Пептидный синтез с помощью ДЦК

[TheCluster]

Уважаемые коллеги! Поделитесь, пожалуйста, ссылкой (или посоветуйте) наиболее общую методику пептидного синтеза посредством ДЦК. Интересуют: растворители, температура, pH (если вода), время синтеза (в среднем).

[OrganicChemist]

У Гершковича можно прочитать следующее:

[anatoliy]

Органические реакции. сборник 12. Очень советую.

[А.Мюллер]

Приведенные ссылки для начала вполне хороши. Начинайте с них. Что следует иметь в виду далее? Ребята, которые практикуют пептидный синтез bulk в растворе с ДЦК, обычно не используют стехиометрическое соотношение С и N компонентов.Понятно, что какой-то из конденсируемых компонентов дороже, какой-то дешевле. Дешёвый берут в избытке 5-10%, что позволяет довести реакцию до финиша по дорогому компоненту

Что ещё...
В случае стерических затруднений конденсации ДЦК не прёт. Прут реагенты для твердофазного синтеза.


В общем, вы начинайте, война план покажет...

[nikkochem]

С ДЦК лучше сначала получить "активированный эфир" нитрофениловый, лучше эфир N-гидроксисукцинимида. Недавно по совету Upstreama перешел на эфиры перфторфенола. Напрямую использование ДЦК в пептидном синтезе затруднительно.

[Upstream]

Последний исчерпывающий обзор по карбодиимидному методу Вы найдете Здесь:
Пептиды. Методы образования пептидной связи. Мир, начало 80-х. = Peptides. (Gross, E.; Meierthofer, J., Eds.) Academic Press: New York, 1979; Vol. 1.
В двух словах: нужно избегать использования солей аминов с сильными кислотами и полярных растворителей типа ДМФА и ДМСО, чтобы не нарваться на образование дициклогексилгуанидина из протонированной формы амина в первом случае и N-ацилмочевины во втором. Оптимально сыпать ДЦК (10-20% избытка) в стехиометрическую смесь амино и карбоксильной компонент, растворённых в минимуме ДХМ, EtOAc, THF в ледяной бане. 2 часа при комнатной, дальше ждать нечего. Избыток ДЦК гасят щавелевой к-той.

[FOX-7]

так что хобот в массу не давать совсем?

[Upstream]

Коли не жалко - можно и добавить. Только в растворе от него отмыться весьма проблематично. Кроме того, HOBt, HBTU & TBTU в прошлом году были признаны взрывоопасными и запрещены для авиаперевозок: Wehrstedt et al J. Hazard Mat 2005, A126, 1-7

Код: Выделить всё

http://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2005.05.044

А другие способы доставки влетят в копеечку. ((
Название книжки я перврал:
Пептиды. Основные методы образования пептидных связей. /ред. Э. Гросс, И.Майенхофер, М.: Мир,1983 похоже она ещё под сканер не попала, а жаль!

[FOX-7]

Коли не жалко - можно и добавить.

в смысле они там не нужны и так сойдет?!
Чтобы было не жалко, можно и n-гидроксисукцинимид сыпануть. Есть ли между ними разница- реальная?

[Upstream]

Чтобы было не жалко, можно и n-гидроксисукцинимид сыпануть. Есть ли между ними разница- реальная?

1 экв HOBt почти на порядок ускоряет конденсации с участием любых активированных эфиров включая гидроксисукцинимидные. Насколько мне известно, у HONSu каталитические свойства выражены намного слабее, хотя рКа у них близки (~4-4.5). Сыпать HOBt или не сыпать зависит от трудности конденсации, вероятности рацемизации и осложнений по незащищённым гидроксилам, а также проблем с отделением от оного. Описано образование стабильных нековалентных аддуктов HOBt с длинными полипептидами, которые не разрушаются даже после фтористого водорада и хроматографирования.

[nikkochem]

Мне уважаемый Upstream в свое время предложил перейти на пентафторфенол вместо гидроксисукцинимида. Очень доволен. Хочу попробовать такой подход в синтезе дендримера

[nitroxyl]

Peptides. (Gross, E.; Meierthofer, J., Eds.) Academic Press: New York, 1979 есть в БЕНе. Книга стоящая, Перевод не видел. Отсканировал давно и пдф-файл получился тяжеловат - 40 мегов.

[Cherep]

эээээ.... это первый том?

[nitroxyl]

Он самый: Major methods of peptide bond formation.
В инете как-то была доступна еще такая книжка:
CHEMISTRY OF PEPTIDE SYNTHESIS
N. Leo Benoiton, Published in 2006 by
CRC Press
Taylor & Francis Group