Я утверждал, что высокая эффективность ферментов достигается в основном за счет сближения и правильной ориентации функциональных групп фермента вокруг молекулы субстрата внутри активного центра фермента.
Я утверждал, что если разместить функциональные группы так же как они стоят в ак-тивном центре фермента и закрепить их положение в пространстве с помощью неких фрагментов, создавая макроцикл или «корзинку», то такая конструкция будет работать так же, как фермент. Сложность состоит в том, что бы решить, как должны выглядеть фраг-менты, соединяющие функциональные группы, чтобы осуществить их выбранное про-странственное расположение.
Мною была составлена компьютерная программа, с помощью которой я попытался решить эту задачу. Я использовал чисто механический подход. Я представил молекулу как угловатую цепь, составленную из штырей расположенных под углом друг к другу, в углах цепи существует небольшой люфт, связь между углами может «прощелкиваться» прини-мая разрешенные положения. В качестве примеров мною было предложено несколько конструкций, в частности моделирующая работу сериновых протеаз.
Я предлагал совершенно бесплатно строить такие конструкции (не синтезировать) для проведения любых реакций, механизм которых известен или для извлечения из смесей отдельных веществ. Сам я не мог заниматься таким синтезом, потому что был ограничен в реактивах, приборах и анализах.
Но, увы и ах, мои идеи были встречены скептически. Особенно меня расстроил Marksist, он проверил мои структуры и наши результаты во многом не сошлись. И вообще Marksist выразил сомнения, что такой сугубо механический подход применим при расчете молекул. От огорчения я кинулся в квановомеханические дебри, начал читать литературу по молекулярной механике, а потом сказал сам себе:
Стоп, а не дурак ли я. Ну хорошо потрачу я уйму времени перепишу все на языке понятном молекулярным механикам и что это докажет? А ни чего не докажет! И вообще кто сказал, что не прав я? Где модели ферментов созданные ab nova и рассчитанные с использованием законов квантовой механики. Нету их! А мои модели вот они. Пока не будет проведено 2 – 3 провальных синтеза, одними расчетами, доказать, по крайней мете мне, что мои идеи бред, не удастся.
Я уже понял, что уговорить заняться сложным дорогостоящим синтезом никого не удастся. Дураков нет. Самому надо копаться. Нужна совсем простенькая реакция, с помощью, которой я мог бы синтезировать свои достаточно громоздкие конструкции. Понятно, что синтез должен идти на твердой фазе.
Короче, я репку почесал и выбрал в качестве такой реакции, реакцию диизоцианатов со спиртами и аминами. Реакция идет при комнатной температуре, количественно с образованием уретанов и замещенных мочевин. Диизоцианаты - ТДИ (толуолдиизоцианат) и МДИ (метилендифенилизоцианат) это доступные реактивы их можно найти в конторах выпускающих пенополиуретаны. В качестве объекта для работы я выбрал задачи, которые предлагаются на сайте innocentive.com. Я провел первые опыты, убедился, что ТДИ реагирует с силикагелем только по одной изоцианатной группе вторая остается свободной и по ней можно вести дальнейшие реакции. Но тут обстоятельства у меня изменились: из лаборатории, где я работал, меня пинками выгнали
. Работа осталась недоделанной. Ну, и чтобы добро не пропадало я решил выложить в файлообменник (http://exchange.chemport.ru/index.php) свои решения двух задач: № 3492384 Catalyst for Elec-trofilic Cyclization ($40 000) и № 3515983 Glycol Attachment to a Straight Chained Internal Alkene ($50 000). Если кто-то хочет попробовать, бога ради, пользуйтесь, ну и обсуждение мне будет интересно.Хочу добавить, что мои предложения о том, что я готов бесплатно предложить структуру катализатора для проведения любой реакции, для которой известен механизм и структура переходного состояния, остаются в силе.
Ответить на вопросы, если такие возникнут, я смогу дней через 4 -5. Хотя какие тут могут быть вопросы. Как говорили древние: «смотри и все увидишь».
Если нет... Может объясните.