pass

[gavnovar]

Cлышу о таком звере постоянно, а в глаза не видел ни разу! можете пожалуйста кинуть ссылочку на скачавание, если таковая конечно есть...)))

[Vittorio]

коллега, скачивать не надо. Заходите сюда, регитесь (бесплатно), юзаете.

[Dottie]

а кто нибудь сравнивал прогнозы данные онлайн и программой на отдельном компьютере? другими словами обновляются ли дескрипторы в онлайн версии, сам то сайт не обновлялся уже пару лет да и новостей не шлют уже года полтора...

а по поводу скачивания - когда-то там была ссылка на пробную версию с сильно урезанной функциональностью... онлайн лучше намного..

[Marxist]

Они регулярно обновляют дистрибутив. Насчёт онлайна не знаю.

[Dottie]

про дистрибутив знаю.

[user_911]

Имел возможность провести испытания по активностям для которых у меня есть прогноз PASS. Прогноз был 98%, а в реале как мел

[Любитель_Манниха]

Дык аффтары и говорят, что если вероятность в прогнозе высока, то активность не нова

[Dottie]

Имел возможность провести испытания по активностям для которых у меня есть прогноз PASS. Прогноз был 98%, а в реале как мел

ПАСС - пара красивых страниц в диссере, ничего серьезнее. Сравниваются тупо структурные формулы, пусть даже и поделенные на "дескрипторы" без учета зарядов, конформации и т.п. Писал я когда - то дипломную по хиназолинонам, был раздел по предсказанию взаимосвязи структура/активность, в ПАССе отобрали нужные активности, как положено в пределах 0,6-0,8.. и нифига. крысы сказали свое "фе"
степень сходимости данных прогноза с реальностью получилась около 15%...

[Marxist]

Сравниваются тупо структурные формулы, пусть даже и поделенные на "дескрипторы" без учета зарядов, конформации и т.п.

Этим метод и хорош

степень сходимости данных прогноза с реальностью получилась около 15%...

Для однокнопочного прогноза это хорошо, даже очень. Конечно, было бы неплохо это оценить почестнее и тиснуть куда-нибудь, была бы очень нужная статья.

[NechIvVas]

Про сходимость прогноза с реальностью около 15% - зацепило. Кто-нибудь знает публикации последних лет, хотя бы в ЖОРХе, в которых именно предсказания PASS определили синтез? Или это всё игры разума уважаемых разработчиков?

[Marxist]

У нас в стране почти не занимаются планированием синтеза на основе каких-либо рациональных соображений. Особенно те, кто публикуется в ЖОрХе.

[wait]

Ага, самое прикольное ввести в прогноз Маленькие, но очень забавные вещества. На пример, MeOH, EtOH, Et2O диву даешься какие активности у них предсказываются! Вот это польза! Вот это количество! Господа ничего не синтезируйте, бросайте колбы. Панацея EtOH+Et2O (Выпил и занюхал).
Хотелось бы воду предсказать или метан, дык ограничение наложено в програме...

[Cherep]

У нас в стране почти не занимаются планированием синтеза на основе каких-либо рациональных соображений. Особенно те, кто публикуется в ЖОрХе.

sad but true
занимаются тем, что получается

[Marxist]

Ага, самое прикольное ввести в прогноз Маленькие, но очень забавные вещества.

Есть такое понятие -- область применимости модели.

[Ferom]

Тоже когда-то задавался этим вопросом, и здесь увидел лишь отрицательные отзывы. Неужели ни у кого, ни разу не было совпадения хотя бы в 70%? Давайте попробуем сузить область применимости: допустим в базе есть некая подборка иминов, а мне интересен спектр биологической активности по бициклическим иминам. Насколько можно доверять прогнозу - на 15% или на 70%? Или, другими словами, как оценить качество предсказания конкретно по иминам?

[абр]

У нас в стране почти не занимаются планированием синтеза на основе каких-либо рациональных соображений. Особенно те, кто публикуется в ЖОрХе.

Зефиров - нет?

[Marxist]

Тоже когда-то задавался этим вопросом, и здесь увидел лишь отрицательные отзывы. Неужели ни у кого, ни разу не было совпадения хотя бы в 70%?

Надо посмотреть, что написано в статьях, в которых цитируется основная работа, которую у них положено цитировать, и делать выводы.

Давайте попробуем сузить область применимости: допустим в базе есть некая подборка иминов, а мне интересен спектр биологической активности по бициклическим иминам. Насколько можно доверять прогнозу - на 15% или на 70%? Или, другими словами, как оценить качество предсказания конкретно по иминам?

Во-первых, PASS выдаёт какой-то параметр, сравнивающий новизну соединения с тем, что есть в обучающей выборке, -- что-то типа "число новых дескрипторов". Если оно больше нуля, точность предсказания приближается к точности бросания монетки в качестве метода предсказания. Во-вторых, их модели построены на достаточно небольших обучающих выборках. Точность экстраполяции всегда ниже точности воспроизведения. В-третьих, если уж так хочется сделать тест, надо взять и сделать его -- взять серию молекул, точно не входящих в обучающую выборку, и посмотреть, что получается. Здесь главная проблема в том, что у них очень много активностей без мишени; в большинстве случаев модели для общих активностей -- "пальцем в небо". В-четвёртых, спектр биологической активности бициклических иминов надо смотреть в реферативных базах данных, причём чтоб они были manually curated, а не пытаться спрогнозировать. В-пятых, если у вас есть подборка молекул, для которых надо найти биологическую активность, можно воспользоваться и каким-нибудь другим методом, их довольно много.

Зефиров - нет?

Это не то, что публикуется в ЖОрХе.

[NechIvVas]

Наконец-то упросил коллег, у которых есть локальная версия PASS, провести предсказание и сравнить его с онлайн-версией. По поводу локальной версии - точно не знаю, какая именно, говорят, что лицензия. По поводу результатов - совпадение активностей примерно через одну. Для интересующихся файл с данными выложен здесь. Т.е. пока получается, что в зависимости от используемой модели PASS, вероятность предсказания наличия активности - 50%. Возможно, это зависит от соединения, потому что моё соединение включает положительно заряженый органический катион и анион, который PASS'ом не учитывается.

[Marxist]

Дело не в лицензионности, а в том, что модели быстро устаревают.

вероятность предсказания наличия активности - 50%.

Какая-то бессмысленная формулировка.