Расчёт переходного состояния в Gamess
Расчёт переходного состояния в Gamess
Очень бы хотелось услышать совет по следующему вопросу:
1.Я пытаюсь найти структуру переходного состояния в реакции нуклеофильного замещения в ароматике для C6F7- (около комплекса Мейзенгеймера), однако у меня не получается найти структуру с одной мнимой частотой: их либо несколько, либо ни одной. При большом количестве шагов структура превращается во что-то неузнаваемое;
2. то же для реакции SN2 (например, тот же CH3F2-);
3. и наконец-то, реально ли найти седловую точку для Е2 (трёхчастичное ПС)?
Могли бы вы дать мне какой-нибудь ценный совет?
1.Я пытаюсь найти структуру переходного состояния в реакции нуклеофильного замещения в ароматике для C6F7- (около комплекса Мейзенгеймера), однако у меня не получается найти структуру с одной мнимой частотой: их либо несколько, либо ни одной. При большом количестве шагов структура превращается во что-то неузнаваемое;
2. то же для реакции SN2 (например, тот же CH3F2-);
3. и наконец-то, реально ли найти седловую точку для Е2 (трёхчастичное ПС)?
Могли бы вы дать мне какой-нибудь ценный совет?
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Вы бы еще рассказали, как ищете. Что за шаги, большое количество которых всё портит?leolis писал(а): При большом количестве шагов структура превращается во что-то неузнаваемое;
Попробую задать наводящий вопрос: как часто гессиан пересчитываете?
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Для дельного совета нужно прояснить, какой метод/базис Вы используете? Какой именно GAMESS?
Для ионных реакций следовало бы начать с метода ХФ.
Для ионных реакций следовало бы начать с метода ХФ.
Если Вы используете GAMESS-US, то Вы исключили "лишние" частоты?leolis писал(а): 1.Я пытаюсь найти структуру переходного состояния в реакции нуклеофильного замещения в ароматике для C6F7- (около комплекса Мейзенгеймера), однако у меня не получается найти структуру с одной мнимой частотой: их либо несколько, либо ни одной.
Т.е. Вы не обнаружили ни одной стационарной точки?leolis писал(а): При большом количестве шагов структура превращается во что-то неузнаваемое;
Квантовая химия позволяет найти ПС для Е2 и других типов реакций.leolis писал(а): 3. и наконец-то, реально ли найти седловую точку для Е2 (трёхчастичное ПС)?
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
А в IFOLOW=n, нужную частоту (n) не пытались указывать?
После отстоя требуйте долива
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Короче gamess firefly с вот таким inp файлом:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=SADPOINT UNITS=ANGS
COORD=CART ICHARG=-1 MULT=1 $END
$STATPT HSSEND=.T. HESS=CALC $END
$FORCE VIBANL=.T. DECOMP=.T. $END
$BASIS GBASIS=n31 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $END
$DATA
C6F7-
C1
C 6.0 0.8897941735 -1.1738455196 0.0081280857
C 6.0 -0.4602953781 -1.1844985209 -0.0016231749
C 6.0 -1.2895602283 0.0000125401 -0.0072335649
C 6.0 -0.4603595922 1.1844581053 -0.0014252932
C 6.0 0.8897627495 1.1738543470 0.0082597664
C 6.0 1.6118522665 0.0000347188 0.0133182707
F 9.0 -2.2069512252 -0.0002324457 -1.0893859173
F 9.0 -1.1179793481 2.3971919263 -0.0060961070
F 9.0 1.5629612286 2.3541238968 0.0131357796
F 9.0 2.9871134713 0.0000869082 0.0234539021
F 9.0 1.5630487494 -2.3540832493 0.0129836247
F 9.0 -1.1179138989 -2.3972334873 -0.0064119583
F 9.0 -2.2218567389 0.0001253319 1.0621210027
$END
Так что подскажите. Вполне вероятно, у меня есть методическая ошибка.
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=SADPOINT UNITS=ANGS
COORD=CART ICHARG=-1 MULT=1 $END
$STATPT HSSEND=.T. HESS=CALC $END
$FORCE VIBANL=.T. DECOMP=.T. $END
$BASIS GBASIS=n31 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $END
$DATA
C6F7-
C1
C 6.0 0.8897941735 -1.1738455196 0.0081280857
C 6.0 -0.4602953781 -1.1844985209 -0.0016231749
C 6.0 -1.2895602283 0.0000125401 -0.0072335649
C 6.0 -0.4603595922 1.1844581053 -0.0014252932
C 6.0 0.8897627495 1.1738543470 0.0082597664
C 6.0 1.6118522665 0.0000347188 0.0133182707
F 9.0 -2.2069512252 -0.0002324457 -1.0893859173
F 9.0 -1.1179793481 2.3971919263 -0.0060961070
F 9.0 1.5629612286 2.3541238968 0.0131357796
F 9.0 2.9871134713 0.0000869082 0.0234539021
F 9.0 1.5630487494 -2.3540832493 0.0129836247
F 9.0 -1.1179138989 -2.3972334873 -0.0064119583
F 9.0 -2.2218567389 0.0001253319 1.0621210027
$END
Так что подскажите. Вполне вероятно, у меня есть методическая ошибка.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
А можно поподробнее?VTur писал(а):А в IFOLOW=n, нужную частоту (n) не пытались указывать?
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
у меня fireflyЕсли Вы используете GAMESS-US, то Вы исключили "лишние" частоты?
--- вообщем-то да.Т.е. Вы не обнаружили ни одной стационарной точки?
Это очевидно с точки зрения теории, я про практику, это только в яндексе найдётся всё.Квантовая химия позволяет найти ПС для Е2 и других типов реакций.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Несомненная методическая ошибка - это то, что Вы пытаетесь искать переходное состояние из начального приближения, представляющего минимум энергии (или близкого к нему). Как правило, поиск переходного состояния будет успешен только если начальное приближение уже близко к ПС.leolis писал(а):Короче gamess firefly с вот таким inp файлом:
Вполне вероятно, у меня есть методическая ошибка.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Присоединяюсь к уважаемому amge.
Надо как можно ближе подобраться к переходному состоянию, тогда вероятность успешного поиска намного выше. И рекомендую поставить IHREP ненулевой. Хотя бы 5.
Надо как можно ближе подобраться к переходному состоянию, тогда вероятность успешного поиска намного выше. И рекомендую поставить IHREP ненулевой. Хотя бы 5.
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
То есть в итоге я должен примерно угадать длины связей в ПС?
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Собственно да. И строение тоже. Но для ваших процессов все более или менее очевидно.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Путь из одного минимума в другой через ПС - это путь вдоль координаты реакции, которой во внутренних координатах будет соответствовать какая-то частота. Если стартовать из минимума, то нужно сообразить, какая частота станет мнимой в ПС и использовать RUNTYP=OPTIMIZE, а в $STATPT METHOD=CONOPT и IFOLOW=n, где n номер этой частоты в гессиане. Если RUNTYP=SADPOINT и одна мнимая частота уже есть, то она будет иметь номер 1 и тогда оптимизация пойдёт вдоль этой координаты реакции (IFOLOW=1 по умолчанию), если мнимых частот много в RUNTYP=SADPOINT, то опять же, нужно выбрать координату реакции, сообразить, какая частота ей соответствует и указать в IFOLOW= .leolis писал(а):А можно поподробнее?VTur писал(а):А в IFOLOW=n, нужную частоту (n) не пытались указывать?
После отстоя требуйте долива
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
[quote=\"leolis\"]Очень бы хотелось услышать совет по следующему вопросу:
2. то же для реакции SN2 (например, тот же CH3F2-);
[/quote]
Просматривая статьи, нашёл одну, которая может быть Вам интересной.
2. то же для реакции SN2 (например, тот же CH3F2-);
[/quote]
Просматривая статьи, нашёл одну, которая может быть Вам интересной.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Т.е для нахождения седловой точки этим методом(conopt), в случае если я знаю(предпологаю) какая частота должна быть мнимая, нужно загнать в инпут геометрию,которой соответствует минимум энергии, указать номер normal mode и использовать RUNTYP=optimize (не saddle)? я правильно понял? можно ли использовать гессиан, который рассчитан на уровне теории, отличном от того, который используется при поиске saddle point в этом случае? Насколько я понял, иногда так делается, для того чтобы ускорить расчет и не писать HESS=calc.Если стартовать из минимума, то нужно сообразить, какая частота станет мнимой в ПС и использовать RUNTYP=OPTIMIZE, а в $STATPT METHOD=CONOPT и IFOLOW=n, где n номер этой частоты в гессиане.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Так я не пробовал. Я обычно подбирал ПС и в нем выбирал подходящую частоту.
Попробуйте как говорите. Стартовать из минимума, может, получится. Но это не документировано.
Попробуйте как говорите. Стартовать из минимума, может, получится. Но это не документировано.
После отстоя требуйте долива
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
В REFS.DOC про поиск ПС довольно подробно расписано (и про METHOD=CONOPT в том числе). "finding saddle points is a black art" - цитата оттуда. Воистину так! И в общем случае самый надежный путь - найти хорошее начальное приближение.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
читал я тот мануал, полностью согласенREFS.DOC про поиск ПС довольно подробно расписано (и про METHOD=CONOPT в том числе). "finding saddle points is a black art" - цитата оттуда. Воистину так!
сам сейчас столкнулся с проблемой. рассчитываю на помощь опытных юзеров гамесс. В общем следующая задача: нужно найти потенциальную функцию вращения волчка N(CH3).Равновесная геометрия следующая:
Код: Выделить всё
7 -2.562859184 1.488170210 -0.608375530
6 -1.421821257 2.063412372 -0.989482100
6 -3.181451094 2.305796727 0.317896828
6 -2.379806773 3.389870363 0.491165914
7 -1.285666372 3.217964411 -0.335246275
1 -0.708689718 1.646447933 -1.689690497
1 -2.487240141 4.251369222 1.126630003
1 -4.119712038 2.045766157 0.775557443
6 -0.139912882 4.121725940 -0.486380087
1 -0.470987504 5.058090564 -0.936249747
1 0.296704251 4.315038253 0.493343320
1 0.590104060 3.630611972 -1.129320600
6 -3.060049459 0.202114192 -1.135571113
1 -3.426556010 -0.374789428 -0.283469990
1 -2.193652815 -0.308465667 -1.558757506
6 -4.153794747 0.392238317 -2.187474106
1 -4.986969939 0.962563586 -1.759463725
1 -3.748056282 0.986496577 -3.012708272
6 -4.666747640 -0.949325741 -2.722024918
1 -3.826366889 -1.513854692 -3.138653241
1 -5.060921908 -1.545946436 -1.890858280
6 -5.751218160 -0.781629804 -3.789100074
1 -6.615285603 -0.238061768 -3.395187871
1 -5.371628740 -0.228016368 -4.652265509
1 -6.101944142 -1.752852797 -4.145075765
16 1.205936235 0.4751 48482 -2.868306551
8 2.363645624 -0.361503231 -2.652774092
8 1.287865522 1.849061704 -2.346268178
8 -0.103941500 -0.138870347 -2.595126682
6 1.157102443 0.740323059 -4.720227020
9 2.269350449 1.345887458 -5.151195485
Код: Выделить всё
7 -2.562859184 1.488170210 -0.608375530
6 -1.421821257 2.063412372 -0.989482100
6 -3.181451094 2.305796727 0.317896828
6 -2.379806773 3.389870363 0.491165914
7 -1.285666372 3.217964411 -0.335246275
1 -0.708689718 1.646447933 -1.689690497
1 -2.487240141 4.251369222 1.126630003
1 -4.119712038 2.045766157 0.775557443
6 -0.139912881 4.121725940 -0.486380087
1 -0.319541867 5.036009716 0.079826969
1 0.758551509 3.627426202 -0.117203122
1 -0.031371105 4.348703494 -1.546658371
6 -3.060049459 0.202114192 -1.135571113
1 -3.426556010 -0.374789428 -0.283469990
1 -2.193652815 -0.308465667 -1.558757506
6 -4.153794747 0.392238317 -2.187474106
1 -4.986969939 0.962563586 -1.759463725
1 -3.748056282 0.986496577 -3.012708272
6 -4.666747640 -0.949325741 -2.722024918
1 -3.826366889 -1.513854692 -3.138653241
1 -5.060921908 -1.545946436 -1.890858280
6 -5.751218160 -0.781629804 -3.789100074
1 -6.615285603 -0.238061768 -3.395187871
1 -5.371628740 -0.228016368 -4.652265509
1 -6.101944142 -1.752852797 -4.145075765
16 1.205936235 0.475148482 -2.868306551
8 2.363645624 -0.361503231 -2.652774092
8 1.287865522 1.849061704 -2.346268178
8 -0.103941500 -0.138870347 -2.595126682
6 1.157102443 0.740323059 -4.720227020
9 2.269350449 1.345887458 -5.151195485
9 1.034692360 -0.422804138 -5.370787149
9 0.108177400 1.514876292 -5.062346803
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Хотелось бы увидеть inp и out файлы в заархивированном виде. Гессиан откуда? Он точно соответствует той структуре, что приведена в inp файле?
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Однако, у меня получается, что это как раз ПС Но барьер невелик, и не исключено (хотя маловероятно), что при расчете другим методом ситуация изменится.molkee писал(а):Равновесная геометрия следующая:
Здесь, как и в аминах, ориентация вращающейся группы определяется в основном не протонами, а неподеленной электронной парой, у которой по отношению к соседнему плоскому циклу две "особых" ориентации: 0 и 90 градусов. Поэтому нужно было немного дальше вращатьmolkee писал(а):По нашим соображениям, оно появляется при вращении волчка на 60 градусов вдоль оси вращения(N-C)
У Природы такой расчет (оптимизация 37 точек) на двух ядрах занял ровно 1 ч . Базис L1 (cc-pvDZ) примерно одного уровня с Вашим.molkee писал(а):Можно пойти в лоб и просто просканировать соответствующий торсионный угол. Однако мне этот вариант не подходит по причине больших временных затрат,т.к имеем много атомов, высокий уровень теории(b3lyp/6-31G+(p,2df)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Расчёт переходного состояния в Gamess
Гессиан точно соответствует этой структуре, но рассчитан на более низком уровне теории. Руководствовался найденным мануалом:Хотелось бы увидеть inp и out файлы в заархивированном виде. Гессиан откуда? Он точно соответствует той структуре, что приведена в inp файле?
Код: Выделить всё
There is a procedure contained within GAMESS for
guessing a positive definite hessian matrix, HESS=GUESS.
If you are using Cartesian coordinates, the guess hessian
is based on pairwise atom stretches. The guess is more
sophisticated when internal coordinates are defined, as
empirical rules will be used to estimate stretching and
bending force constants. Other angular force constants are
set to 1/4. The guess often works well for minima, but
cannot possibly find transition states (because it is
positive definite). Therefore, GUESS may not be selected
for SADPOINT runs.
Two options for providing a more accurate hessian are
HESS=READ and CALC. For the latter, the true hessian is
obtained by direct calculation at the initial geometry, and
then the geometry search begins, all in one run. The READ
option allows you to feed in the hessian in a $HESS group,
as obtained by a RUNTYP=HESSIAN job. The second procedure
is actually preferable, as you get a chance to see the
frequencies. Then, if the local curvatures look good, you
can commit to the geometry search. Be sure to include a
$GRAD group (if the exact gradient is available) in the
HESS=READ job so that GAMESS can take its first step
immediately.
Note also that you can compute the hessian at a lower
basis set and/or wavefunction level, and read it into a
higher level geometry search. In fact, the $HESS group
could be obtained at the semiempirical level. This trick
works because the hessian is 3Nx3N for N atoms, no matter
what atomic basis is used.[/b] The gradient from the lower
level is of course worthless, as the geometry search must
work with the exact gradient of the wavefunction and basis
set in current use. Discard the $GRAD group from the lower
level calculation!
Однако, у меня получается, что это как раз ПС
Это,скорее всего, из-за того, что вы использовали другой базис. Считали гессиан для нее - все норм.
Попробую с 90) Возможно, вы правы.Здесь, как и в аминах, ориентация вращающейся группы определяется в основном не протонами, а неподеленной электронной парой, у которой по отношению к соседнему плоскому циклу две "особых" ориентации: 0 и 90 градусов. Поэтому нужно было немного дальше вращать
У меня делается в gamess где-то 4-5 оптимизаций в час.У Природы такой расчет (оптимизация 37 точек) на двух ядрах занял ровно 1 ч . Базис L1 (cc-pvDZ) примерно одного уровня с Вашим.
amge, выложите, пож-та, z-матрицу, которую вы использовали в вашем расчете.
В общем, выкладываю на всеобщее обозрение свой старый inp и жду еще советов. Не ругайте студента, если что не так , я совсем недавно начал заниматься расчетами.Спасибо всем за помощь!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 20 гостей