Прерванный расчет в gaussian

[Rupreht]

Подскажите пожалуйста как возобновить прерванный расчет в gaussian ?
А то у нас электричество периодически отключается.

[EvgeniX]

В начале нужно chekpoint файл сохранять.

типа
%chk=/path/name.chk
#p ....

Потом при повторном запуске указывать тот же параметр "%chk=/path/name.chk" и ещё в секции задачи читать что нужно (волновую функцию там, колебушки и т.п.). Что-то вроде "scf(read)"

[Rupreht]

честно говоря не совсем понял. Я расчет пускаю через ssh клиент на сервер. задачу расчета (z матрицу, базис и т.д. ) здаю в файле gjf, в проессе работы получаю log файл с результатами. При отключении компа с клиентом на сервере останавливается расчет. имеется незаконченный лог файл. так вот непонятно как продолжить прерванный расчёт.

[amge]

Я расчет пускаю через ssh клиент на сервер ... в проессе работы получаю log файл с результатами. При отключении компа с клиентом на сервере останавливается расчет.

Немного не в тему, но тем не менее... Если сервер на *nix, запускайте расчет через nohup. Тогда процесс расчета будет оторван от терминала и при отвале клиента не умрет.

[Rupreht]

что такое nohup ?

[Marxist]

Код: Выделить всё

man nohup

[Rupreht]

эх далек я от unix систем.
Комманду набирать в клиете ? т.е. сначала я запускаю процесс расчета с клиента, затем ввожу команду и всё ?

[amge]

Выполняйте последовательно следующие команды:

echo 'строка которой обычно запускаете расчет' > run
chmod +x run
nohup run
# Можно отсоединяться, расчет останется

[Rupreht]

вот за такой развёрнутый совет большое спасибо !!

А восстановить как я понял не получится ?!

[EvgeniX]

вот за такой развёрнутый совет большое спасибо !!

А восстановить как я понял не получится ?!

По log-файлу можно возобновить только оптимизацию.
По chekpoint - можно восстановить шаги оптимизации, переключение задачи с расчёта колебательной задачи на оптимизацию переходного состояния и многое другое.

честно говоря не совсем понял. Я расчет пускаю через ssh клиент на сервер. задачу расчета (z матрицу, базис и т.д. ) здаю в файле gjf, в проессе работы получаю log файл с результатами. При отключении компа с клиентом на сервере останавливается расчет. имеется незаконченный лог файл. так вот непонятно как продолжить прерванный расчёт.

Какая разница что и где запускаете? Главное, вы расчёт руками запускаете?
Тогда допишите до строки задачи (добавьте строку со знаком процента до строки со знаком октоторпа) чтобы chekpoint сохраняло.
Сохраняйте chekpoint на сервере (оно очень много места занимает, до сотен мегабайт).

[Kobychevv]

Многое зависит от того, расчет чего именно необходимо возобновить. Например, если сбой прошел в ходе преобразования интегралов, то, по-моему, ничего не сделаешь. Кстати, никакой nohup, естественно, не поможет, если свет будет отключен на той машине, где выполняется расчет. А вот продолжать оптимизацию, естественно, можно.

У Gaussian есть еще такое средство, как Check-файл. В GJF файл вставляется строка, например,

%chk=/tmp/MyCheck (где его, собственно, хранить)

Места занимает меньше, чем RWF (но и сохраняет меньше, например, не сохраняет интегралы), позволяет легко добывать сохраненную информацию, например:

# MP2/6-311++G** Geom=AllCheck test

позволяет заполучить расчет в точке, при этом название, заряд, мультиплетность и геометрию задавать не нужно, Gaussian возьмет их из предыдущего расчета. Другой вариант - продолжение оптимизации:

# B3LYP/6-31G* Geom=AllCheck Opt(MaxCycle=100) freq test

или

# HF/6-31+G* Geom=AllCheck Guess=Read IRC=RCFC test

Предполагается, что Вы только что рассчитали частоты для найденного переходного состояния, и хотите спуститься по координате реакции. Здесь из Check-а берется не только геометрия переходного состояния, но и готовые частоты, и даже собственные вектора предыдущего расчета.

[EvgeniX]

У Gaussian есть еще такое средство, как Check-файл. В GJF файл вставляется строка, например,

Перепутал в предыдущих своих сообщениях chk и rwf, поправил.

[VIPer]

коллеги, случайно затёр успешно завершённую оптимизацию mp2, не разобравшись затёр и chk, но остался файл rwf на 113 ГБ - реально ли только из него что-то достать, чтобы не повторять весь расчёт заново? что нужно задать в инпуте?
заранее спасибо!

[amge]

В составе дистрибутива gaussian есть утилита rwfdump, которая (вроде бы, не уверен) может сделать из rwf chk.

[VIPer]

спасибо за наводку!!