пептидные связи с длинными хвостами

[Upstream]

Нее - надо додавить! Полдела сделано = моноамид (надеюсь, не забыл второй эквивалент карбодиимида?) Теперь этот моноамид нужно проактивировать DCC-HOBt и повторно окучить амином.
Сейчас перечитал твой последний пост: дык, в негативе бисамид летать не должен - нет возможности ионизироваться, зато наверняка будут нековалентные димеры, а основным будет минорный моноамид с карбоксилом!
Ничего другого кроме как обработать живой трифторуксусной аликвотку и отдать на позитив мод, делать не нужно. Может там всё в порядке.
Успехов!

[maks]

yes, sir !!!

[maks]

кстати а додавить
какой порядок добавления : acid , DCC , amine,HOBT ?
DCC - 2 эквивалента клал как положено и в первый раз

[А.Мюллер]

Что-то у меня совсем пессимистический прогноз по этой схеме. Если активировать моноамид, то он скорее замкнётся в имид, чем прореагирует со второй мопекулой амина.

Был такой биографический факт: чтобы получить моноамид янтарной кислоты, размыкал янтарный ангидрид избытком амина в водной среде. Казалось бы, чево там? На клочке фильтровалки реакция выглядела вполне канонической. Но хрена с два - основным продуктом оказался циклический имид.

Кстати, аминирование сложного эфира вряд ли от этой беды излечит. Я бы посоветовал от Asp отказаться вообще, попробовать на Glu. Там замыкание в имид идёт потруднее.

[maks]

коллеги хелп , ибо макс свихнулся
итого в растворе бывали DCC , HOBT , octadecylamine , BOC-Asp, ( производной глутаминовой , которые любезно советовали Upstream and Muller как меньшее из зол не было под рукой ). чего ожидал нарисовал на картинке
в итоге получил громадный пик в позитиве 476 (прямой ввод). вещество весьма плохо растворимо во всем, в образец внесли как-то растворив в ацетонитриле , что это ???
если вы думаете что это все то ошибаетесь, не отходя от масс-спектрометристки, подкладывая ей в рот шоколадки, что бы не сбежала на обед , суспендировал это в дихлорметане и накапал трифторуксусную кислоту, с надеждой снять BOC и поумнеть
моментально суспензия растворилась , закололи - результат тот же пик 476 ( еще 449 появился) ,
коллеги помогите ибо как сказано выше этот пептидец меня get crazy
P.S
в негативе BOC-моноамид/монокислота 484 , которая была прежде теперь не наблюдается

[А.Мюллер]

Ой ё...

Тем не менее, не расстраивайтесь.

И это пройдёт

Пишите, чего новенького. Мы подумаем.

[Upstream]

maks, вряд ли это тебя утешит, но это тризамещённый гуанидин, аддукт карбодиимида с октадециламином (206+270). Их легко дают гидрохлориды аминов при активации in situ. Однажды мы его получили при работе с гидрохлоридом трет-бутилового эфира пролина.

Я бы всё делал так: Вос-дикислота + 1 моль твёрдого ДЦК, через 10 мин + 2 моля амина при 0, через час ещё 1 моль ДЦК (раствор медленно по каплям при минус 10).

[maks]

Upstream у меня даже аппетит прорезался коль скоро стало ясно что эта масса имеет смысл
я только не понял что это за гуанидин такой , в нем аминогруппа свободная есть ? если можно нарисуйте

[maks]

он ?

[Бухалыч]

guanidine.png

[maks]

ага , тогда вопрос пептидоделитанта
а почему этот продукт не получается всегда припептидном синтезе когда встречаются ДЦК и амин ?
гидрохлоридов не было

[А.Мюллер]

Макс, почитайте примеры в этом патенте. То, что касается получения диамидов янтарной кислоты - практически ваш случай:

http://de.patentsdb.org/patent/microsph ... 39592.html

Что касается вашего последнего впроса, честно говоря, не знаю. Но если вы не будете спешить с добавлением амина, а сначала проактивируете BocAsp смесью ДЦК-хобот часок другой при комнатной, и лишь потом добавите амин - гуанидина точно не будет.
Итак, мой вариант:

1 моль BocAsp+2.1 моль ДЦК + 2.1 моль хобота в ДМФ, перемешивание при комнатной 2-3 часа, быстро отфильтровываетесь от дициклогексилмочевины. У вас в растворе будет бис-гидроксибензотриазолидный эфир бок-аспарагиновой кислоты.Клювом при этом щёлкать не рекомендуется, в отличие от гидроксисукцинимидных эфиров эти производные гидролизуются весьма легко, поэтому от влаги надо на протяжении всего синтеза предохраняться. Мочевину можно собрать, высушить, взвесить и убедиться, что её аккурат 2 моля.

Фильтрат охлаждаете в ледяной бане, прикапываете медленно раствор 2 моль амина в том же растворителе (или присыпаете, если не растворим) и оставляете на мешалке овернайт вместе с ледяной баней, пусть себе тает и нагревается.

По ТСХ убеждаетесь, что реакция прошла, охлаждаете массу в холодильнике и разбавляете достаточным количеством ледяной воды. Ваш продукт выпадает аморфной массой, вы его отфильтровываете, моете слабокислой водой (от непрореагировавшего амина), слабощелочной водой (от хобота и моноамида асп), просто водой, сушите и перекристаллизовываете. Это удача, это успех.
Почти уверен.
Ну и, собственно, с Новым годом.

[maks]

коллеги, спасибо за консультации ,пойду варить
авось в новом году и сварится

[Upstream]

Похоже всё ещё проще, если верить фирме Хенкель:
http://www.freepatentsonline.com/3619225.html

FlSuc.jpg

В рамках моей специализации, когда оптическая чистота на первом месте, такое грубое насилие исключается по умолчанию. Но для твоей задачи, Макс, это уже не табу. Ангидрид Z-Asp образуется количественно при обработке уксусным ангидридом с отгонкой избытка. К остатку добавляешь толуол и на всякий пожарный отгоняешь десятую часть, чтобы убрать следы уксусной и ангидрида. Затем туда 2 моля амина и как Хенкель прописал. С насадкой Дина-Старка будешь видеть прогресс. С Вос-производным тоже может прокатить.
Успехов в Новом Году!

[maks]

Спасибо, но пока мы не разбежались пить шампусик еще один вопрос а как же быть с BOC-protected amine не порушит ли его уксусный ангидрид , да и кислота там образуется наверняка?

[maks]

самое забавное, что биологи сказали по поводу структуры получившейся , а знаешь что дайка нам ее проверить , наверное их привлекло знакомое слово гуанидин

[Upstream]

>а почему этот продукт не получается всегда при пептидном синтезе когда встречаются ДЦК и амин ?

Этот вопрос был досконально изучен Меррифильдом с сотр. с применением радиоактивно-меченого карбодиимида. Сухой остаток таков:

1. Непротонированная аминогруппа к карбодиимидам равнодушна (зато она неравнодушна к любым XXTU; уже достало регулярно читать, как по эти граблям неустанно топчится пептидный народ с подачи синьора Альберисио ).
2. Карбоксил активируется на 1-2 порядка быстрее, чем гуанидилируется протонированный амин.

В твоём случае, если не было избытка карбодиимида, причины не ясны. Почитай Меррифильда в оригинале, это поможет разобраться:
Merrifield RB, Gisin BF, Bach AN: Limits of reaction of radioactive dicyclohexylcarbodiimide with amino groups during solid-phase peptide synthesis. J.Org.Chem. 1977, 42:1291-1295.

>а как же быть с BOC-protected amine не порушит ли его уксусный ангидрид , да и кислота там образуется наверняка?
Уксусная ему не страшна, отгонять нужно на роторном исп. Если есть под рукой ангидрид, это удобнее, чем фильтровать мочевину с ДЦК. А вот за многочасовое кипячение с толуолом я на 100% не уверен. Но Z-Asp - 100 пудов - выдержит.

[maks]

поскольку я не есть пептидщик , кто есть Альберисио не знаю, но видимо это не есть хорошо
а протинироваться амин вполне мог собственно аспартатом , кислота посильнее уксусной будет или такое обьяснение не катит
Мерифилда почитаю, в который уж раз спасибо !!!

[Zord]

Maks, а вы не пробовали конденсировать при помощи CDI? Замешиваете все вместе-кислоту, амин, затем сыпете CDI и в общем то все, выделяете продукт...

[maks]

нет,пока с ДЦК игрался