Программы QSAR

Илья226 · Сообщение **Илья226** » Пн июл 16, 2007 6:46 am

Коллеги здравствуйте. Вопрос такой- если в сети бесплатные программы КССА либо кто нибудь может поделиться. Для некоммерческого использования.

Marxist · Сообщение **Marxist** » Пн июл 16, 2007 9:57 am

Что именно надо? вариантов qsar много, а универсальных программ вроде нет

Илья226 · Сообщение **Илья226** » Пн июл 16, 2007 5:12 pm

Ситуация такая.....у нас на кафедре вводят типа элективного курса по медицинской химии (у нас он биохимической фармакологией называется) для дипломников-провизоров..там по программе половина курса- КССА....поскольку это все скорее всего повесят на Вашего покорного слугу то хотелось бы детям не на пальцах показать.....а на примере конкретных программ. Я статеечку Зефирова почитал...вроде как две основные группы щас применяются MFTA и СoMFA (программа вроде Сибил называется) в общем кому чего не жалко. Пытался че нибудь в инете откопать...нос инглишем не особо дружу....на уровне канд минимума.
В общем если чего где скачать можно....или кто нибудь так поделится...буду благодарен...хотелось бы освоить и попытаться в учебном процессе применить.

Marxist · Сообщение **Marxist** » Вт июл 17, 2007 11:03 am

Ну КоМФА -- она только в составе Сибил распространяется, патент ещё вроде не закончился. Поэтому здесь самым разумным будет нацыганить по статьям красивых картинок. Хотя в пиринге Sybyl7.3, китайцами взломанный, уже давно валяется
А по поводу МФТА напишите мне в почту или в аську, сведу с разработчиками.

A_D · Сообщение **A_D** » Вс июл 29, 2007 2:31 am

А Вы не подскажите, где можно скачать этот Sybyl?

Marxist · Сообщение **Marxist** » Вс июл 29, 2007 11:59 am

A_D писал(а):А Вы не подскажите, где можно скачать этот Sybyl?

www.tripos.com

Dom · Сообщение **Dom** » Пт авг 03, 2007 9:56 pm

Если память не изменяет Sybyl идет только под линукс. Так что придется повозиться.
А вариант с красивыми картинками очень даже разумен.

Ну а кроме CoMFA в статьях до сих пор встречаются QSAR исследования методами Ханча или Фри-Уилсона. Классика не умирает.

Сержл · Сообщение **Сержл** » Сб авг 04, 2007 12:10 pm

Илья226 писал(а):Ситуация такая.....у нас на кафедре вводят типа элективного курса по медицинской химии (у нас он биохимической фармакологией называется) для дипломников-провизоров..там по программе половина курса- КССА....поскольку это все скорее всего повесят на Вашего покорного слугу то хотелось бы детям не на пальцах показать.....а на примере конкретных программ. Я статеечку Зефирова почитал...вроде как две основные группы щас применяются MFTA и СoMFA (программа вроде Сибил называется) в общем кому чего не жалко. Пытался че нибудь в инете откопать...нос инглишем не особо дружу....на уровне канд минимума.
В общем если чего где скачать можно....или кто нибудь так поделится...буду благодарен...хотелось бы освоить и попытаться в учебном процессе применить.

Тут аккуратнее, особенно если на курсе есть платники, может повториться история с Поносовым. Тут уже будет использование программы в коммерческих целях, могут впаять года три и свалят именно на человека, поставившего программу- на Вас, оно надо? Просто недовольные студенты стуканут и привет, а они бывают всегда...

Marxist · Сообщение **Marxist** » Сб авг 04, 2007 12:57 pm

Dom писал(а):Если память не изменяет Sybyl идет только под линукс. Так что придется повозиться.

Ну ещё под IRIX

Dom писал(а):Ну а кроме CoMFA в статьях до сих пор встречаются QSAR исследования методами Ханча или Фри-Уилсона. Классика не умирает.

классика, конечно, не умирает. Они просто для разных немножко задач

A_D · Сообщение **A_D** » Пн авг 06, 2007 1:24 am

А Вы не подскажите, где можно скачать программы по 3D QSAR?
А еще не плохо было бы литературу...
Буду благодарен!!!

Marxist · Сообщение **Marxist** » Пн авг 06, 2007 2:39 pm

A_D писал(а):А Вы не подскажите, где можно скачать программы по 3D QSAR?

A_D писал(а):А еще не плохо было бы литературу...

A_D писал(а):Буду благодарен!!!

Спасибо в карман не положишь

Сообщение **Cherep** » Пн авг 06, 2007 3:54 pm

Вот две ссылки со списками различного рода софта

Код: Выделить всё

http://www.netsci.org/Resources/Software/Modeling/CADD/

http://www.ndsu.nodak.edu/qsar_soc/reso ... ftware.htm

Год назад работали

Dom · Сообщение **Dom** » Вт авг 07, 2007 10:08 am

Есть еще прога Modeller. Но это кажись для докинга. Сам не работал с ней, все руки не доходят поставить ее и разобраться что там к чему.
Прога бесплатная, в сети найти легко.

Marxist · Сообщение **Marxist** » Вт авг 07, 2007 11:12 am

Ой, блин.
Моделлер не для qsar и не для докинга, а для построения моделей белков по гомологии. Наиболее авторитетная софтина в данной области.
Из программ трёхмерного qsar можно назвать только комфа, комся и грид, все остальные -- от лукавого. Комфа и комся продаёт трайпос в составе сибила, грид тоже кто-то продаёт -- легко выгугливается.
В обменнике статья крамера про комфу.

Dom · Сообщение **Dom** » Вт авг 07, 2007 2:35 pm

Marxist, вот спасибо! Теперь и хелп можно не читать.

А то сказали посмотреть, что за прога, а я и забросил ее в далекий ящик.

A_D · Сообщение **A_D** » Пт авг 10, 2007 1:31 am

А где можно найти что-нибудь стоящее по докингу?
И чем отличается 3D QSAR от 4D?

Marxist · Сообщение **Marxist** » Пт авг 10, 2007 2:28 pm

A_D писал(а):А где можно найти что-нибудь стоящее по докингу?

http://eu.he.wiley.com/WileyCDA/Section/id-108192.html
и не говорите, что оно не стоящее

A_D писал(а):И чем отличается 3D QSAR от 4D?

Размерностью пространства дескрипторов.

Пожалуйста, задавайте вопросы сначала гуглу, а потом людям.

Четвёртый · Сообщение **Четвёртый** » Чт сен 20, 2007 1:27 pm

http://195.178.207.233/PASS/PASSAss.html
Отечественная разработка PASS

Форум химиков

Программы QSAR

Программы QSAR

Кто сейчас на конференции