Компьютерное моделирование реакций

форум для специалистов в области органической химии
organic chemistry issues discussion for professional scientists
Ответить
shprotx
Сообщения: 117
Зарегистрирован: Ср апр 16, 2014 2:18 pm

Компьютерное моделирование реакций

Сообщение shprotx » Вс апр 20, 2014 4:07 pm

Был поражен красотой того, с какой легкостью, избирательностью и точностью белки производят реакции
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22385275
Вряд ли человек без помощи компьютера может такое создать, а так хотелось бы иметь какое-нибудь ПО, позволяющее хотя бы приблизительно промоделировать ход реакции с заданным мной веществом, хотя бы со сложностью уровня вот этой полимеризации капролактона:
TBD_caprolactonePolym.png
Отсюда вопрос: а есть ли разработки такого рода? Ну то есть я что-то слышал о http://ru.wikipedia.org/wiki/Folding@home и http://accelrys.com/products/discovery- ... ation.html - первое точно здесь никак не поможет, а второе? Поможет ли оно мне, или так и придется тыкать пальцем в небо в надежде, что в очередной попытке я таки получу нужное мне вещество? Или хотя бы, к примеру, определить растворимость простой соли в протонном растворителе без экспериментальных данных.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 9629
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Компьютерное моделирование реакций

Сообщение avor » Вс апр 20, 2014 4:59 pm

Во-первых забудьте о легкости. За этой легкостью стоят миллиарды лет химической эволюции и сотни миллионов лет биологической эволюции. Во вторых это в статьях все красиво, а стоит плюнуть в колбу и все эти белки рзвалятся, так же они перестают работать при смене растворителя, изменении температуры и просто от присутствия в растворе таких безобидных веществ как соль или мочевина, не говоя уже о сдвигах рН на пару едениц,

Во вторых вычислительное предсказание хода химических реакций не решается с помощью наращивания вычеслительных мощностей. Проблема не в недостатке мощности, а в недостатке фундаментального знания и теоретического аппарата для решения таких задач.

shprotx
Сообщения: 117
Зарегистрирован: Ср апр 16, 2014 2:18 pm

Re: Компьютерное моделирование реакций

Сообщение shprotx » Вс апр 20, 2014 8:28 pm

avor писал(а):Во вторых вычислительное предсказание хода химических реакций не решается с помощью наращивания вычеслительных мощностей. Проблема не в недостатке мощности, а в недостатке фундаментального знания и теоретического аппарата для решения таких задач.
Но задачу сворачивания белков же решают вычислительными мощностями? Или белки просто являются неким узким, чуть более изученным, чем остальные, классом задач?
Или же вы хотите сказать, что теории квантовой физики недостаточно для описания хода химических реакций? У нас есть диференциальная функция положения электрона, мы можем проэмулировать взаимодействие атомов в разных положениях. Сложные физические явления же как-то эмулируют, правильно? Каких фундаментальных знаний нам не хватает?
UPD: по поводу "плюнуть в колбу": ну дык слюна - это ведь весьма агрессивная среда. И точно так же многие обычные химические реакции в некоторых средах не идут или идут в обратном направлении. Просто некоторые сложные органические соединения еще и необратимо изменяются в агрессивной среде, куда уж таким огромным соединениям, как белки. И тем не менее белки могут в достаточно широких условиях среды хотя бы выживать.
UPD2: была уже тема 2 месяца назад, сразу не удалось найти viewtopic.php?t=444

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 1416
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Компьютерное моделирование реакций

Сообщение ChemNavigator » Вс апр 20, 2014 9:33 pm

shprotx писал(а):UPD2: была уже тема 2 месяца назад, сразу не удалось найти viewtopic.php?t=444
Судя по Вашей же ссылке, эта тема была не 2 месяца назад, а 10 лет назад.

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 7974
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Компьютерное моделирование реакций

Сообщение chemist » Вс апр 20, 2014 9:57 pm

shprotx писал(а):Или хотя бы, к примеру, определить растворимость простой соли в протонном растворителе без экспериментальных данных.
Не думаю, что в ближайшие 500 лет это будет возможно, химия - наука сугубо экспериментальная :wink:
I D E A = A u

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 9629
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Компьютерное моделирование реакций

Сообщение avor » Вс апр 20, 2014 10:19 pm

--Но задачу сворачивания белков же решают вычислительными мощностями?
Нет, не решают, не решается она такими методами.
-- Или же вы хотите сказать, что теории квантовой физики недостаточно для описания хода химических реакций.
Хочу именно это сказать.
-- Каких фундаментальных знаний нам не хватает?
Если бы я знал, то уже бы давно опубликовал и сидел бы ждал , что к моменту появления моих правнуков может и нобелем наградят, если доживу. :-)


Это как с аэрогидродинамикой. Механики и математики недостаточно для решения уравнения навье-стокса.
-- по поводу "плюнуть в колбу": ну дык слюна - это ведь весьма агрессивная среда.
Да, ладно, вам прибедняться по сравнению с каким-нибудь хлором или тионилхлоридом или 1М щелочью, или реактивом гриньяра это просто святая водица.
-- И тем не менее белки могут в достаточно широких условиях среды хотя бы выживать.
Вот не надо мне рассказывть про волшебную силу белка.

Ответить

Вернуться в «органическая химия / organic chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: rombach и 4 гостя