Scifinder - вопрос экспертам

[Ra]

Коллеги доброго времени суток!
Зная, что некоторые из вас являются активными пользователями Scifinder, хотел спросить совета поискового запроса по реакциям.
Так сложилось, что почти на протяжении всей своей карьеры организации в которых работал имели доступ к Reaxys (обожаю эту систему ). Сейчас на новом месте есть доступ только к Scifinder.
Очень не хватает функции Generic group (G), которая в Реаксисе позволяет включить ее в циклическую систему (главное, чтобы не было соединения G c другой вариабельной группой).
Например, в Reaxys можно было бы легко проанализировать всевозможные комбинации внутримолекулярной циклизации (amidation) между карбоксильной и аминной группами вот таким запросом (красным цветом – образующаяся связь, ну или можно reaction mapping подключить)

Scifinder.gif

Никак не могу найти возможность включения в циклический продукт вариабельной группы (G) в Scifinder.
Есть ли какие-то приемы для подобного запроса в scifinder?

PS Возможно, не свсем в теме по органической химии, но думаю, что большинство подобных запросов выполняют химики-органики

[Phobos]

Слева в меню есть возможность выбора общих функциональных групп. Можно выбрать цепочку любой длины (Alk вроде, по памяти пишу), можно выбрать вроде таки ту же Q - это любой атом кроме углерода и водорода. Если первый атом цепочки незамещенный, а потом могут быть вариации, отмечаем HO2C-CH2-Alk-CQ-NH-C
На любой углерод можно отметить значок Lock, значит он остается незамещенным. А если ничего не отмечать, система сперва даст незамещенный варианты (exact), а затем через Substructure перечислит те, где на этом углероде есть заместители.
Я как раз недавно сравнивал обе системы, пробовал в реаксис найти то, что раньше находил через СФ. Часть оппций реаксис просто не нашел, часть запихал в самый конец списка, а перед ними выдал большую подборку совершенно нерелеватного мусора, в которой пришлось рыться вручную и выбрасывать то, что реаксису почему-то показалось похожим на мое соединиение.
Сайфандеру низкий поклон за а) возможность открывать много окон одновременно правой клавишей, б) доступ к журналам open access

[Jokermaniak]

как раз недавно сравнивал обе системы, пробовал в реаксис найти то, что раньше находил через СФ. Часть оппций реаксис просто не нашел, часть запихал в самый конец списка, а перед ними выдал большую подборку совершенно нерелеватного мусора, в которой пришлось рыться вручную и выбрасывать то, что реаксису почему-то показалось похожим на мое соединиение.

У меня ровно обратный опыт) скафандр напихивает в выдачу миллионы каких-то местечковых журналов и тезисов.

[Phobos]

Местечковые журналы - не обязательно пишут лажу с синтетической точки зрения, если нужна просто рабочая процедура. Дисер - это вообще кладези информации. Если какая-то процедура в статье не воспроизводится, я всегда стараюсь посмотреть дисеры упомянутых в ней студентов. В отличие от статьи, в дисере будет информация и о том, что не получилось, и по каким причинам, и в какой руке надо держать бубен.
Кажется, в СФ есть возможность фильтрации референсов, кого ты хочешь видеть в списке, кого нет, но я туда не лазил.
В данном же сравнении с реаксис поиск был по структурной формуле, и в СФ есть опция точного строения, есть substructure, когда могут быть заместители, но строение скелета молекулы не меняется, и есть левая similarity, которая выдает что-то похожее по мнению алгортима СФ, но в большинстве случаев это лажа. В реаксис же я получил лажу сразу, вперемешку с точным строением сразу пошли молекулы вообще с другой цепочкой, совершенно нерелевантной моиему поиску. Причем список был составлен якобы по релевантности, но левые структуры были на первых 5-6 местах, и только потом было мое вещество. СФ же никогда скелет молекулы не изменит, и если указать на ней метокси-группу, то он ее сам не снимет. А реаксис может.

[Ra]

Спасибо, Phobos!
Мне определенно нужно привыкнуть к новой системе Scifinder. Я попробовал еще раз, но та же ошибка с циклической структурой. Проблема в том, как рисовать и искать циклические соединения с Generic группами, включенными в цикл?

[Jokermaniak]

Местечковые журналы - не обязательно пишут лажу с синтетической точки зрения, если нужна просто рабочая процедура. Дисер - это вообще кладези информации. Если какая-то процедура в статье не воспроизводится, я всегда стараюсь посмотреть дисеры упомянутых в ней студентов.

В 99% случаев к этой информации тупо нет доступа. Зачастую источник не оцифрован, не гуглится и вообще интернет часто даже на знает о существовании этого "журнала". То есть с точки зрения информации эти позиции в выдаче - мусор.

В данном же сравнении с реаксис поиск был по структурной формуле, и в СФ есть опция точного строения, есть substructure, когда могут быть заместители, но строение скелета молекулы не меняется, и есть левая similarity, которая выдает что-то похожее по мнению алгортима СФ, но в большинстве случаев это лажа. В реаксис же я получил лажу сразу, вперемешку с точным строением сразу пошли молекулы вообще с другой цепочкой, совершенно нерелевантной моиему поиску. Причем список был составлен якобы по релевантности, но левые структуры были на первых 5-6 местах, и только потом было мое вещество. СФ же никогда скелет молекулы не изменит, и если указать на ней метокси-группу, то он ее сам не снимет. А реаксис может.

Что в вашем представлении "изменение скелета"? Reaxys по substructure выдает все структуры, в которых включен изображенный фрагмент, и это правильно, так и должна работать эта опция. Ничего в вашем нарисованном фрагменте он не меняет (может таутомеры и стереоизомеры добавить, если галочки стоят), только добавляет.

А что такое "добавляет только заместители", где у него грань между заместителем и куском скелета, чисто по связям С-С? Типа, алкокси-группу или алкилиминовую может присунуть, а алкильную нет? Ну, в реаксисе так тоже можно сделать, но это мало кому нужно.

[Phobos]

Ну если я задал циклогексановое кольцо с метилом, то в СФ опция exact выдаст мне только метилциклогексан, опция substructure может добавить любые заместители вместо водородов, но мой первоначальный метил оставит на месте, а реаксис может самопроизвольно метил убрать, а кольцо заменить на семичленное, и вдобавок поставить это во главе списка по релевантности структуры.
У меня не было проблем с доступом к журналам, выданных СФ. Бывают редкие вещи, но не так, чтоб совсем безвыходно. Кроме того, там же можно референсы упорядочить по наличию процедуры в тексте ссылки, вот с этого и надо начинать.
Но вот реаксис вообще не дает ссылок на open access journals, потому что такая политика Elsevier. И это мне мешает больше. А отсутствие правой клавиши - это вообще СФ 15-летней давности.

[Phobos]

Насчет generic groups - я лично такой поиск не делал. Судя по сообщению, там есть какое-то ограничение именно для колец? Но если можно их указать в открытой форме, а на полученном кольце в substructure не указывать, то система все равно выдаст циклизации с ними - мы же знаем, что они никуда не делись?
Или я неправильно понимаю проблему?

[Jokermaniak]

Ну если я задал циклогексановое кольцо с метилом, то в СФ опция exact выдаст мне только метилциклогексан, опция substructure может добавить любые заместители вместо водородов, но мой первоначальный метил оставит на месте, а реаксис может самопроизвольно метил убрать, а кольцо заменить на семичленное, и вдобавок поставить это во главе списка по релевантности структуры.

Я только что проверил, это не так. Ну, точнее, я и так знал, что это не так, потому что пользуюсь Реаксисом почти 20 лет. Но чтобы не быть голословным, сделал ровно то, что вы написали. Я нарисовал в Реаксисе метилциклогексан с опцией substructure и никаких структур с замененным кольцом не получил. Там даже специально синим подсвечивается тот фрагмент, который вы нарисовали в запросе, чтобы вы точно были уверены, что он ни на что не заменен и присутствует в структуре. А сортировки по релевантности в реаксисе в нет (что такое релевантность при сусбтруктурном поиске, как её определить?), так что я вообще абсолютно не понимаю, про какой список по релевантности вы говорите. Можно по числу ссылок отсортировать, или там по ММ, а вот по релевантности нельзя.

Но вот реаксис вообще не дает ссылок на open access journals, потому что такая политика Elsevier.

Это абсолютнейшая неправда. Я вот только что искал синтез (S)-2-nitro-1-phenylethanol, даже выдачу не закрыл ещё. Там и BJOC, и ARKIVOC, и Molecules. И даже South African Journal of Chemistry, он, оказывается, мало того, что существует, так ещё и open access. Если не верите - можете сами убедиться. И это не какое-то новшество, это все эти почти 20 лет так было, Реаксис всегда индексировал open access.

А отсутствие правой клавиши - это вообще СФ 15-летней давности.

До перехода скафандра на версию n там тоже было "отсутствие правой клавиши". А релизнули версию n в 2020 году. Так что не 15-летней давности, а 5-летней.

[Jokermaniak]

Насчет generic groups - я лично такой поиск не делал. Судя по сообщению, там есть какое-то ограничение именно для колец? Но если можно их указать в открытой форме, а на полученном кольце в substructure не указывать, то система все равно выдаст циклизации с ними - мы же знаем, что они никуда не делись?
Или я неправильно понимаю проблему?

Проблема в том, что использование G-групп позволяет вставить вариабельность только туда, куда надо. А substructure вставит вариабельность везде, и придется долго и нудно закрывать всё остальное водородами.

[Phobos]

Я не ожидал, что Вы примете приведенный пример с циклогексилом за настоящий, я его выдумал на ходу для наглядности, в том числе для ТС
Точную формулу вещества я тут засветить не могу, но примерно так:
Была цепочка, на которой висели 4 фосфонатные группы. Задал поиск синтеза. Exact - СФ нашел две статьи, Реаксис одну, какой-то там журнал нефтяной промышленности он гордо проигнорировал. Substructure - СФ выдал те же две статьи точного поиска + синтез вещества с замещенной углеродной цепочкой и где была не свободная фосфонатная группа, а эстерифицированная двумя этилами, и еще одну с солью кислоты. Реаксис в списке 31 вещества начал по релевантности с того, что подсунул цепочки не с 4-мя, а с тремя фосфонатами, причем с другими промежутками между ними на цепочке. Затем сунул цикл какого-то причудливого строения. И только потом он выдал мое вещество, тетрафосфонатную кислоту и рядом ее соль. Если бы список был не короткий, а на пару сотен структур, пришлось бы его смотреть весь вручную, или еще как-то влиять на критерии релевантности.

[Jokermaniak]

Я не ожидал, что Вы примете приведенный пример с циклогексилом за настоящий, я его выдумал на ходу для наглядности, в том числе для ТС

А можете дать какой-нибудь реальный пример, чтобы я мог вбить его в Реаксис и убедиться сам? Потому что я пользуюсь Реаксисом по сути с релиза и ничего такого ни разу не наблюдал. Повторю - Реаксис в выдаче даже специально подсвечивает исходный фрагмент в структуре, чтобы можно было убедиться в том, что он сохранен.

[Ra]

Попробовал написать в службу поддержки CAS они подтвердили невозможность включения вариабельной группы в цикл. Посмотрим какие альтернативные подходы они педложат.

[Ra]

Пока что я нашел это решение: просто нарисовать какую-нибудь случайную сложную реакцию циклизации. Очевидно, Scifinder не смог найти точный результат, но предоставил некоторые similarities, по которым примено уже можно оценить ситуацию:

[Phobos]

А можете дать какой-нибудь реальный пример, чтобы я мог вбить его в Реаксис и убедиться сам?

К сожалению, нет. Мне тогда дали доступ в реаксис на 2 дня на пробу, и я просто повторил поиск, уже произведенный подробно к тому времени на СФ. Данное вещество я тут светить не могу, оно является интеллектуальной собственностью заказчика, разве что после того, как они получат патенты или оставят эту идею. Времени на другие примеры у меня не было.

[Jokermaniak]

Мне тогда дали доступ в реаксис на 2 дня на пробу

С этого и надо было начинать.