пептидные связи с длинными хвостами

[maks]

возвращаясь к когда то затронутой в дискуссиях теме
коллеги имeется BOC-aspartate, надо сделать из него С18 бисамид (биологи капризничают), а затем снять BOC,
посоветуйте какой каплинг реагент /систему выбрать .Если кто поделится какой конкретной процедурой буду очень благодарен.
Тривиальный DCC не вполне успешно получается, там еще несколько процентов монокислоты остается, и биологи утверждают
что на клетки это действует хреново, а-ля детергент и губит их , так что прошу подмоги у специалистов.Заранее спасибо

[SkydiVAR]

Монокислота должна элементарно отбиваться на силикагеле (сидеть намертво, в то время как бисамид побежит хорошо, чуть ли не с фронтом). Ну, или EDC можно попробовать...

[maks]

оставив в сторонке тему колонки, которая ,конечно, вполне актуальна хотел перенаправить вопрос в сторону собственно каплинга
а в чем прелесть новомодных штук типа HCTU ? кроме цены , впрочем у биологов денег немало..
каких условий они требуют ?
а EDC активней DCC ?

[OrganicChemist]

EDC тем хорош, что разбавленной кислотой можно полностью отмыть (pH 4-6) - дает соль по аминогруппе.
Посмотрите тут о получении амидов:

[SkydiVAR]

а в чем прелесть новомодных штук типа HCTU ? каких условий они требуют ?

Работал с HATU - выходы количественные. Но я там совокуплял пару олигопептидов, для которых и аминокислоты приходилось варить, так что овчинка выделки стоила. А вообще - пара EDC+HOAt тоже прекрасно работает.

а EDC активней DCC ?

И активней, и (главное!) мочевина водорастворимая получается - легко отмыть.

[OrganicChemist]

А что касается активаторов - это да. Много разных напридумывали сейчас:

[maks]

да, много товаров хороших и разных
спасибо за советы, коллеги

и паралельно вопросы для общего развития , я пардон совсем не пептидщик
"пара EDC+HOAt тоже прекрасно работает" какая последовательность прибавлений реагентов, в ДМФ можно творить ? у меня подозрение что С18 амин ленивый, но греть в этой химии вроде как не принято или все же можно?

[SkydiVAR]

Peptide condensation step for the preparation of peptides using EDC/HOAt - mediated coupling.

EDC (1.03 mmol) and HOAt (1.05 mmol) were added to a cooled (4 °C) solution of the respective N-protected amino acid (1 mmol) in anhydrous CH2Cl2 (3 mL). After 20 min, the solution of the appropriate crude N-deprotected peptide (0.97 mmol) and TMP (3 mmol) in anhydrous CH2Cl2 (1 mL) was added at the same temperature. The temperature was allowed to reach 20 °C and stirring was continued for 15 h. Then the reaction mixture was diluted with diethyl ether or ethyl acetate (30 mL) and washed with water (2 × 5 mL), 1 M KHSO4 (3 × 5 mL), water (2 × 5 mL), 5% aqueous NaHCO3 solution (3 × 5 mL), water (3 × 5 mL), brine (2 × 5 mL), dried over MgSO4, filtered and concentrated under reduced pressure. The residue was purified by column chromatography or recrystallization.

TMP = 2,4,6-триметилпиридин, он же симм-коллидин.

[maks]

спасибо большое ,
и еще уточнение HOAt видимо эффективней HOBT ?

[SkydiVAR]

спасибо большое ,
и еще уточнение HOAt видимо эффективней HOBT ?

Насчет эффективности - не уверен, но более модный - это точно. И, вроде бы, уменьшает рацемизацию, но, насколько я помню, - на единицы процентов.

[chemist]

а в чем прелесть новомодных штук типа HCTU ? кроме цены , впрочем у биологов денег немало..

Бедные биологи, если б они знали . Хотя федеральный банк им ещё залёных бумажек напечатает, если очень надо
Коллега maks, а дихлорангидрид фталиласпарагиновой кислоты разве не известен?

[maks]

коллега chemist
а какой CAS у этого реагента ?

[chemist]

коллега chemist
а какой CAS у этого реагента ?

Не знаю, самому интересно, надо смотреть в SF.

[maks]

а может быть соответствуещей кислоты 42406-53-1 ? по англицки это N-Phthaloyl-L-aspartic acid ?
а в чем плодотворная дебютная идея , заменить фталоилимидной группой BOC ? а если да то зачем ?

[chemist]

а может быть соответствуещей кислоты 42406-53-1 ? по англицки это N-Phthaloyl-L-aspartic acid ?
а в чем плодотворная дебютная идея , заменить фталоилимидной группой BOC ? а если да то зачем ?

Мне думается, что дихлоранигидрид БОК-аспарагиновой кислоты менее стабилен, чем дихлоранигидрид фталоил-аспарагиновой, а снимать защиту солянкой или гидразином - без разницы. К тому же фталильные производные часто более кристалличны - легче будет толком очистить полупродукт, из которого получится более чистый продукт, если уж для биологов так критичны микропримеси.

[maks]

спасибо, идею понял
честно говоря на кристалличность не сильно расчитываю , даже с учетом того что гидрохлорид амина меня устроил бы вполне,хвосты по 18 не навевают в этом плане оптимизма
но поробую поиграть еще с BOC, а там посмотреть будем
и еще один момент я что то не нашел ее в каталогах

[chemist]

спасибо, идею понял
честно говоря на кристалличность не сильно расчитываю , даже с учетом того что гидрохлорид амина меня устроил бы вполне,хвосты по 18 не навевают в этом плане оптимизма
но поробую поиграть еще с BOC, а там посмотреть будем
и еще один момент я что то не нашел ее в каталогах

Фтальимидные производные всегда нормально кристаллизуются, даже если есть длинные хвосты, а вот БОКи - как повезёт. Почему этого дихлорангидрида нет в каталоге - ХЗ, возможно чтобы больше продавались всякие дорогие и модные реагенты, о которых упоминалось выше, а м.б. просто из-за большей склонности фтальимидных производных к рацемизации. Если энантиомерная чистота не важна, то я бы попробовал сначала с фтальимидным, только его надо найти в SciFinder, у меня ссылки на его синтез не оказалось.

[Upstream]

Боюсь, Макс, что дело тут не в недостатке активации, а в гнуснейших наклонностях аспарагиновой кислоты.
Я уже однажды здесь по ней прохаживался и продолжаю настаивать, что Asp - наиболее проблемный остаток в пептидной химии, а если в вашей системе возможно образование нежелательного 5-членника, то будьте уверены, что именно он окажется главной палкой в колёсах. Жаль, что мыслить структурными формулами на автомате получается не всегда

Asu.jpg

В данном конкретном случае, после амидирования первого карбоксила (I), второй будет норовить замкнуть аспартииидный цикл I, выход которого будет прямо пропорционален мощи активации. После водной обработки он будет давать продукты моноацилирования (Х=ОН, везде оба региоизомера). Если отталкиваться только аспарагиновой, то единственный отход - это ацилировать аналогичный спирт (или вторичный амин типа HN(Me)R). Ближайший гомолог - глутаминовая к-та имеет аналогичный недостаток - будет много пироглутаминового аддукта III, но его можно полностью задавить при использовании фталимидной защиты.
Подозреваю, однако, что биологи просто хотят дешёвый аналог цельнозолотого фосфатидилэтаноламина (IV), пригодный для коньюгации с чем угодно. В таком случае, конструкцию V нужно собрать из подручных материалов, которые не способны осложнять синтез образованием 5 и 6-членных циклов. Можно просто повесить глицин на продажный диацилглицерин или исходить из лизина, диэтаноламина, триса и т.д
Успехов в дизайне!

[maks]

коллега, Upstream
аспартат выбрал я , не зная этих подводных камней, биологам нужен недлинный амин, к которому прицеплены две длинные С18 цепи через амидные группы ,
я им предложил такую структуру на бумаге , они сказали о, подойдет

бью челом,подскажите какая структура не будет проблемной ?

[OrganicChemist]

Коллега maks, определите подробнее критерии выбора недлинного амина и то, через какие атомы должны быть присоединены октадецильные радикалы.