Был поражен красотой того, с какой легкостью, избирательностью и точностью белки производят реакции
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22385275
Вряд ли человек без помощи компьютера может такое создать, а так хотелось бы иметь какое-нибудь ПО, позволяющее хотя бы приблизительно промоделировать ход реакции с заданным мной веществом, хотя бы со сложностью уровня вот этой полимеризации капролактона:
Отсюда вопрос: а есть ли разработки такого рода? Ну то есть я что-то слышал о http://ru.wikipedia.org/wiki/Folding@home и http://accelrys.com/products/discovery- ... ation.html - первое точно здесь никак не поможет, а второе? Поможет ли оно мне, или так и придется тыкать пальцем в небо в надежде, что в очередной попытке я таки получу нужное мне вещество? Или хотя бы, к примеру, определить растворимость простой соли в протонном растворителе без экспериментальных данных.
Компьютерное моделирование реакций
Компьютерное моделирование реакций
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Компьютерное моделирование реакций
Во-первых забудьте о легкости. За этой легкостью стоят миллиарды лет химической эволюции и сотни миллионов лет биологической эволюции. Во вторых это в статьях все красиво, а стоит плюнуть в колбу и все эти белки рзвалятся, так же они перестают работать при смене растворителя, изменении температуры и просто от присутствия в растворе таких безобидных веществ как соль или мочевина, не говоя уже о сдвигах рН на пару едениц,
Во вторых вычислительное предсказание хода химических реакций не решается с помощью наращивания вычеслительных мощностей. Проблема не в недостатке мощности, а в недостатке фундаментального знания и теоретического аппарата для решения таких задач.
Во вторых вычислительное предсказание хода химических реакций не решается с помощью наращивания вычеслительных мощностей. Проблема не в недостатке мощности, а в недостатке фундаментального знания и теоретического аппарата для решения таких задач.
Re: Компьютерное моделирование реакций
Но задачу сворачивания белков же решают вычислительными мощностями? Или белки просто являются неким узким, чуть более изученным, чем остальные, классом задач?avor писал(а):Во вторых вычислительное предсказание хода химических реакций не решается с помощью наращивания вычеслительных мощностей. Проблема не в недостатке мощности, а в недостатке фундаментального знания и теоретического аппарата для решения таких задач.
Или же вы хотите сказать, что теории квантовой физики недостаточно для описания хода химических реакций? У нас есть диференциальная функция положения электрона, мы можем проэмулировать взаимодействие атомов в разных положениях. Сложные физические явления же как-то эмулируют, правильно? Каких фундаментальных знаний нам не хватает?
UPD: по поводу "плюнуть в колбу": ну дык слюна - это ведь весьма агрессивная среда. И точно так же многие обычные химические реакции в некоторых средах не идут или идут в обратном направлении. Просто некоторые сложные органические соединения еще и необратимо изменяются в агрессивной среде, куда уж таким огромным соединениям, как белки. И тем не менее белки могут в достаточно широких условиях среды хотя бы выживать.
UPD2: была уже тема 2 месяца назад, сразу не удалось найти viewtopic.php?t=444
- ChemNavigator
- Сообщения: 2086
- Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am
Re: Компьютерное моделирование реакций
Судя по Вашей же ссылке, эта тема была не 2 месяца назад, а 10 лет назад.shprotx писал(а):UPD2: была уже тема 2 месяца назад, сразу не удалось найти viewtopic.php?t=444
Re: Компьютерное моделирование реакций
Не думаю, что в ближайшие 500 лет это будет возможно, химия - наука сугубо экспериментальнаяshprotx писал(а):Или хотя бы, к примеру, определить растворимость простой соли в протонном растворителе без экспериментальных данных.
I D E A = A u
Re: Компьютерное моделирование реакций
--Но задачу сворачивания белков же решают вычислительными мощностями?
Нет, не решают, не решается она такими методами.
-- Или же вы хотите сказать, что теории квантовой физики недостаточно для описания хода химических реакций.
Хочу именно это сказать.
-- Каких фундаментальных знаний нам не хватает?
Если бы я знал, то уже бы давно опубликовал и сидел бы ждал , что к моменту появления моих правнуков может и нобелем наградят, если доживу.
Это как с аэрогидродинамикой. Механики и математики недостаточно для решения уравнения навье-стокса.
-- по поводу "плюнуть в колбу": ну дык слюна - это ведь весьма агрессивная среда.
Да, ладно, вам прибедняться по сравнению с каким-нибудь хлором или тионилхлоридом или 1М щелочью, или реактивом гриньяра это просто святая водица.
-- И тем не менее белки могут в достаточно широких условиях среды хотя бы выживать.
Вот не надо мне рассказывть про волшебную силу белка.
Нет, не решают, не решается она такими методами.
-- Или же вы хотите сказать, что теории квантовой физики недостаточно для описания хода химических реакций.
Хочу именно это сказать.
-- Каких фундаментальных знаний нам не хватает?
Если бы я знал, то уже бы давно опубликовал и сидел бы ждал , что к моменту появления моих правнуков может и нобелем наградят, если доживу.
Это как с аэрогидродинамикой. Механики и математики недостаточно для решения уравнения навье-стокса.
-- по поводу "плюнуть в колбу": ну дык слюна - это ведь весьма агрессивная среда.
Да, ладно, вам прибедняться по сравнению с каким-нибудь хлором или тионилхлоридом или 1М щелочью, или реактивом гриньяра это просто святая водица.
-- И тем не менее белки могут в достаточно широких условиях среды хотя бы выживать.
Вот не надо мне рассказывть про волшебную силу белка.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot] и 23 гостя