ORCA vs Turbomole

[surius]

Коллеги, озадачился вопросом приобретения турбомоля. И одновременно начала жаба душить, и сразу в голову мысли всякие лезуть - а может и так обойдемся, а может есть и не медленне софт...
Вопрос к пользовалелям орки и ТМ, можете поделиться впечатлениями от скорости работы самых рутинных рачетов. Например оптимизация в DFT/GGA. И там и там есть RI... Знаю по опыту что ТМ очень быстр... (по крайней мере сильно быстрее Г16), а Орка? буду признателен за отзывы любого рода

Заранее спасибо

[Гесс]

У турбомоля очень быстра оптимизация, а вот частоты (и гессиан) меня огорчают, как минимум на Meta-Hybrid.
Eще меня бесит то что турбомоль находит мнимые частоты в оптимизированных гауссианом минимумах а в случае предварительно оптимизированных переходных состояниях даже имея одну правильную мнимую частоту по aoforce всеравно скатываться при переоптимизации в минимум. Вообщем я Турбомолем очень опечален, не говоря уже о define.

сорри что не очень по теме.
По скорости в сравнении с оркой возможно скажу через пару дней я счас плюнул на турбомоль и пробую воспроизвести те же яйца в орке. Это будет M06/def2-TZVP на системе в несколько десятков атомов.

[surius]

По скорости в сравнении с оркой возможно скажу через пару дней я счас плюнул на турбомоль и пробую воспроизвести те же яйца в орке. Это будет M06/def2-TZVP на системе в несколько десятков атомов.

У меня задачи несколько иные. Обычно это несколько сот атомов, обычно до 5 тысяч базисных функций. Обычно нужна оптимизация, и строго говоря не до частот (хоть чуть-чуть похож на минимум и уже хорошо). Так что да оптимизатор это пожалуй ключевой модуль
Буду признателен если отпишитесь за общие впечатления о скорости и прочем.

[Yurii]

Гесс, какую версию Турбомоля юзаете?

[Гесс]

Гесс, какую версию Турбомоля юзаете?

7.2.1_tmolex432, principally we have also 7.3_tmolex44, but its not default.

So last news, sorry I am looking now for hessians and not for optimisations.
System is the same, under RI it is

total number of cartesian basis functions : 734
total number of SCF-basis functions : 640

on main run

total number of cartesian basis functions : 1328
total number of SCF-basis functions : 1065

For M06 (Meta-hybrid GGA) Turbomole has analytical hessian, Orca just numerical, so comparison would be incorrect, but I can compare
M06 analytical hessian in Turbomole (m3 combi-grid) with B3LYP analytical hessian in Orca (Grid6).
Turbomole take 11 hours, for Orca 24 hours timelimit was not enough.
Gaussian16 for B3LYP without RI analytical hessian, default grid - slightly more than an hour on the same cluster (16 cores nodes). M06 was on another cluster so would be unfair to compare.

Actually I guess that my imaginary frequency problem might relate to default m3 grid that might be unsatisfactory small for Truhlars functionals.

[surius]

У меня сложилось впечатление что ТМ довольно хорошо работает scf, может не так хорошо как у gaussiana, но лучше чем у orca. По крайней мере такое ощущение было в версии 3.х Последняя версия которую я крутил была 4.1.2 и там мне казалось что стало лучше, но осадок остался.

Гесс, а можем мы замутить совместный тест. Я вам пришлю структурку, не супер большую, могли бы вы запустить оптимизацию. Она должна быстро сойтись. А я ее пущу в орке. Сделаем например 8core/5gb. И сравнить бы статистику. Если конечно есть время

[Гесс]

У меня тут 16 и 20 процовые ноды, надо будет ограничить турбомоль. Ну времени как бы как всегда нет но так как тут думать ненадо то можно попробовать.

[Vit Nhoc]

Расскажите, почему не Гауссиан? Из материальных соображений (платить не надо)?
Правильно ли я понимаю, что сейчас моя программа Chemcraft на порядок хуже работает с Orca или Turbomole, чем с гауссианом? Я это полагаю потому, что сам пользуюсь только гауссианом, и Chemcraft "оптимизирована" под него.

[Гесс]

Турбомоль тоже платный, у него как бы есть свои преимущества по сравнению с гауссианом, но для меня в нем больше недостатков.
Но так как я сейчас в институте где рождался Турбомоль, то Гауссиан в нем совершенно не приветствуется.
Я сейчас пытаюсь в орке или турбомоле воспроизвести переходное состояние найденное гауссианом и

Кемкрафт да, оптимизации и частоты показывает ну и на том спасибо.
Было бы интересно версию для установки на сервер чтоб не таскать туда-сюда файлы и версию для мака (без вайна и виртуалок), но это явно не в эту тему.

[Vit Nhoc]

Кемкрафт да, оптимизации и частоты показывает ну и на том спасибо.

А что сейчас более популярно на Западе - Орка или Турбомол?

Было бы интересно версию для установки на сервер чтоб не таскать туда-сюда файлы и версию для мака (без вайна и виртуалок), но это явно не в эту тему.

Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.

[madschumacher]

А что сейчас более популярно на Западе - Орка или Турбомол?

А Запад бывает разный. есть женщины, которые любят женщин, есть женщины, которые любят мужчин, а есть бисексуалы: у них для радости в два раза больше причин Где-то популярно одно, где-то второе, а кто-то и тем интересуется. А некоторые вообще любят эКспрессо.

Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.

MacOS - - особая система, ядро которой - - это модификация BSD. И да, ещё есть и Unix, ?BSD, Os/2, SunOS и куча других систем.

[Ahha]

Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.

Тут важно, что и макось, и линукс - POSIX-совместимые. Здесь прямо написано: "Wine (originally an acronym for "Wine Is Not an Emulator") is a compatibility layer capable of running Windows applications on several POSIX-compliant operating systems, such as Linux, macOS, & BSD...". Наверное, можно сказать, что и линукс и макось относятся к семейству Unix. Изначально Unix - название операционной системы, но потом всё начало ветвиться, ветвиться... Долгая история, но вам, как разработчику, возможно, будет интересно её нагуглить и почитать. Хотя бы начиная с той же википедии.

[Vit Nhoc]

Я знаю два вайна:

https://www.davidbaumgold.com/tutorials/wine-mac/

http://wineskin.urgesoftware.com/tiki-index.php

Как думаете, какой из них лучше (мне пользователь написал, что второй). И есть ли ещё вайны?

[Гесс]

First link is installlation manual of sofware from link https://www.winehq.org/
Second link: "While there is a lot to Wineskin, at its core it runs Windows™ software by using Wine (www.winehq.org)"

[Ahha]

Это один и тот же wine: www.winehq.org.

[madschumacher]

Изначально Unix - название операционной системы, но потом всё начало ветвиться, ветвиться...

Unix - это конкретная ось, а то, что Вы описали чаще всего обозначается как *nix, а называется "Unix-подобные оси".

[Vit Nhoc]

Это один и тот же wine: www.winehq.org.

Вы уверены что Wineskin и winehq это одно и то же, а не два подвида вайна?

[Гесс]

https://en.wikipedia.org/wiki/Wine_(sof ... plications и https://en.wikipedia.org/wiki/Wine_(sof ... ource_code - вот там прописано что такое Wineskin и прочие вайно-относящиеся утилиты. Мне несовсем понятно - а зачем? Насколько я понимаю сейчас кемкрафт можно запускать под вайном либо в виртуалках без дополнительных допиливаний.
И вообще я это все несколько позже перенесу в тему кемкрафта, насколько я понимаю.

[Ahha]

Вы уверены что Wineskin и winehq это одно и то же, а не два подвида вайна?

Вам же написали:

Second link: "While there is a lot to Wineskin, at its core it runs Windows™ software by using Wine (www.winehq.org)

P.S. Блин, опять. Гесс это делает нарочно.

[amge]

M06 analytical hessian in Turbomole (m3 combi-grid) with B3LYP analytical hessian in Orca (Grid6).
Turbomole take 11 hours, for Orca 24 hours timelimit was not enough.
Gaussian16 for B3LYP without RI analytical hessian, default grid - slightly more than an hour on the same cluster (16 cores nodes).

B3LYP analytical hessian Orca vs. Gaussian: >24 ч vs. ~1 ч
Какая-то катастрофическая разница. А по скорости оптимизации геометрии?