GIAO и ресурсы машины

hushpes · Сообщение **hushpes** » Вс июн 10, 2007 10:50 am

Спасибо за e-mail и за помощь!

Nik® · Сообщение **Nik®** » Вс июн 10, 2007 2:19 pm

Darth Vasya писал(а):Почему ПиСи? Что мешает скомпилить её на ПауерБуке?

Гамесс - полная противоположность "для домохозяек". И речь идёт не о возможностях и производительности, а о пользовательском интерфейсе. Он может быть прозрачным, когда ты видишь всё, что программа делает, и вынужден писать гигантские входные файлы, а может быть устроен по принципу "чёрного ящика" с единственной кнопкой "считать". Последнее хорошо для стиральной машины, а вот для квантово-химической программы - не всегда.

уважаемые, не могу с вами согласиться, разве *.gjf файл нельзя писать также как и для гамеса?
в гауссиане тоже много раличных ключей, а гамесс тоже можно запустить с минимальным набором, что же тут для домохозяек?

ИМХО настоящий ученый отличается от "домохозяйки" тем что он понимает суть своих расчетов и может сделать правильные выводы из полученных результатов в отличие от "домохозяйки", которая посчитала
что то и ладно "главное что без ошибки расчет закончился", что не всегда
говорит о том, что из полученных данных можно сделать вполне корректные выводы.

madness · Сообщение **madness** » Вс июн 10, 2007 6:56 pm

меня гауссиан радует тем, что он практически не обращается к харду, и использует ресурсы оперативки. в такое жаркое время как сейчас хардам нужен покой и прохлада)
а насчёт природы, как сказал Nord, меня пугают вот эти "хаки" господина Лайкова. соглашуьс по этому поводу с Никром, нам нужен адекватный расчёт а не "чтоб быстрей расчиталось и быстрей циферки в таблицу вписать"

Nord · Сообщение **Nord** » Пн июн 11, 2007 11:26 am

Nik® писал(а):уважаемые, не могу с вами согласиться, разве *.gjf файл нельзя писать также как и для гамеса?
в гауссиане тоже много раличных ключей, а гамесс тоже можно запустить с минимальным набором, что же тут для домохозяек?

ИМХО настоящий ученый отличается от "домохозяйки" тем что он понимает суть своих расчетов и может сделать правильные выводы из полученных результатов в отличие от "домохозяйки", которая посчитала
что то и ладно "главное что без ошибки расчет закончился", что не всегда
говорит о том, что из полученных данных можно сделать вполне корректные выводы.

Вы немного не поняли. Когда-то, в дни своей молодости, GAUSSIAN был действительно пакетом для профессионалов. Но Поппл, родитель сего детища в результате ряда процессов оказался оттеснен от него и произошла незаметная переориентация. Я немного (совсем каплю) в курсе некоторых процессов, происходящих в стане авторов gaussan'а и знаю, что, например, приоритетной проблемой для них является улучшение "смотрелки", причем только виндовой версии (линуксовая, скажем, имеет какие-то проблемы с визулизацией, но их никто не исправляет). Так что сейчас вектор развития находится вполне себе в духе лучших (или худших, кому как) образчиков софтостроительства "для неопытных пользователей", в сторону большей "самостоятельности" программы, чтобы не пугать бедных ламИров страшным числом непонятных опций

Nord · Сообщение **Nord** » Пн июн 11, 2007 11:31 am

Автору темы:

я тоже попробовал посчитать Вашу молекулу, но оказывается, что в direct, равно как и в parallel режиме спектр посчитать невозможно и действительно требуется очень много памяти. Судя по отсутсвию обсуждения этой опции в refs.doc и примера в tests, делаю вывод, что код, скорее всего, носит "пилотный" характер и в будущем ожидаются существенные улучшения. Однако пока использовать его для "серьезных" расчетов вряд ли удастся. Так что Prirod'у имеет смысл опробовать, хотя и с долей скепсиса и осторожности

hushpes · Сообщение **hushpes** » Вт июн 12, 2007 12:29 am

2Nord:

Спасибо большое за помощь! А то уж я начал думать, что сам что-то неправильно делал. Буду пробовать Природу.

А что еще есть для симуляции ЯМР? В одной из статей Tetrahedron Letters был указан некий DALTON package. Никто не знает, что это за зверь такой?

madness · Сообщение **madness** » Вт июн 12, 2007 1:03 am

http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html

Nik® · Сообщение **Nik®** » Вт июн 12, 2007 10:29 am

hushpes писал(а): А что еще есть для симуляции ЯМР?

А Gaussian не подходит ?
как уже писали он вполне справляется с этой задачей

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Вт июн 12, 2007 10:55 am

А вот достать Гауссиан для Пауербука вряд ли будет так просто.

hushpes · Сообщение **hushpes** » Вт июн 12, 2007 12:48 pm

Доступ-то к Гауссиану у меня есть, но вот лицензии -- нет

Так что буду пользоваться тем, что бесплатно.

Спасибо большое всем за помощь!

Nord · Сообщение **Nord** » Ср июн 13, 2007 8:34 am

hushpes писал(а):А что еще есть для симуляции ЯМР? В одной из статей Tetrahedron Letters был указан некий DALTON package. Никто не знает, что это за зверь такой?

Дальтон штука интересная и специфичная, настолько, что я бы не советовал пытаться разобраться с ней без очень веских на то оснований.

hushpes · Сообщение **hushpes** » Ср июн 13, 2007 8:46 am

Даже так? Значит, остается только (бесплатная) Priroda и (платный) Gaussian? Или есть что-то еще, не такое сложное, как DALTON, в освоении для синтетика? [/quote]

Nord · Сообщение **Nord** » Ср июн 13, 2007 8:50 am

hushpes писал(а):Даже так? Значит, остается только (бесплатная) Priroda и (платный) Gaussian? Или есть что-то еще, не такое сложное, как DALTON, в освоении для синтетика?

У него очень замороченый ввод и отстающая "по фичам" документация. По крайней мере, была пару лет назад, может сейчас что изменилось.
Впрочем, попробуйте, скорее всего, можно будет просто покурочить готовый пример.
Дальтон известен тем, что его основной конек - расчет различных свойств - откликов молекуярной системы на разные типы возмущений и в разных порядках. Если не умеет он - не умеет никто

hushpes · Сообщение **hushpes** » Ср июн 13, 2007 9:05 am

Мда... Чем дальше в лес...

А ведь в планах еще для некоторых реакций реакционный путь (энергию активации) посчитать. Причем реакций циклизации (замещение у карбонильного атома углерода).

Но, возвращаясь к ЯМР. Скажите, Nord, а насколько сильно могут различаться хим. сдвиги протонов и углеродов у различных конформеров? В том смысле, что необходимо ли считать хим. сдвиги для нескольких конформаций углеродного скелета? (задаю такой вопрос, поскольку оптимизация геометрии B3LYP/3-21G, не говоря уже о больших базисах, на моей машине обсчитывается примерно за сутки).

Nord · Сообщение **Nord** » Ср июн 13, 2007 9:12 am

hushpes писал(а):Мда... Чем дальше в лес...

А ведь в планах еще для некоторых реакций реакционный путь (энергию активации) посчитать. Причем реакций циклизации (замещение у карбонильного атома углерода).

Но, возвращаясь к ЯМР. Скажите, Nord, а насколько сильно могут различаться хим. сдвиги протонов и углеродов у различных конформеров? В том смысле, что необходимо ли считать хим. сдвиги для нескольких конформаций углеродного скелета? (задаю такой вопрос, поскольку оптимизация геометрии B3LYP/3-21G, не говоря уже о больших базисах, на моей машине обсчитывается примерно за сутки).

Реакционный путь можно в гамесе считать, это будет много быстрее, чем в гауссиане.
А про ЯМР могу вот что сказать: в идеале настолько же, насколько и в эксперименте.

Честно говоря, я ответить затрудняюсь по двум причинам: первая, потому я не слишком опытен в предсказании ЯМР спектра "из общих соображений". А вторая - вообще говоря, должно заметно зависеть от самой молекулы и от температуры. Нужно помнить, что расчетный спектр отвечает 0 К, а экспериментальный - вполне определенным температурам, таким, например, что сигналы конформеров сливаются в общий пик.
Вообще, ИМХО, прежде чем считать, имеет смысл проконсультироваться со специалистами по ЯМР, может, они подскажут хотя бы примерную разницу в сигналах у конформеров и неплохо еще предварительно оценить барьер превращения одного в другой. Тогда станет ясно, имеет ли смысл делать расчет.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Ср июн 13, 2007 12:17 pm

Можно посчитать спектр и при конечной температуре, правда, это будет тяжело. Особенно - протонный, поскольку могут оказаться важными квантовые эффекты в движении протонов. Но - нет ничего невозможного.

Если оптимизация в Гамесс ест столько памяти и времени, путь реакции в нём считать не стоит - расчёт гессиана требует ещё больше. Природа тут тоже не особо поможет. Документацию Дальтона я быстренько проглядел, вроде там ввод довольно логичный, и искать ПС он умеет. Так что для энергии активации и ЯМР при 0К я бы обратил внимание на него.

Nord · Сообщение **Nord** » Ср июн 13, 2007 12:42 pm

Все-таки, если я правильно понял, поиск переходных состояний и расчет ЯМР - две разные задачи. А ПС гамес умеет вполне успешно искать не потребляя гигов оперативы

А Ваше утверждение насчет спектра ЯМР в динамике довольно сильно. Даже УФ спектры на сегодняшний день (профиль полос, а не значения электронных возбуждений) - это state-of-the-art.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Ср июн 13, 2007 12:59 pm

Ну, мы же видели, что даже тривиальная оптимизация геометрии требует 1 Гб и нескольких суток счёта. Что уж говорить о поиске ПС, требующем расчёта матрицы вторых производных энергии по координатам.

А про спектры в динамике - не знаю насчёт УФ, это, всё-таки, совершенно другая физика, а расчёт спектра ЯМР при конечной температуре принципиально не отличается от расчёта ИК-спектра. Я бы сказал, что это не state-of-the-art, а довольно рутинная задача

Nord · Сообщение **Nord** » Ср июн 13, 2007 1:10 pm

Darth Vasya писал(а):Ну, мы же видели, что даже тривиальная оптимизация геометрии требует 1 Гб и нескольких суток счёта. Что уж говорить о поиске ПС, требующем расчёта матрицы вторых производных энергии по координатам.

Нет, я же сам пробовал, оптимизация геометрии требует что-то около 18 Мб, правда это только на стадии ССП, градиенты, возможно, потребуют больше.
Много памяти нужно на сам ЯМР.

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Ср июн 13, 2007 1:30 pm

Тогда я, возможно, неправильно понял слова hushpes про полгига, гиг и восемь гигов. Впрочем, если бы у Вас получалось 18М, а у hushpes - 1Г, это было бы свидетельством проблем совсем иного рода

На самом деле, в динамике можно одним махом посчитать весь путь реакции сразу с профилем свободной энергии (а не просто с энергией активации), ЯМР-спектрами реагентов, продуктов и ПС. Только не на домашнем компьютере

Форум химиков

GIAO и ресурсы машины

Кто сейчас на конференции