Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Уважаемые коллеги, помогите пожалуйста чайнику
Необходимо сшить 2 белка между собой в соотношении 1:1. Один из белков находится в форме сукцинимидного эфира. Ситуация осложняется тем, что второй белок находится в смеси с реополиглюкином - полимером глюкозы с молекулярной массой 30-40 кДа. Вот тяжкие сомнения меня гнетут - не пойдет ли каких-нибудь побочных реакций с этим декстраном?
Реакцию собираюсь проводить в боратном или бикарбонатном буфере рН 8.0-8.5, температура +4. Очень нужно авторитетное мнение синтетиков. Заранее спасибо.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
придет коллега Upostream все Вам уточнит
что бы было яснее -вопросы
все карбоксильные группы модифицированы в сукцинимидн эфир ? это вообще белок или пептид
что значит в смеси с реополиглюкином , он привязан к нему ковалентно или просто судьба свела их вместе в одной колбе ?
аминогруппы этого второго пептида свободны ?
что бы было яснее -вопросы
все карбоксильные группы модифицированы в сукцинимидн эфир ? это вообще белок или пептид
что значит в смеси с реополиглюкином , он привязан к нему ковалентно или просто судьба свела их вместе в одной колбе ?
аминогруппы этого второго пептида свободны ?
он химик, он ботаник-князь Федор , мой племянник
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Добрый день. В первом компоненте только одна группа активирована эфиром. К моему стыду выяснилось, что это не пептид и не белок, это витамин. Других активных групп помимо эфирной там вроде нет. Второй компонент- таки белок находится в смеси с реополиглюкином - они не связаны ковалентно. Как Вы правильно выразились, судьба свела их в одной ампуле. То ли предпринимать какие-то усилия по очистке 2-го компонента (никогда ранее не приходилось белок от полисахарида чистить), то ли проводить реакцию как есть...
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
милая Дафна, а можно в студию имя или формулу этого витамина , что бы понять можно было не будет ли побочных реакций
ну а от этого декстрана на мой взгляд очистить необходимо , ибо там есть спиртовые группы -тьма штук и кто даст гарантию что они не будут реагировать с активированным эфиром , наверное по скорости реакция близка к желаемой Вами реакции с аминами белка , а если белок короткий, то статистика 30-40 кДа декстрановых спиртов забьет эфир
чистить как белок от декстрана не посоветую , не специалист, напрашивается какои нибудь электрофорезный метод, может подправьте название темы и тогда к Вам подтянуться и полимерщики, чего посоветуют
ну а от этого декстрана на мой взгляд очистить необходимо , ибо там есть спиртовые группы -тьма штук и кто даст гарантию что они не будут реагировать с активированным эфиром , наверное по скорости реакция близка к желаемой Вами реакции с аминами белка , а если белок короткий, то статистика 30-40 кДа декстрановых спиртов забьет эфир
чистить как белок от декстрана не посоветую , не специалист, напрашивается какои нибудь электрофорезный метод, может подправьте название темы и тогда к Вам подтянуться и полимерщики, чего посоветуют
он химик, он ботаник-князь Федор , мой племянник
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Название можно запросто - это биотин. Обыкновенная реакция биотинилирования белка. Примеров литературе масса, поэтому с самой методикой проблем у меня не возникло. Белок около 70 кДа, похож на БСА, но лизинов у него побольше. Спасибо за совет, полимерщиков опрошу обязательно
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Есть мнение что NHS-эфиры обычно не используют для варки сложных эфиров, поэтому на мой взгляд декстран реагировать не должен. Но и законы Мерфи никто не отменял. Для надёж-ти лучше почиститься.
Ищите и обрящите.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Да, в общем-то, сукцинимидные эфиры и варят для селективного синтеза амидов.... Где-то в классике это встречал, сейчас не припомню...
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Присоединяюсь к мнению. Кристина! не парьтесь. Метьте так. Не должен NHS реагировать с полисахарами.Semenych писал(а):Есть мнение что NHS-эфиры обычно не используют для варки сложных эфиров, поэтому на мой взгляд декстран реагировать не должен. Но и законы Мерфи никто не отменял. Для надёж-ти лучше почиститься.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Для пристрелки по варке эфиров можно глянуть Larock-а, и Гершковича. Ещё коллеги выкладывали классику Bodanszky по пептидам. Ежели никто не опередит, то вечером гляну. Интересно, а ежели будет биотинилированный декстран, он вам большую каку сделает? 
Ищите и обрящите.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Конечно это создаст ряд проблем, которые потом придется долго и мучительно решать. Соотношение при сшивке должно быть получено примерно 1:1. При этом понятно, что мы в любом случае получим некое распределение. Если предположить, что декстран не будет участвовать в реакции, тогда можно было бы взять соотношение реагентов белок/эфир как 1:1,1 или 1,2 например с учетом реакции гидролиза эфира. Если же декстран-таки будет участвовать, то при таких соотношениях я получу только часть белка биотинилированного. Причем непонятно, насколько эта часть будет велика или мала. И чисть его потом от непрореагировавшего...Большой избыток эфира биотина я взять не могу, поскольку тогда у меня будет пришиваться больше молекул, чем нужно. Спасибо за рекомендованную литературу. Посмотрю.Semenych писал(а):Для пристрелки по варке эфиров можно глянуть Larock-а, и Гершковича. Ещё коллеги выкладывали классику Bodanszky по пептидам. Ежели никто не опередит, то вечером гляну. Интересно, а ежели будет биотинилированный декстран, он вам большую каку сделает?
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
При указанных соотношениях (обычно эфира берут гораздо больше) Вы получите много и непрореагировавшего белка и бис-биотинилированного и сделать с этим ничего нельзя. NHS-эфир это не собака-ищейка, натренированная на поиски немодифицированного белка. А про гликан - забудьте. Ведь у Вас в белке как минимум десятка два экспонированных гидроксилов серина и треонина + вода в буфере.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
-- При этом понятно, что мы в любом случае получим некое распределение.
Вот именно в любом случае у вас будет присутствовать в смеси не меченный белок.
--что декстран не будет участвовать в реакции, тогда можно было бы взять соотношение реагентов белок/эфир как 1:1,1 или 1,2 например с учетом реакции гидролиза эфира.
А если предположить, что декстран участвует примерно с эффективностью в 100-1000 раз меньшей чем первичные аминогруппы, то его влиянием можно спокойно пренебречь
--Большой избыток эфира биотина я взять не могу, поскольку тогда у меня будет пришиваться больше молекул, чем нужно.
Такое может происходить и при соотношении 1:1 при высоких концентрациях реагентов и при низких тоже, но с гораздо меньшей вероятностью.
Вот именно в любом случае у вас будет присутствовать в смеси не меченный белок.
--что декстран не будет участвовать в реакции, тогда можно было бы взять соотношение реагентов белок/эфир как 1:1,1 или 1,2 например с учетом реакции гидролиза эфира.
А если предположить, что декстран участвует примерно с эффективностью в 100-1000 раз меньшей чем первичные аминогруппы, то его влиянием можно спокойно пренебречь
--Большой избыток эфира биотина я взять не могу, поскольку тогда у меня будет пришиваться больше молекул, чем нужно.
Такое может происходить и при соотношении 1:1 при высоких концентрациях реагентов и при низких тоже, но с гораздо меньшей вероятностью.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
В общем по Bodanszky есть переэтерификация, но п-нитрофениловых в замещённые бензиловые и в присутствии имидазола. В вашем случае декстран видимо стоит в сторонке и тихо курит, пока NHS-Biot полиокучивает белок.
Ищите и обрящите.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Убедили, не поспоришь. Я об этом как-то не подумалаUpstream писал(а):При указанных соотношениях (обычно эфира берут гораздо больше) Вы получите много и непрореагировавшего белка и бис-биотинилированного и сделать с этим ничего нельзя. NHS-эфир это не собака-ищейка, натренированная на поиски немодифицированного белка. А про гликан - забудьте. Ведь у Вас в белке как минимум десятка два экспонированных гидроксилов серина и треонина + вода в буфере.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Ваши бы слова да богу в ушиSemenych писал(а):В общем по Bodanszky есть переэтерификация, но п-нитрофениловых в замещённые бензиловые и в присутствии имидазола. В вашем случае декстран видимо стоит в сторонке и тихо курит, пока NHS-Biot полиокучивает белок.
Re: Побочные реакции с сукцинимидным эфиром
Большое всем спасибо за советы, Вы мне очень помогли.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 16 гостей