по поводу Gaussian 09
-
- Сообщения: 22
- Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am
Re: по поводу Gaussian 09
Здорово! Всем огромное спасибо! С помощью советов, и чуть-чуть сам поковырялся и все получилось.
Расскажите пожалуйста есть ли проблемы с Gaussview 3 и G09?
Что нужно прописать в .bashrc при установке gaussview 3?
Расскажите пожалуйста есть ли проблемы с Gaussview 3 и G09?
Что нужно прописать в .bashrc при установке gaussview 3?
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: по поводу Gaussian 09
А у кого он под линупс есть?Droog_Andrey писал(а):А почему не GaussView 5?
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Здравствуйте. Нужна помощь
Операционная система Ubuntu 10.03
Дальше запуска g09 никак не могу продвинуться, на любой запрос поступает пустой ответ, т.е. ничего (т.е. приветствие гауссиан пишет)
Прописывал в bashrc вышеупомянутые строчки - что-то вроде
GAUSS_EXEDIR=/andrey/g09
g09root=/andrey/g09
G09BASIS=/andrey/g09/basis
GAUSS_SCRDIR=/andrey/g09/tmp
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64:$GAUSS_EXEDIR:$G09BASIS:$LD_LIBRARY_PATH:$G09BASIS
export GAUSS_EXEDIR G09BASIS PATH LD_LIBRARY_PATH
перезапускал
пробовал через скрипт 1.sh:
но при запуске скрипта он вообще не находит нужные папки, хотя они лежат именно там, где указано.
Что я упускаю, никак не могу понять
Операционная система Ubuntu 10.03
Дальше запуска g09 никак не могу продвинуться, на любой запрос поступает пустой ответ, т.е. ничего (т.е. приветствие гауссиан пишет)
Прописывал в bashrc вышеупомянутые строчки - что-то вроде
GAUSS_EXEDIR=/andrey/g09
g09root=/andrey/g09
G09BASIS=/andrey/g09/basis
GAUSS_SCRDIR=/andrey/g09/tmp
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64:$GAUSS_EXEDIR:$G09BASIS:$LD_LIBRARY_PATH:$G09BASIS
export GAUSS_EXEDIR G09BASIS PATH LD_LIBRARY_PATH
перезапускал
пробовал через скрипт 1.sh:
Код: Выделить всё
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/andrey/g09"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
TEMPORARY_PATH="/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
Что я упускаю, никак не могу понять
Re: по поводу Gaussian 09
Довольно странная у Вас система директорий - без home (на ubuntu никогда не работал), например, должно быть так GAUSS_EXEDIR=/home/andrey/g09 . Точно ли так?Victor2005 писал(а):Здравствуйте. Нужна помощь
GAUSS_EXEDIR=/andrey/g09
g09root=/andrey/g09
G09BASIS=/andrey/g09/basis
GAUSS_SCRDIR=/andrey/g09/tmp
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64:$GAUSS_EXEDIR:$G09BASIS:$LD_LIBRARY_PATH:$G09BASIS
export GAUSS_EXEDIR G09BASIS PATH LD_LIBRARY_PATH
но при запуске скрипта он вообще не находит нужные папки, хотя они лежат именно там, где указано.
Re: по поводу Gaussian 09
вообще на убунте хоум должен быть, по крайней мере, на доступной мне -- есть.
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Да, пробовал и с хоум, результат другой
Прописал в .bashrc:
export GAUSS_EXEDIR=/home/andrey/g09
export g09root=/home/andrey
export LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:/home/andrey/g09
export PATH=/home/andrey/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/andrey/tmp
результат следующий - при запуске процесса g09 выходит приветствие,
Entering Gaussian System, Link 0=g09
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/andrey/tmp/Gau-7982.inp
In source file ml0.f, at line number 182
На всех строчках он пишет: нет такой директории , нет такого файла.
Прописал в .bashrc:
export GAUSS_EXEDIR=/home/andrey/g09
export g09root=/home/andrey
export LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:/home/andrey/g09
export PATH=/home/andrey/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/andrey/tmp
результат следующий - при запуске процесса g09 выходит приветствие,
Entering Gaussian System, Link 0=g09
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/andrey/tmp/Gau-7982.inp
In source file ml0.f, at line number 182
Код: Выделить всё
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/home/andrey/g09"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
TEMPORARY_PATH="/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
# ------------------------------------------------
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Никому нечего сказать? Может мне попробовать ещё какие варианты? Что ни пробую, результаты приблизительно одни и те же - после приветствия от гауссиана результат на любую команду нулевой
Re: по поводу Gaussian 09
Какой был инпут-файл? ls -l какие атрибуты на файлах гау$$иан показывает?
кстати, не уверен, что на ubuntu он вообще работает. Вот, например, на opensuse работает.
кстати, не уверен, что на ubuntu он вообще работает. Вот, например, на opensuse работает.
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Меня интересуют возникшие строчки об ошибках - что они могут означать? (то, что выше написано). Инпут-файлы я брал разные с оф.сайта гауссиана, везде результат одинаковый.
Про атрибуты не понял, как проверить.
Говорили, что на ubuntu работает.
Про атрибуты не понял, как проверить.
Говорили, что на ubuntu работает.
Re: по поводу Gaussian 09
про атрибуты : команда ls -l слева появится надпись, например, drwxr-x---
Ошибка: эта ошибка ничего хорошего не означает.
Про инпут: приведите хоть один инпут файл. Это ведь не сложно?
Ошибка: эта ошибка ничего хорошего не означает.
Про инпут: приведите хоть один инпут файл. Это ведь не сложно?
Re: по поводу Gaussian 09
Проверьте еще раз тщательно все заданные пути.
Например, CALC_PATH="/research"
/research - необычная для linux директория.
ls /research
что говорит?
Например, CALC_PATH="/research"
/research - необычная для linux директория.
ls /research
что говорит?
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Благодарю всех за помощь, Проверил ls -l, оказалось права не везде были выставлены которые нужно
Скрипт верный такой:
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/home/andrey/g09"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/home/andrey/research"
TEMPORARY_PATH="/home/andrey/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
# ------------------------------------------------
P.S. Запустить через g09 с использованием переменных, заданных в .bashrc так и не получилось!!!
Но пока программа работает через скрипт, успел провести все необходимые первые расчёты, дальше продолжу разбираться, когда подведу теоретическую базу под следующие расчёты.
Большая благодарность за помощь
Скрипт верный такой:
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/home/andrey/g09"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/home/andrey/research"
TEMPORARY_PATH="/home/andrey/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
# ------------------------------------------------
P.S. Запустить через g09 с использованием переменных, заданных в .bashrc так и не получилось!!!
Но пока программа работает через скрипт, успел провести все необходимые первые расчёты, дальше продолжу разбираться, когда подведу теоретическую базу под следующие расчёты.
Большая благодарность за помощь
Re: по поводу Gaussian 09
Видно, в Windows распаковывали.Victor2005 писал(а):... оказалось права не везде были выставлены которые нужно...
http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/0 ... n-a02.html
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
Нет, распаковывал в линуксе сразу...
А нет ещё вариантов, что я мог перемудрить в bashrc? А то не могу решить вопрос, почему не запускается напрямую, только через скрипт. Как мне задать переменные, если такой скрипт работает?
Рекомендации по ссылке попробую, благодарю
А нет ещё вариантов, что я мог перемудрить в bashrc? А то не могу решить вопрос, почему не запускается напрямую, только через скрипт. Как мне задать переменные, если такой скрипт работает?
Рекомендации по ссылке попробую, благодарю
Re: по поводу Gaussian 09
А .bashrc Вы перезапускали? Изменения в нем вступят в силу только тогда (или во вновь открытых терминалах). Кроме того, если запускаете расчет через PBS, то .bashrc не исполняется. Тогда в начало скрипта-запускалки нужно вставить строкуVictor2005 писал(а):А нет ещё вариантов, что я мог перемудрить в bashrc? А то не могу решить вопрос, почему не запускается напрямую, только через скрипт. Как мне задать переменные, если такой скрипт работает?
$HOME/.bashrc
-
- Сообщения: 13
- Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm
Re: по поводу Gaussian 09
кстати, команды на права доступа у меня были такие:
chown -hR andrey /media/g09
chmod -R go-rwx /media/g09
chown -hR andrey /home/andrey/g09
chmod -R go-rwx /home/andrey/g09
chown -hR andrey /media/g09
chmod -R go-rwx /media/g09
chown -hR andrey /home/andrey/g09
chmod -R go-rwx /home/andrey/g09
Re: по поводу Gaussian 09
Да, кто считает ROHF, то имейте в виду, что OPT и FREQ, используемые одновременно, будут считать UHF. И еще: одноядерную виндовую версию гауссиана 09 можно модифицировать так, что будут запускаться сразу различные задачи на всех ядрах.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: по поводу Gaussian 09
Подскажите такой момент, установил на убунту, запускаю скриптом, всё работает, но загружет только один процессор, как подключить остальные ? Думал по умолчанию в линуксоидной версии всё распараллелено.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 27 гостей