Как хранить спектры ЯМР?

[JannLee]

Народ такая проблема начала возникать. Много спектров (порядка 300) набралось. Начинаю неохотно признавать, что приходится делать повторный синтез для того, чтобы снять спектр заново, т.к. старый найти не могу. Храню спектры по папочкам с номерами и соответственно стоит номер в лаб. журнале (на ноутбуке)
Как вы храните спектры. Вбиваете спектр прямо в фаил-отчет по синтезу или вклеиваете в тетрадь? Или храните все по папочкам с номерами синтеза и ступени синтеза.

Дело вот еще в чем. У нас тупая Виндовс 95 стоит и она не понимает имя файла длинее 8 символов, постоянно обрезает имя и если снимаю в день 3-4 пробы ЯМР, то возникает путаница после конвертирования в формат ACDLabs.
Пример: XxXx001с1.yyy Последняя цифра (1) есть счеткик пробы для ЯМР. Т.е. синтез 001, ступень С (или 3 ступень, т.к. a-b-C-d-.....) и 1 номер пробы для ЯМР. То есть я могу сделать 2 или 3 пробы с разными растворителями (хлороформ, тяж. вода, ацетон). Так вот эту последнюю цифру 95 винда сжирает и заменяет на ~1. И потом голову ломаю, по несколько раз конвертирую файлы спектров... короче запарился.

[Сержл]

публиковать материал в течение месяца. Распечатывать и подписывать. Хранить этикетки от ампул с номерами типа 01010508- №№ддммгг.

[FOX-7]

Харашо работаете.
Я храню в ISIS BASE. Хочешь ищи по формуле, хочешь по ключевому слову, хочешь по названию.

[Любитель_Манниха]

А чё, Win95 слабо? XP нормально у меня шла на втором пне 350 MHz

[Vanya Ivanov]

многолетний опыт привел меня к выводу - чем проще тем лучше.
Нумерация файлов NMR, LCMS, IR, UV или mass - сквозная,
- несколько букв и цифр - огромное разнообразие и лучше запоминается - например - ABC00123
- первичная ссылка стоит в лаб журнале и/или отчете
- рисую почти всегда формулы или состав смесей на спектрах/хр-мах (бумажных и/или электронных) - на фиг - секретность - самому бы не запутаться!

Например, спектр ABC00789 сделан явно позже чем ABC00123, с учетом моей синтетической производительности и
интереса к работе (пару - полтора года назад). Открываем первоисточник и с умным видом перелистываем пока "...не напьемся
из реки по имени факт.." Ну и т.п.

[VOVAN CIR]

Сквозная нумерация + размещение в папки по датам

[rombach]

У ACDLabs, не сочтите за рекламу , есть такая программа, называется Specman. Она позволяет обрабатывать спектры, прикреплять к ним структурную формулу соединения, создавать базу данных и хранить там эти спектры вместе со структурами. В одном файле могут храниться сотни и тысячи разных спектров. Все файлы со спектрами лежат в одной куче, отдельно лежит один файл с базой, в которой все это собрано вместе, причем размер файла с базой значительно меньше размера кучи отдельных спектров. Удобство работы с базой данных состоит в том, что кроме поиска в текстовых полях можно проводить поиск по структуре, и даже по отдельным сигналам в спектре. Как вы понимаете, поиск структуры в базе из 300 соединений будет длиться секунды. Тут же будут и все спектры для этой структуры, причем не в виде картинки, а в форме, пригодной для последующей обработки. Нумерация спектров при этом может быть произвольной, поиск по структуре выдает спектр со всеми дополнительными данными.
Когда-то эти программы работали и под Виндовс 95 на 133 МГц, но под ХР на чем-либо приличном будут работать лучше.

[JannLee]

rombach,
может SpecManager? Я его только начал осваивать. В лабе была цензура жесткая. Никакого левого софта. Сейчас вроде полегче. Я установил ACDLabs. И осваиваю SpecManager. Не подскажешь в двух словах как эту базу спектров организовать в ACDLabs?

Кстати не знаешь как там правильно интегрировать пики?

[rombach]

Ну да, манагер.
Базу спектров организовать очень просто. В окне Processor Window внизу есть кнопочка Database. А в том окне нажимаем вверху Database->New. Получаем пустой файл. После этого, при открытом файле базы, обработав спектр в процессоре давим сверху кнопочку Update Database. Спектр кладется в базу.
А какие проблемы с интегрированием пиков? Давишь Manual и нажатой левой кнопкой мыши интегрируешь что надо.
Кстати, какая версия SpecManagerа?

[JannLee]

rombah,
1. Specmanager v6
2. После открытия спектра я нажимаю внизу на Database. Програ первый раз ругнулась, на то что у меня не созданна база данных. Создал. Спектр перенес, структ. формулу тоже. Нашел как заметки вставлять. Еще бы механизм реакции вставить для полноты отчета.
3. Мануалом я пробую еще. Автоматом я что то не пойму, что прога принимает за единицу. Сумма всех пиков должна быть единица, а считаю, что то единица не выходит. Надо еще вечером разобраться.

Такой вопрос: Я так понял база спектров (фаил .nd5) создается для одного вещества. Т.е. одно вещество одна структурная формула и несколько спектров (5-6 спектров ЯМР с разными растворителями, Масс-спектр, Инфрокрасный спектр). Получается на каждое вещество надо заводить отдельную базу (фаил) или их можно объединить в одну глобальную базу?

[rombach]

1. понятно
2. после нажатия Update Database спектр переносится вместе со структурой, которая д.б. к нему, соответственно приделана.
3. автоматом я интегрировать не люблю, т.к. бывает, интегрируется много мелочи, которая не нужна. Сумма всех пиков может быть равна чему угодно, это выставляется отдельно в options.

База спектров (фаил .nd5) создается для всех спектров и структур, которые будут добавлены в него, когда он открыт, из SpecManagerа при нажатии Update Database. Если структура уже будет в базе, программа спросит, добавить спектр отдельной записью, или присоединить его к записям для уже имеющейся структуры. Для каждой структуры создается запись с произвольным количеством спектров, записей в базе будет столько, сколько будет различных структур.
Разумеется, можно и на каждое вещество завести базу, только смысла в этом нет. Что, потом опять ручками искать?

[rombach]

... Еще бы механизм реакции вставить для полноты отчета...

Для механизмов, уравнений реакции и полноты отчета есть другая программа, я использую E-Notebook, но это отдельная тема.
Не знаю, может ACDLabs сейчас тоже что-то подобное сделали?

[Warfarin]

Структуры, их шифры + номер опыта по журналу (в котором образец получен) в ISIS BASE храню, а в журнале отмечаю шифр полученного соединения. Исходные фиды и обработанные спектры в PDF - файлы c именами в соответсвии с шифром.

[JannLee]

Warfarin,
Можно пример?
Пока организовал базу в ACDLabs SpecDB (ABCDLabs v6). Проблема с выводом на печать и ставление картинок и механизмов реакции. Хотелосьбы все в одном месте и под конец чтобы генерировлся отчет в виде MS Word документа.

Нашел правильная база данных называется ACD Combi NMR

[i_van_69]

Каждый опыт в журнале имеет свой номер, допустим 1232. На спектры сдаю под тем же номером, но так как приходится переснимать по несколько раз (пользуюсь ЯМР вместо ТСХ), то к цифре прибавляю буквы в алфавитном порядке: получаю 1232а, 1232в, 1232с и т.д. На спектрах пишу нужную мне информацию, допустим время отбора проб. Затем все в скоросшиватель и на полку. Сбоку скоросшивателя пишу номера спектров. Получается все просто, доступно и под рукой.

[JannLee]

Ситуация такая,
синтезирую я комплексы. Синтез идет в 4-7 стадий. Запущенно несколько парралельных синтезов (2 синтеза, первая пробы стадия 3 вторая 1-я стадия).

Да я сам храню спектры под номерами синтеза. Но дело в том, что отчет все больше просят в электронном виде переслать и спектр. Мне самому тоже удобней искать по формуле, дате и т.д. Второе, когда идут параллельай синтезы сложно удержать все номера и шифры в голове. Хотелосьбы вообще все жти номера выкинуть из головы.

[Cherep]

Я в дисер вставлял спектры, которые сохранял в формате eps. Он векторный, а следовательно при печати ничего не искажалось. Благо XWinPlot (под IRIX) это позволял.
Под M$ Windows используются векторные форматы wmf и emf вроде. С M$ Word они дружат. Вроде виндовые проги для процессинга спектров в этот формат конвертируют.

К чему этот пост. К пересылке копий спектров. В виде векторной картинки. Либо eps опятьже в pdf легко конвертировать. Либо искать, есть ли в современном софте опция конвертирования отпроцесенного спектра сразу в пдф.

[mercaptan]

Я спектры храню в виде фидов 2-х видов.
1-й исходный, необработанный (напр., ABC-75.fid) и второй - обработанный (processed) (ABC-75_proc.fid). ABC - это мои ФИО, 75 - номер синтеза по журналу.
Конвертирую в emf при необходимости и "наклеиваю" формулу, а в журнал записываю сам спектр и/или еще и картинку рисую.

[JannLee]

mercaptan
А можно по подробней, что значит обработанный спектр? Проинтегрированный?

[mercaptan]

...что значит обработанный спектр?

...Со значениями химсдвигов, констант и интегралов