Вопрос медицинским химикам

[Michael1]

Если тут конечно таковые есть.
Подскажите пожалуйста несколько вариантов биоизостеров для амидной группы. Особенно, если знаете что-то новенькое и оригинальное - желательно, чтобы имитировались для водородной связи и донорные свойства и акцепротные свойства . Пока придумал только попробовать 3,5 - дизамещенный - пиразол.

[Cherep]

Гидроксамовая кислота?
О-метилгидроксамовая?

[Michael1]

Гидроксамовая кислота?
О-метилгидроксамовая?

Недостатки у амидной группы для медхимика - ее тривиальность ( все закрыто патентами,не внесешь новелти) и ее достаточно быстрая расщепляемость в организме. Упомянутые Вами группы менее тривиальны, но вот насчет устойчивисти к метаболизму - есть опасения...

[Michael1]

Гидроксамовая кислота?
О-метилгидроксамовая?

Да, забыл - амидная связь в середине молекулы, то-есть - не концевая амидная группа, а связующее звено, вот его бы хорошо бы заменить.

[avor]

Да, забыл - амидная связь в середине молекулы, то-есть - не концевая амидная группа, а связующее звено, вот его бы хорошо бы заменить.

По моему вопрос фундаментально не разрешим и вообще бессмыслен и умозрителен.

А по поводу патентов, когда патентуется сразу какое то ядро с парой(а то и десятком) тысяч комбинаций заместителей, а реально проверено меньше сотни и эффективно меньше десятка, так это извраты патентной системы. Когда вы пытаетесь их обойти, так, как вы пытаетесь, вы воюете не с патентной системой, а со своим коллегой, которого эта система тоже поставила раком.

Замените на еще более тривиальный эфир или менее тривиальную двойную связь( типа кротонового альдегида) орто ароматика пойдет, толку то что таких замен любая прога по предсказанию активности вам выдаст больше вариантов у нее ведь база данных а не общехимическая эрудиция.

[suprachemister]

литература

[Cherep]

Да, забыл - амидная связь в середине молекулы, то-есть - не концевая амидная группа, а связующее звено, вот его бы хорошо бы заменить.

Ха. Так этим занимались вроде при дизайне ингибиторов, кажется, протеазы вируса ВИЧ. И чёрти ещё каких протеаз.
И фосфорные группы совали и чёрти что.

Michael1, может ваш вопрос в иной раздел "требуется новое решение". А то вы там патент какой-то хотите

[gugu]

Первое, что приходит в голову - амидины и тиоамиды...

[palek]

Тиоамиды нельзя - токсичны.
А так - мочевины, сульфамиды, инверсия амидной группы, вообще её убрать )

[Upstream]

Дык, коллеги любезно обобщили эту информацию с примерами синтезов в Губен-Вейле Е22с:
10 Main-Chain-Modified Peptides
10.1 Synthesis of N-Alkylated Peptides
10.2 Synthesis of Depsipeptides
10.3 Synthesis of Peptides Based on Cα-Tetrasubstituted α-Amino Acids
10.4 Synthesis of Azapeptides
10.5 Synthesis of Peptides Containing Carbaamide Bond Replacements
10.6 Synthesis of Peptides Containing C/O Amide Bond Replacements
10.7 Synthesis of Peptides Containing C/N Amide Bond Replacements
10.8 Peptides Containing C/N/O Amide Bond Replacements
10.9 Synthesis of Peptides with Sulfur-Containing Amide Bond Replacement
10.10 Synthesis of Peptides with Phosphorus-Containing Amide Bond Replacements
10.11 Synthesis of retro-inverso-Peptides
10.12 Synthesis of Peptides Based on β-Amino Acids
10.13 Synthesis of Peptides Based on γ-Amino Acids
10.14 Synthesis of Peptides Containing Ureine and Urethane Linkages
10.15 Synthesis of Peptides Containing an Aromatic Spacer

в PDF это вещь есть на Гигапедии, а распознанный djvu лежит у Кемистера + на народе:

Код: Выделить всё

http://narod.ru/disk/5834978000/HW_22_a-d.rar.html

[young]

амидная связь в середине молекулы, то-есть - не концевая амидная группа, а связующее звено, вот его бы хорошо бы заменить.

А как Вам 1,4-дизамещённый 1,2,3-триазол?

[Dom]

У Вермута есть разные примеры изостеров амидной связи в пептидах. Прикрепил к сообщению страничку с примерами оттуда.

Camille G. Wermuth
The Practice of Medicinal Chemistry, Third Edition
есть на гигапедии, 27Мб

[Vanya Ivanov]

Как это ни покажется странно, но "биоизостеризм" - чисто экспериментальное понятие. Хотя и накопленно много примеров когда это "работает", но существуют примеры когда это не работает.
Соедините свои фрагменты "чем угодно", лишь бы конечная молекула прилипла виртуально к "фармакофору", и пробуйте активность экспериментально. Это более экономически выгодная стратегия. Чем синтез - в слепую

А вообще из литературы известны следующие примеры:

[img]amide%20-%20bioisosters.JPG[/img]