel - конвертор химических форматов, наверняка пригодится.Еще, на этом форуме есть тема Химический софт для linux, там гляньте.

[avelon]

перечень всего бесплатного химического софта, как для рассчетов так и других целей.
сам пользуюсь связкой: avagadro + gamess US (NwCHEM, ORCA) + chemcraft.
для начала можно почитать лекции Уфимского квантовохимического общества
так же мануалы к прогам, в первую очередь к орке.
остальное зависит от специфики рассчетов

[Tonnie Fox]

вот задаюсь постоянно двумя вопросами:
1. зачем залезать в дебри бесплатного химического софта, если есть доступ к кластеру, на котором в любом случае стоит лицензия Gaussian`a ? Поставил на свой комп тот же Гауссиан для проведения подготовительных работ и тд и тп, а основные расчеты уже на кластере. Хотя, верно подметил alxyppv, смотря какого рода расчеты.
2. зачем на своем компе, ограниченном 2мя/4мя ядрами и 8/16 ггб оперативки, целенаправленно держать линукс и вечно выискивать софт под него? Те же подготовительные работы (или что-то помелочи обсчитывать) легко можно делать и на винде. И один фиг какая нибудь система из 60+ атомов в растворителе что на винде будет оптимизироваться часов 5, что на линуксе 4 часа 50 минут.

[uchebnik fiziki]

А зачем мучаться под виндой, если работать под линуксом просто удобнее?

[Гесс]

А зачем мучаться под виндой, если работать под линуксом просто удобнее?

На вкус и цвет фломастеры очень разные. У меня дуал-бут машина и в линукс я грузился за последний месяц один раз, чтоб попробовать посмотреть молденовские орбитали триальным кемкрафтом (кстати ни фига не получилось, версия под линукс действительно не такая класная) (на винде стоит старый кемкрафт который эту опцию делать не умеет чисто в силу старости).
Кемкрафт удовлетворяет мои 90% поребностей визуализации. Кроме него изредка использую Молекулу (viewtopic.php?f=71&t=94768 никого не заинтересовало), Кемоффис, ГауссВью и Авогадро (визуализирует колебания из орки).

А программы IMHO надо брать которые велено или которые удовлетворяют условиям задачи, а не по принципу "сделаем в три раза дольше и сложнее, но на платный Гауссиан который у нас есть не пойдем" или "ФаэрФлай плохой потому что он бесплатный"

[Tonnie Fox]

Удобство и привычки - это всё прекрасно, но в первом посте

Считать предстоит неорганику в гауссиане и гамессе. С расчетами имею минимальный опыт.

И конечно же сходу необходимо линукс, шминукс, компиляции, поиски софта (обязательно бесплатного, да побольше!, а то как же), настройки и прочая лабуда... А опыт то расчетов когда человеку получать?). Винда на родненьком компе, гауссиан, ff, кемкрафт да хайперчем + мелочь всякая. Подготовил входных файлов пачку и отправил на кластере считаться. Куда еще удобнее?). Остальное само со временем придет.

[luchevaya]

И конечно же сходу необходимо линукс, шминукс, компиляции, поиски софта (обязательно бесплатного, да побольше!, а то как же), настройки и прочая лабуда...

Да не сходу, а последние лет 5.)
Винда на работе есть, хватает удовольствия с ней там.

Всем спасибо за неравнодушие ((:

PS Уфимские лекции хороши! Там еще книжечка на сайте лежит (Introduction to Computational Chemistry), вроде дельная.) Спасибо за наводку!

[Гесс]

Судя по всему ТС изначально линуксоид. На мой взгляд это не хорошо и не плохо. Мой оффтоповый коментарий относился лишь к тому что утверждать что "в линуксе удобнее чем в винде" - это начало холивара Вин-Лин-Мак. Если ТС удобно с линуксом, на кластере есть гауссиан и он подходит для решения ее проблем - не в этом ли счастье??

[Tonnie Fox]

И конечно же сходу необходимо линукс, шминукс, компиляции, поиски софта (обязательно бесплатного, да побольше!, а то как же), настройки и прочая лабуда...

Да не сходу, а последние лет 5.)
Винда на работе есть, хватает удовольствия с ней там.

Всем спасибо за неравнодушие ((:

ну как же мы можем равнодушно то ))

[luchevaya]

Прошу прощения за оффтоп, но у меня новые вопросы (:
Начала почитывать книжки, и вот сижу ностальгирую по мозговыносительству и хочу уже снова начать ковыряться в расчетах...)

Вот если к сентябрю окажется (всякое бывает), что в родном университете будет решено вместо моих ковыряний воспользоваться трудами более квалифицированного квантового химика и я окажусь не у дел (то есть без кластера и без заданий), - я где-то смогу найти частным (платным) образом машины для расчетов?.. Задачки-то всегда найдутся, а у меня родилось большое желание научиться считать и позже получать соответствующее образование.

[Tonnie Fox]

задачи всегда найдутся, независимо от количества и квалификации расчетчиков. Благо синтетиков на всех кафедрах и в лабораториях в разы больше чем теоретиков, и все хотят к-х подтверждение чего-нибудь там, или изучение пути реакции, различных свойств. Соответственно и к кластеру нет смысла не пускать. Мне кажется, главное, хотя бы к зиме выбрать основную задачу, чтобы она была перспективной, интересной, и практической частью активно занимались. А за доступ к кластеру не переживайте)

[Гесс]

По моему мнению, даже если наймут спеца а не вас, не вижу причин почему вас должны выгнать с кластера если вы не будете 1) с них жаждать много денег, 2) забивать кластер задачами так чтобы нанятый спец и остальные не могли протолкнуться, + будете считать что-либо по проектам начальства связанного с этим кластером.

[luchevaya]

Всем привет!)

Пожалуйста, подскажите, кто-нибудь, .....

[Гесс]

Здесь не приветствуется распространение и обсуждение ломаного софта.
Подсказал...

[luchevaya]

Гесс, большущее спасибо!
Первый раз проделала ровно то же самое, не помогло,... у меня сегодня весь день какая-то магия живет в машинах (=

[Гесс]

Гы, магия в машинах... Я веселее расскажу...
Голова соображала плохо, но я пытался запустить серию инпутов.
Точнее запускался скрипт в который вписывалось имя инпута. Итак запустил штук 5, меняя имена в скрипте, посмотрел в очередь - ничего не ранится.
Открыл аутпуты - все упали с одинаковой ошибкой "отсутствует строка ключевых слов", та которая в гауссиане # B3lyp/3-21 Opt Freq.
Открываю иипуты - строка есть. Перестартую скрипт - задача уходит в очередь и моментально падает.
Ну малоли чудеса, я видел как задача падала потому что в имени чекпоинта последним шел пробел.
Беру один инпут. Переписываю шапку инпута. Рестартую скрипт. Задача падает.
Матерюсь, гуглю, ничего не понимаю, переписываю инпут. Стартую скрипт. Падает.
Сползаю под стол. Выползаю из под стола. Стартую скрипт. Задача ранится!
Выпадаю в осадок. Решаю запустить остальные инпуты. Открываю скрипт. В нем имя другого инпута, который я не правил.
То есть один и тот же инпут 4 старта подряд падал а потом без правок запустился.
Разумеется очтальные инпуты тоже запустились без правок.