Какой компьютерной программы вам не хватает

[Polychemist]

Ну хорошая база и в Африке база...

[hex]

Задаче анализа ЯМР-спектров несомненно интересна и полезна, но хочу сказать что это весьма объемный проект и самому мне за него браться боюсь будет не под силу. Либо же давайте вместе сформулируем задачу в более конкретном виде, т.е. сначала попытаться решить в более частном виде. Например, на данный момент очень смутно себе представляю что и как программировать.

[Ahha]

давайте вместе сформулируем задачу в более конкретном виде, т.е. сначала попытаться решить в более частном виде. Например, на данный момент очень смутно себе представляю что и как программировать.

Лично мои потребности в этом плане достаточно узки и скромны, и я пока вполне могу обеспечивать их своими силами. Например, какие-нибудь специфические библиотеки, которые я никогда бы не смог написать сам, уже написаны и документированы, сделать к ним простенький "интерфейс чисто для себя" могу даже я. Может быть, криво, кондово, но мне больше и не надо. Так что вот прямо так сразу сформулировать конкретную интересную задачу такого рода, в которую стоило бы впрячься самому и впрячь еще кого-то, я не смогу.

Rancid уже почти что-такое сформулировал, если он еще проявится, может, вы с ним сумеете договориться.

[Rancid]

Ну как конкретно? Совместный анализ H1, C13 и масс например. Плюс ограничение по элементному составу, например C, H, N, O. Вот для начала, если известна масса (масс-спектр, пусть будет 250) и состав (не элементный анализ, а просто известно, что в-во содержит углерод, водород, азот и кислород), можно составить список всех возможных структур (без стерео изомеров)? Причём есть варианты, либо тупо комбинировать атомы в любом порядке, с учётом только валентности, либо задавать какие-то более сложные условия построения молекул во избежание абсурдных структур. Затем обработка данных С13, сначала сколько первичных, вторичных, и т.д. - исходный список сократится на порядок? Можно дополнительный анализ, типа карбонил или нитрил выявить. Затем Обработка H1 - общее количество протонов, область ароматики (сопряжения, константы), наличие OH, NH(2), метил и др. алкилы легко выделяются. На основе выделенных данных сокращать исходный громадный список постренный на массе, т.е. чем больше конкретных данных удастся выделить из ЯМР - тем короче список. Ну как то так))))

[hex]

2Rancid
Спасибо за предложенный вариант, но боюсь я не потяну такой объем работы сам, подумаю что тут в моих силах.

Касательно RDF-просмотрщика: поскольку формат RDF предполагает неограниченное количество вложений разных типов данных ничего лучше в голову не приходит, чем возможность создания форм наподобие ISIS-овских, где можно будет указать какие поля выводить, где они будут располагаться и их размер.

[Polychemist]

...это весьма объемный проект и самому мне за него браться боюсь будет не под силу...

А не объёмные либо уже реализованы, либо реализуемы своими силами - программировать многие химики способны... По анализу ЯМР - покопайтесь в существующих пакетах, возможно там есть какой-нибудь язык макросов, с помощью которых можно делать то, о чем мы тут говорим.

[Vanya Ivanov]

А мне было бы интересно, если бы создать какой нибудь адд-он к isis базам данных, чтобы оно считала дескрипторы для мед химии.
Я работал с программами где нужно переводит один формат sdf во внутренние, вечный гемор.
Кстати, посоветуйте, где почитать о том, как создавать поля (описаниев) isis с простыми мед хим дескрипторами - типа logP, доноры - акцепторы и тп?

[Egor]

Я не уверен, может быть есть такое уже, просто я не знаю. ACD labs например симулирует H1 и С13 по структуре, а вот бы наоборот, а? Возможно такое впринципе? Вбиваешь частоту, растворитель, сдвиги и интегралы, и получаешь возможные структуры. То есть в журнальном формате. А в идеале, тоже самое, но основанное на реальных базах данных. А если ещё и перекрёстный поиск по H1 и С13 - вообще сказка была бы))

у АСД есть программа Structure Elucidator которая делает именно это. Ну там обычно еще 2Д спектры нужны для более-менее больших молекул, но даже по 1Д + масс она может прикинуть возможные варианты.

http://www.acdlabs.com/products/com_ide ... truc_eluc/

[chemist]

Касательно RDF-просмотрщика: поскольку формат RDF предполагает неограниченное количество вложений разных типов данных ничего лучше в голову не приходит, чем возможность создания форм наподобие ISIS-овских, где можно будет указать какие поля выводить, где они будут располагаться и их размер.

В SDF-файлах также неограниченное количество вложений (полей), однако ChemFileBrowser от Hyleos их все показывает, к тому же делает необходимые операции (копи-паст, объединение двух SDF-файлов и др.). Жаль автор забросил этот проект, обновления нет с 2008 года.

[hex]

В SDF-файлах также неограниченное количество вложений (полей)

Так полей ил вложений? Насколько я помню спецификацию SDF: уровень вложения только один - самый верхний, по количеству полей вообще понятное дело ограничений нет.

[chemist]

В SDF-файлах также неограниченное количество вложений (полей)

Так полей ил вложений? Насколько я помню спецификацию SDF: уровень вложения только один - самый верхний, по количеству полей вообще понятное дело ограничений нет.

Так и есть. Для начала пусть в просмотрщике RDF-файлов будет неограниченное количество полей и только верхний уровень вложений (т.е. как в просмторщике SDF-файлов), этого вполне достаточно для обслуживания хотя бы рабочих выборок из Reaхys.

[Rancid]

у АСД есть программа Structure Elucidator которая делает именно это.

Спасибо, не знал. Уже поставил, буду пробовать

[ray]

ACDLABS, ADVASP, ISIS_draw и ISIS_base сделать чтоб под windows 7 работали, а не только под XP

[Cherep]

32 битные приложения на 64 битной венде?

[Marxist]

Дык там же обратная совместимость есть.

[Helлен]

офф-топ:

ACDLABS, ADVASP, ISIS_draw и ISIS_base сделать чтоб под windows 7 работали, а не только под XP

У меня все под семеркой работает и под вистой (ну да, один комп у мну изващен вистой... ). Адвасп правда не ставила.

[ray]

Мож. версия новая, у меня ISIS 2.4 ставится не захотел

[Helлен]

ISIS 2.5 , но он оч давно вышел. Года 3 его юзаю

[SIG]

у АСД есть программа Structure Elucidator которая делает именно это.

Я ее как-то для интереса пробовал на известных соединениях, для которых был набор экспериментальных спектральных данных. По-моему, полный отстой. Я точно весь набор не помню, но одно соединение было 2-циклопентил диэтилмалонат. Оно его не угадало, и выдало вариантов 30 возможных фрагментов.
Что касается сравнения расчетных и экспериментальных ЯМР спетктров, то ACD SpectManager имеет все эти возможности. Получается весьма прилично, и этим реально можно пользоваться. А вот про побочные - ну не знаю, если реакция забористая, то в голову варианты могут и не прийти. И программа не поможет, поскольку Вы их сами отбросите как бредовые.

[Marxist]

В принципе для предсказания ЯМР-спектра надо обучить программу на достаточно большой базе. Насколько мне известно, легкодоступные библиотеки спектров не превышают пятидесяти тысяч соединений и неоднородны по их качеству. Чем больше спектров загрузят туда синтетики, тем лучшие программы напишут программисты. Коммерческие продукты с этой точки зрения ещё более таинственны. Существует ли база всех литературных спектров? Если только сайфайндер с реаксисом, но если там всё как в журналах, пользы от этого, кажется, не очень много.

Обратная задача -- можно решать на поиске по подобию, но здесь простор для любителей статистики большой.

Впрочем, это всё из общих соображений.