Размер фуллерена

форум для специалистов в области органической химии
organic chemistry issues discussion for professional scientists
Аватара пользователя
SSR
Сообщения: 230
Зарегистрирован: Пн окт 01, 2007 9:06 pm

Сообщение SSR » Вс ноя 25, 2007 2:07 am

Бухалыч писал(а):Ну раз у Вас там 4 атома внурях, можете еще полангстрема на "радиус" накинуть. С84 ведь Td group. (Думаю, что речь именно об этом изомере)
Вспомнился анекдот про то, как Капица устраивался на работу к Резерфорду (тот сначала не хотел его брать, но быстро сдался, когда Пётр Леонидович заметил, что увеличение штата на одного человека вполне согласуется с погрешностью типичного эксперимента в группе мэтра :)). Если сравнивать форму самого фуллерена и его @-производного, то, скорее всего, не стоит ожидать значимого увеличения диаметра - более вероятно деформирование исходного полиэдра (хотя для С84 это уже достаточно условно).
VTur писал(а):Если брать обьём атомов (или атомов в молекулах) или молекул то только по Бейдеру. Сам до последнего времени этим занимался.
У этого подхода есть как минимум один большой плюс - он ''физичен''. К сожалению, данная система пока, наверное, слишком велика для подобного рассмотрения. Поэтому от спекуляций с радиусами, скорее всего, не уйти (хотя, как Вы заметили, это скорее для самоуспокоения и украшения статьи).
Последний раз редактировалось SSR Вс ноя 25, 2007 11:52 am, всего редактировалось 1 раз.
Если люди не полагают, что математика проста, то только потому, что они не понимают, как на самом деле сложна жизнь (Джон фон Нейман)

Аватара пользователя
Бухалыч
Сообщения: 1789
Зарегистрирован: Сб июн 02, 2007 1:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Бухалыч » Вс ноя 25, 2007 9:31 am

SSR писал(а):
Бухалыч писал(а):Ну раз у Вас там 4 атома внурях, можете еще полангстрема на "радиус" накинуть. С84 ведь Td group. (Думаю, что речь именно об этом изомере)
Вспомнился анекдот про то, как Капица устраивался на работу к Резерфорду (тот сначала не хотел его брать, но быстро сдался, когда Пётр Леонидович заметил, что увеличение штата на одного человека вполне согласуется с погрешностью типичного эксперимента в группе мэтра :)). Если сравнивать форму самого фуллерена и его @-производного, то, скорее всего, не стоит ожидать значимого увеличения диаметра - более вероятно деформирование исходного полиэдра (хотя для С84 это уже достаточно условно).
Да не, я имел ввиду, что там полость не сферическая, а в форме сглаженного тетраэдра, и скандии вписываются в его вершины, за счет чего им там посвободнее, ежели в сфере того же объема

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Вс ноя 25, 2007 8:58 pm

SSR писал(а): К сожалению, данная система пока, наверное, слишком велика для подобного рассмотрения.
Если задача оптимизации геометрии решена и это не переходное состояние, то найти заряд на атоме (и высшие моменты), его объём, энергию, заселенность, силы и т.д. - не более одной десятой времени от оптимизации и обычно (пока было так) меньше суток. Для такой симметричной системы много считать не надо. Нужна программа и начем.

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8442
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Сообщение ИСН » Пн ноя 26, 2007 10:34 am

SSR писал(а):Если сравнивать форму самого фуллерена и его @-производного, то, скорее всего, не стоит ожидать значимого увеличения диаметра
Верно, ни малейшего. Зато с эндо-барахлом внутри иногда получаются те изомеры скелетов, которые просто так (пустыми) получаются гораздо хуже, а то и вовсе не получаются (пример - Ih-C80).

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Вт ноя 27, 2007 5:25 pm

Стал корчить из себя шибко умного и забыл ответь на вопрос - как узнать размер внутренней (любой) полости (а через неё и объем) фуллерена.

Если считали в ГАМЕССе (с нормальным выводом в PRINT "по умолчанию") или в ГАУССИАНЕ и в декартовых функциях, то действия такие:
1. Открываете Ваш *.out файл в MolDen.
http://www.cmbi.ru.nl/molden
2. Переходите в Euclid модель и Density.
3. Задаете плоскость сечения молекулы с помощью трех атомов в PlotPlane.
4. Рисуете контур с внешней изоповерхностью 0.001 а.е. в Step.
5. По экрану линейкой меряете требуемый диаметр полости или любой размер эл. плотности.
Получается с великолепной точностью.
Если это для статьи, то объяснить действия - "линейкой по экрану" будет крайне затруднительно. Тогда дополнительные шаги:
6. Сохраняете изображение в PostScript (файл изображения с расширением *.ps)
7. Оцифровываете изображение.
8. Меряете все, что хотите.

helicase
Сообщения: 472
Зарегистрирован: Чт окт 11, 2007 7:43 am

Сообщение helicase » Ср ноя 28, 2007 5:25 am

VTur писал(а):Если считали в ГАМЕССе (с нормальным выводом в PRINT "по умолчанию") или в ГАУССИАНЕ и в декартовых функциях, то действия такие:
1. Открываете Ваш *.out файл в MolDen.
http://www.cmbi.ru.nl/molden
...
8. Меряете все, что хотите.
результат сильно зависит от выбора граничной изоплотности при определении полости?
можно взять 0.001 а.u., а можно и 0.004 a.u., а в модели ван-дер-ваальсовых шаров (отражение статистически обработанного эмпиризма) произвола поменьше

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Ср ноя 28, 2007 9:02 pm

helicase писал(а):результат сильно зависит от выбора граничной изоплотности при определении полости?
можно взять 0.001 а.u., а можно и 0.004 a.u., а в модели ван-дер-ваальсовых шаров (отражение статистически обработанного эмпиризма) произвола поменьше
0.001 а.u. - этот размер уже устаканился для газов, для твердых тел 0.002 а.u. А, вообще-то, если москвич, спроси Цирельсона из МХТИ. Он энту плотность меряет.

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8442
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Сообщение ИСН » Чт ноя 29, 2007 10:23 am

Цирельсон рентгенщег. Увязать X-ray'ную плотность с расчётной - отдельная наука, иногда всё хорошо, а иногда ну будто как помирить католиков с православными, вроде бы Бог один (=вроде бы плотность одна и та же), а вот хренушки.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт ноя 29, 2007 4:31 pm

ИСН писал(а):Цирельсон рентгенщег. Увязать X-ray'ную плотность с расчётной - отдельная наука, иногда всё хорошо, а иногда ну будто как помирить католиков с православными, вроде бы Бог один (=вроде бы плотность одна и та же), а вот хренушки.
Я к тому, что это реальный физический объект (не орбитали какие-нибудь) и его свойства можно измерять. А на счет контуров (размер атомов или молекул) - это, вроде, решено еще в начале 90-х.

Ответить

Вернуться в «органическая химия / organic chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя