Topspin - вопрос чайника

[гаер*]

В качестве чайника прошу совета - в топспине открываются 1H, 13C, COSY, а при попытке открыть гетеро-корреляции пишет "Defined levels are outside of dataset range". Что делать? Что и в каких настройках поправить?

[Tasha]

Надо масштабировать спектр, в верхней панельке та же кнопочка, которая отвечает за масштабирование спектра для одномерного. Должно сработать.

[гаер*]

Спасибо, буду пробовать!

[amge]

"Defined levels are outside of dataset range".

Нужно просто увеличить интенсивность пиков. Способом, про который написала Tasha , либо покрутив колесо мышки от себя. Еще можно нормализовать уровни, исполнив ау-программу clev. Тогда пики будут видны сразу.

Ликбез про уровни от моего коллеги.

[гаер*]

Спасибо! Спасибо! Действительно, увеличение интенсивности помогает.

[OrganicChemist]

Надо масштабировать спектр, в верхней панельке та же кнопочка, которая отвечает за масштабирование спектра для одномерного.

Можно скрин кнопки? Тоже интересует. Для удобства скрин окна Topspina

[amge]

Восстанавливаю (из кэша яндекса) свой пост, который, очевидно, был потерт из-за неполадок с форумом:

"Defined levels are outside of dataset range".

Нужно просто увеличить интенсивность пиков. Способом, про который написала Tasha , либо покрутив колесо мышки от себя. Еще можно нормализовать уровни, исполнив ау-программу clev. Тогда пики будут видны сразу.

Ликбез про уровни от моего коллеги.

Можно скрин кнопки? Тоже интересует. Для удобства скрин окна Topspina

За увеличение/уменьшение интенсивности отвечают кнопки *2 /2 *8 /8 и следующая за ними, которая для плавного изменения.

[гаер*]

Мой пост тоже пропал. Ещё раз - большое спасибо ! ! Жал кнопки или крутил колесо - и всё получилось !

Пользуясь случаем, хочу спросить ещё.
В картинках корреляций 1H-13C вижу сверху спектр 1H, а пики в площади картинки немного им не соответствуют. Можно откалиброваться по какому-нибудь пику, и тогда будут соответствовать. Но как быть, если я хочу сначала подвинуть именно верхний 1H-спектр, и только потом откалибровать двумерный спектр?

Сорри за терминологию - чайник остаётся чайником.

[amge]

В картинках корреляций 1H-13C вижу сверху спектр 1H, а пики в площади картинки немного им не соответствуют. Можно откалиброваться по какому-нибудь пику, и тогда будут соответствовать. Но как быть, если я хочу сначала подвинуть именно верхний 1H-спектр, и только потом откалибровать двумерный спектр?

Обычно в картинках корреляций сверху/сбоку проекции двумерного спектра. Чтобы поместить туда настоящие одномерные спектры, нужно через контекстное меню (правый клик на проекции) выбрать External proection... и задать expno/procno с соответствующим одномерным спектром. Если у Вас в проекциях сразу настоящие спектры, значит, вышеописанное уже проделал оператор.

Протонные спектры обычно калибруют, в результате изменяется параметр SR (посмотреть его можно во вкладке ProcPars или командой sr). Соответственно, нужно откалибровать и двумеры (либо вручную, либо изменив SR через вкладку ProcPars или командой sr).
Углеродные спектры также обычно калибруют вручную. Но, согласно рекомендациям IUPAC [Pure Appl. Chem., Vol. 80, No. 1, pp. 59–84, 2008], делать этого не следует! Их (и остальные тяжелые ядра тоже) рекомендуют калибровать по протонному спектру по специальной формуле, которая заложена в ау-программу xiref. И, между прочим, это наименее трудоемкий способ откалибровать серию спектров. Для каждого спектра в командной строке говорите
xiref expno procno (где expno procno - это соответствующие номера протонного спектра, по умолчанию 1 1)
В командной строке клавиатурная клавиша Up вызывает предыдущую команду, так что набрать ее нужно только один раз.

Подвинуть двумер относительно проекции я не знаю способа, кроме как откалибровать. Но можно воспользоваться двойным дисплеем (у меня кнопочка с черным спектром и красным над ним). В двойном дисплее просто перетащите нужные спектры на двумер. Там есть дополнительные инструменты, чтобы смещать выделенный спектр.

[Tasha]

Внесу и свою лепту. По скрину второй ряд кнопочек слева направо: *2 /2 *8 /8 - увеличить/уменьшить интенсивность спектра соответственно в 2 и 8 раз. За ними следует кнопка со стрелками - плавное изменение интенсивности. Потом *Х - изменить интенсивность в заданное число раз (кажется в двумернике аналог изменения числа уровней в Хвине. Затем идет кнопка стрелки вверх-вниз с ограничителями - автоматическое масштабирование интенсивности спектра по максимальному пику, а за ним более важный для двумерного инструмент (гауссиана, сеченная горизонтальными линиями), позволяющий вручную менять число и интенсивность кросспиков.

[Cherep]

Можно скрин кнопки? Тоже интересует. Для удобства скрин окна Topspina

Не в тему: на двумернике справа вверху по осям можно прикрутитть не проэкции двумерника на оси (там сейчас такие бугры, что ужос), а реальные сректры.

[OrganicChemist]

по осям можно прикрутитть не проэкции двумерника на оси, а реальные сректры.

Я в курсе. Этот скрин взят из Google. Мой вопрос был как у топик стартера. Кстати, внизу окна Topspin, там, где окошко уровня лока, сам уровень часто скачет 0-12-100% в чем может быть дело?

[Cherep]

Я в курсе. Этот скрин взят из Google. Мой вопрос был как у топик стартера. Кстати, внизу окна Topspin, там, где окошко уровня лока, сам уровень часто скачет 0-12-100% в чем может быть дело?

Не понял вопроса...
во время регистрации разных там двумерников с градиентными импульсами уровень лока скачет будь здоров... А так вот чтобы просто -- не знаю.

[OrganicChemist]

Имеется ввиду не отдельное окно лока, а встроенное маленькое окошко в сам Topspin (рис. ниже)

[гаер*]

amge, огромное спасибо за кучу полезной информации!!!
Буду потихоньку разбираться. А вот скажите, пожалуйста, при публикации данных раньше я писал, что шкала 1H и 13C калиброваны по растворителю - столько-то и столько-то м.д. А если шкала 13C будет калибрована через xiref, то как это выразить словами, по-русски и по-английски?

[amge]

А если шкала 13C будет калибрована через xiref, то как это выразить словами, по-русски и по-английски?

К сожалению, не знаю. Пока ни разу не приходилось публиковать откалиброванные таким образом спектры, но в будущем собираюсь. Если найдете, не сочтите за труд, поделитесь, пожалуйста.