Метки ароматических аминокислот + доступные пептиды

[DSP]

Здравствуйте товарищи! (отдельный привет pH<7)

Сам я металлоорганик, а дело пахнет биохимией, поэтому и обращаюсь.

Мы недавно обнаружили метод позволяющий селективно метить ароматические аминокислоты рутением - в воде и на воздухе.
Phe, Tyr и Trp (в том числе в присутствии всех других АК) мы уже успешно попробовали - хотелось бы продолжить. Соответственно два вопроса:

1. Насколько это все (метки, индикаторы на ароматические аминокислоты) интересно с точки зрения биохимии? Есть ли здесь люди занимающиеся похожими вещами?

2. Нет ли у вас (ваших знакомых) каких-нибудь олигопептидов (3-40 аминокислот) - из таких что не жалко, конечно. Нужно 20-200 мг. Я пытался в аптеке купить грамицидин, но он теперь только в таблетках - а мне бы растворчик.

Заранее спасибо,

Ваш ДСП
www.dsp.narod.ru

[pH<7]

Здравствуйте товарищи! (отдельный привет pH<7)

Сам я металлоорганик, а дело пахнет биохимией, поэтому и обращаюсь.

Мы недавно обнаружили метод позволяющий селективно метить ароматические аминокислоты рутением - в воде и на воздухе.
Phe, Tyr и Trp (в том числе в присутствии всех других АК) мы уже успешно попробовали - хотелось бы продолжить. Соответственно два вопроса:

Привет-привет!
Прямо-таки всех? Ни лизин, ни цистеин, ни аргинин не мешают? Что гистидин?
Если честно, не могу представить, как это можно использовать. Куда именно в полипептид он будет садиться? Оно хоть цветное и/или светится?

Э, так а растворить те таблетки?

[Marxist]

Мы недавно обнаружили метод позволяющий селективно метить ароматические аминокислоты рутением - в воде и на воздухе.
Phe, Tyr и Trp (в том числе в присутствии всех других АК) мы уже успешно попробовали - хотелось бы продолжить. Соответственно два вопроса:
1. Насколько это все (метки, индикаторы на ароматические аминокислоты) интересно с точки зрения биохимии?

Есть селективность между этими тремя? Если есть, может быть полезно. Если нет, применимость метода весьма ограничена.

[avor]

Здравствуйте товарищи! (отдельный привет pH<7)

Сам я металлоорганик, а дело пахнет биохимией, поэтому и обращаюсь.

Мы недавно обнаружили метод позволяющий селективно метить ароматические аминокислоты рутением - в воде и на воздухе.
Phe, Tyr и Trp (в том числе в присутствии всех других АК) мы уже успешно попробовали - хотелось бы продолжить. Соответственно два вопроса:

1. Насколько это все (метки, индикаторы на ароматические аминокислоты) интересно с точки зрения биохимии? Есть ли здесь люди занимающиеся похожими вещами?

2. Нет ли у вас (ваших знакомых) каких-нибудь олигопептидов (3-40 аминокислот) - из таких что не жалко, конечно. Нужно 20-200 мг. Я пытался в аптеке купить грамицидин, но он теперь только в таблетках - а мне бы растворчик.

Заранее спасибо,

Ваш ДСП
www.dsp.narod.ru

ЭЭЭ! Ну! может быть..., из этого мог бы получится какой-нибудь драг.
Возможно, так можно вводить, какую-нибудь рутениевую радиоактивность в антитела. Но сейчас и так до кучи гораздо более простых методов ее туда введения.

И самое на мой взгляд перспективное. Это использование метки по трем аминокислотам(Цимес то имено в специфичном мечении) для облегчения секвенирования аминокислотной последовательности с помощью масс-спектрометрии.

---Нужно 20-200 мг.

Синтезатор есть в ИБХе. Европейская цена колеблется от 1000 до 2000Э за 100мг тетра-пента пептида. Русская в районе той же 1000, но долларов. Китайская раза в три четыре меньше. У меня есть пара-тройка, но там оне нитроанилиды, так что у вас рутений скорее всего просто въедит в нитрофенильное кольцо, а во вторых там по моему нет ароматики в последовательности, надо уточнить.

[DSP]

Спасибо всем за скорость релаксации..
По порядку:
1. Садится фрагмент CpRu+ по пи-типу на ароматические кольца. Селективность высокая. Аргинин, лизин - не мешают совсем, с цистеином, метионином и гистидином - пока еще разбираемся, но тоже можно.
2. Продукт бесцветный и без люминисценции. Наоборот, в процессе реакции происходит обесцвечивание (исходный комплекс рутения - желтый). Судя по тому, что есть в литературе, для меток люди используют радиоактивные изотопы рутения (коих дофига) и возможно еще томографию. Но это чисто химические статьи, поэтому подробностей почти никаких.
3. Растворить таблетки - уж много там всякой гадости лишней. Но в крайнем случае можно и так.
4. Селективность между тремя ароматическими АК - сейчас как раз смотрим.
5. Про определение последовательности - спасибо. Я тоже что-то похожее думал. Образующиеся комплексы кстати зверски устойчивы (комплексная часть азотной кислотой не разлагается).
6. Нитрофенил в присутствии фенила затрагиваться не будет - у него пи-плотность заметно ниже.
7. Специально синтезировать пептиды для этой цели, конечно, не хочется. Нам же только показать возможности метода (по крайней мере для начала). Да и денег таких нет. Вопрос про то, что "стоит на полке" (тм). Может - тот же грамицидин?

[avor]

-Специально синтезировать пептиды для этой цели, конечно, не хочется. Нам же только показать возможности метода (по крайней мере для начала). Да и денег таких нет. Вопрос про то, что "стоит на полке" (тм). Может - тот же грамицидин?

Я тогда гляну что у меня стоит на полке, правда в другом институте, так что не сразу, если там есть ароматика внутри сообщю.

[DSP]

Я тогда гляну что у меня стоит на полке, правда в другом институте, так что не сразу, если там есть ароматика внутри сообщю.

(с чувством) СПАСИБО!!

Update: Селективность по ароматическим кислотам есть. Быстрее всех реагирует триптофан. Фенилаланин в присутствии триптофана не реагирует вообще, а тирозин - меньше чем на 10%.

[DSP]

И самое на мой взгляд перспективное. Это использование метки по трем аминокислотам для облегчения секвенирования аминокислотной последовательности с помощью масс-спектрометрии.

Еще в эту тему. Пока разумеется не известно, но полагаю, что наш реагент будет затрагивать только те фенилы которые сидят на поверхности белка (например, инсулина), а внутрь не полезет. Имеет ли это какую-нибудь ценность - например, для расшифровки третичной структуры? Или это скорее баг, чем фича?

Насколько кстати доступен инсулин (аптечные цены я уже видел)?

[Marxist]

Еще в эту тему. Пока разумеется не известно, но полагаю, что наш реагент будет затрагивать только те фенилы которые сидят на поверхности белка (например, инсулина), а внутрь не полезет. Имеет ли это какую-нибудь ценность - например, для расшифровки третичной структуры? Или это скорее баг, чем фича?

Это не баг и не фича, это факт.

Насколько кстати доступен инсулин (аптечные цены я уже видел)?

Посмторите в каталоге сигмы и подобных фирм и сравните. Думаю, avor посоветует что-то более конкретное.

[DSP]

Это не баг и не фича, это факт.

Честно сказать - это еще даже не факт. Это гипотеза

Посмотрите в каталоге сигмы и подобных фирм и сравните. Думаю, avor посоветует что-то более конкретное.

Спасибо, действительно надо глянуть все-таки. Что меня останавливает смотреть в каталоги - это:
а) цена
б) что более важно - время ожидания. С acros'ом 2 месяца - легко.
с) мне надо знать, что именно заказывать. Я не очень представляю себе, какие именно пептиды интересны. Поэтому к вам и обращаюсь

[Marxist]

Спасибо, действительно надо глянуть все-таки. Что меня останавливает смотреть в каталоги - это:
а) цена
б) что более важно - время ожидания.

Вы онлайновые каталоги смотреть не пробовали?

[DSP]

Вы онлайновые каталоги смотреть не пробовали?

Пробовал, хотя должен признаться, что немного. В том же Acros'е есть грамицидин и инсулин, но это дорого и долго ждать. Самое главное - надо понять чего заказывать, чтоб не в пустую. Что будет интересно?

[Marxist]

Любой достаточно известный пептид. Если он не длиннее 10-15 остатков, вполне вероятно, что все боковые цепи, в том числе и ароматика, торчат наружу.

[avor]

И самое на мой взгляд перспективное. Это использование метки по трем аминокислотам для облегчения секвенирования аминокислотной последовательности с помощью масс-спектрометрии.

Еще в эту тему. Пока разумеется не известно, но полагаю, что наш реагент будет затрагивать только те фенилы которые сидят на поверхности белка (например, инсулина), а внутрь не полезет. Имеет ли это какую-нибудь ценность - например, для расшифровки третичной структуры? Или это скорее баг, чем фича?

Насколько кстати доступен инсулин (аптечные цены я уже видел)?

----Пока разумеется не известно, но полагаю, что наш реагент будет затрагивать только те фенилы которые сидят на поверхности белка (например, инсулина), а внутрь не полезет.

А реагент действует в физиологических условиях? Типа водный раствор с pH=7 и соли поваренной 150мМ.

Если это так то, да это интересно, как фича. Если смотреть какой объект выбрать для проверки. То для начала хорошо бы убедится, что для него установлена третичная структура. Для этого надо запросить здесь http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do. Инсулин стопудово конечно установлено. Но я бы посмотрел в сторону Рибонуклеазы А и скажем гемоглобина. Их очень легко чистить и можно попросить сделать это биохимиков РНКаза вроде продается как коммерческий препарат вот здесь http://www.biolot.ru/ за смешные деньги и в быстрые сроки. РНКазы должно быть много у биофизиков в Пущино. Ну сывороточный альбумин тоже очень доступный, есть практически в каждой био лабе.

[Polychemist]

Да, явление интересное. Для:
1. Анализ пептидных смесей масс-спектроскопией. Исследованиями в этой области занимаются в Институте аналитического приборостроения, Питер, (http://213.170.69.26/). У них и свои приборы, и пептиды есть. Попробуйте договориться, модифицировать и вколоть.
2. Окраска препаратов для ТЕМ. Ваш рутений должен хорошо повышать контраст, причем избирательно. В любом приличном биологическом Институте. Может и иммунно-электронная микроскопия - метить антитела тем рутением вместо нано-золота.

[avor]

Да, явление интересное. Для:
1. Анализ пептидных смесей масс-спектроскопией. Исследованиями в этой области занимаются в Институте аналитического приборостроения, Питер, (http://213.170.69.26/). У них и свои приборы, и пептиды есть. Попробуйте договориться, модифицировать и вколоть.
2. Окраска препаратов для ТЕМ. Ваш рутений должен хорошо повышать контраст, причем избирательно. В любом приличном биологическом Институте. Может и иммунно-электронная микроскопия - метить антитела тем рутением вместо нано-золота.

--У них и свои приборы, и пептиды есть. Попробуйте договориться, модифицировать и вколоть.

Институт медицинской биофизики ближе. А приборы там может и получше.

-- Окраска препаратов для ТЕМ. Ваш рутений должен хорошо повышать контраст, причем избирательно.

Надо проверять. Ароматические АК встречаются в среденем одна АК на 100 других в белке. Может не хватить контраста. Из-за низкого включения.

--Может и иммунно-электронная микроскопия - метить антитела тем рутением вместо нано-золота.

Золото стопудово лучше видно. И самый прикол в том, что разные антитела(к разным антигенам) можно пометить разным размером коллоидного золота. И на одном препарате видеть как два разных антигена между собой дружат(не дружат)

[DSP]

Спасибо большое за отзывы и советы - буду пробовать!
Больше всего мне пока нравится масс-спектрометрия. Попробую найти конкретных людей - если пореккомендуете кого-нибудь - буду благодарен.

1. В физиологических условиях реагент работает. Кстати, я хотел бы спросить какая должна быть чувствительность - пока мы работаем на концентрации 2*10Е-2. Какую минимальную можно следить по ЯМР?

2. Про третичную структуру - инсулин мне нравится тем, что он маленький - 51 АК. А гемоглобин - пугает размерами. Каким еще методом кроме ЯМР можно контролировать процесс (про масс - понятно, но у нас с ним в институте сложно)?

За ссылки и советы - еще раз спасибо. Как будут новые результаты - напишу.

[SSR]

Little comment

При подобной координации (комплексы положительно заряжены) возможно изменение третичной структуры, что может представлять как сложность, так и определённый интерес.

[pH<7]

Вот спустишься до микромолярных -- будешь молодец. Мжду прочем, я тебе звонил!

[DSP]

Почитал про РНК-азу А - понравилось. Буду пробовать, как достану (если у кого есть на полочке - скажите плиз). В любом случае надо еще искать Maldi масс-спектрометр (не ЯМР-ом же это анализировать).

to ph<7: я полагаю микромолярные концентрации в данном случае не представляют каких-то проблем. Между прочим - звони еще

P.S. Who is Институт медицинской биофизики? В Пущино? Беглый поиск по гуглу и яндексу ничего не дал.