Структуры веществ

[guliver2258]

Добрый вечер, коллеги!

Интересует такой вопрос. С помощью какой программы можно проверить теоретическую возможность существования определенной структуры?
У меня есть ISIS, ChemDraw, ACDLabs. Эти программы сразу дают знать если где-то не соблюдена валентность, но как проверить геометрию молекул я что-то не очень понимаю.
Причем заметил, что когда я рисую, то от кратности связи ее длина на рисунке вроде не меняется. А также я могу рисовать очень кривые молекулы и программа это нормально воспринимает
Clean Structure часто выдает еще более кривые молекулы чем я сам рисую:)))

Ну вот должен же быть способ проверить (по длинам связей и углам) может ли теоретически существовать нарисованная молекула

Посоветуйте, пожалуйста, поделитесь опытом:)

[Marxist]

1. Программы рисования предназначены не для этого.
2. Существуют молекулы с чрезвычайно нестандартными длинами связей и углами.
3. Чтобы проверить геометрию молекулы, надо её оптимизировать.
4. Если расчётные методы дают для молекулы минимум энергии, это ещё не значит, что она существует.

[guliver2258]

Спасибо, полезный комментарий:)

[amge]

Ну вот должен же быть способ проверить (по длинам связей и углам) может ли теоретически существовать нарисованная молекула

Если у Вас есть ChemDraw, то, скорее всего, есть еще одна программа из пакета CkemOffice, Chem3D. Скопируйте молекулу из ChemDraw в Chem3D. При этом она превратится в трехмерную. Запустите оптимизацию MOPAC'ом (именно им, а не MM). Если в процессе оптимизации не порвутся и не образуются новые связи (об этом можно будет судить по расстоянию между атомами), то, значит, нарисованная молекула, скорее всего, может существовать. При этом имейте в виду замечания Marxist'а.

[guliver2258]

Спасибо большое!
Все, разобрался, рисую модельки, оптимизирую, все отлично:)