Расчет барьеров вращения
Re: Расчет барьеров вращения
Скан я выкладывал выше. Вот уточнение положений экстремумов
После отстоя требуйте долива
Re: Расчет барьеров вращения
Вы инструкцию выше, данную для природы читали? В остальных квантовохимических программах всё делается абсолютно также, за исключением возможности автоматизации некоторых шагов.Rusia писал(а):Тоесть надо сначала получить наименее "выгодные" конформации, а потом уже экстремумы? Только как это делать? Я игде толковых инструкций не нашёл...
Re: Расчет барьеров вращения
$SURF group (relevant for RUNTYP=SURFACE)
This group allows you to probe a potential energy
surface along a small grid of points. Note that there is
no option to vary angles, only distances.
в гамессе нельзя вращение считать...
+ Что-то нигде не могу найти, где достать эту природу...
This group allows you to probe a potential energy
surface along a small grid of points. Note that there is
no option to vary angles, only distances.
в гамессе нельзя вращение считать...
+ Что-то нигде не могу найти, где достать эту природу...
Re: Расчет барьеров вращения
"в гамессе нельзя вращение считать..."
Подготовьте тогда несколько файлов, где что надо прокручено и заморожено. По крайней мере в PC GAMESS-е мы так делали.
"+ Что-то нигде не могу найти, где достать эту природу..."
на подобные вопросы отвечали уже 1000 раз, надо только внимательно читать
Подготовьте тогда несколько файлов, где что надо прокручено и заморожено. По крайней мере в PC GAMESS-е мы так делали.
"+ Что-то нигде не могу найти, где достать эту природу..."
на подобные вопросы отвечали уже 1000 раз, надо только внимательно читать
Re: Расчет барьеров вращения
В смысле в GAMESS US, а не в FireFly. В первом случае можно также выкрутиться. Нужно удалять друг от друга два атома на противоположных концах двугранного угла, но не переусердствовать.Rusia писал(а):$SURF group (relevant for RUNTYP=SURFACE)
This group allows you to probe a potential energy
surface along a small grid of points. Note that there is
no option to vary angles, only distances.
в гамессе нельзя вращение считать...
После отстоя требуйте долива
Re: Расчет барьеров вращения
Это уже будет не внутреннее вращение а непойми что.VTur писал(а):Rusia писал(а):$SURF group (relevant for RUNTYP=SURFACE)
Нужно удалять друг от друга два атома на противоположных концах двугранного угла, но не переусердствовать.
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Re: Расчет барьеров вращения
Согласен, это будет извращение.Lantano писал(а):Это уже будет не внутреннее вращение а непойми что.VTur писал(а):Rusia писал(а):$SURF group (relevant for RUNTYP=SURFACE)
Нужно удалять друг от друга два атома на противоположных концах двугранного угла, но не переусердствовать.
Пошёл искать природу...
Re: Расчет барьеров вращения
Повторюсь. Подскажите как в задаче для расчета зафиксировать двугранный угол и оптимизировать всё остальное. Молекула у меня большая, кусок полимера, поэтому не эмпирика не подойдет, надо считать полуэмпирикой. Так вопрос как в гауссиане заморозить двугранный угол и просчитать молекулу с оптимизацией ?
Re: Расчет барьеров вращения
Если полуэмпирика, то почему не MOPAC? Там фиксация координат предусмотрена на уровне формата z-матрицы. И думаю, для полуэмпирики это не единственное его преимущество перед другими программами.
Re: Расчет барьеров вращения
Где там фиксация на уровне z матрицы ? Пояснить как это сделать можете ? У меня мопак в chemoffice, как там можно это сделать ?
Re: Расчет барьеров вращения
Не знаю, как это сделать (и можно ли вообще) через chemoffice. Входной файл мопака выглядит так (одна строка из середины):Rupreht писал(а):Где там фиксация на уровне z матрицы ? Пояснить как это сделать можете ? У меня мопак в chemoffice, как там можно это сделать ?
С 1.55 1 109.0 1 120.0 0 1 2 3
Здесь 0 после 120.0 означет, что диэдральный угол этого углерода с атомами 1,2,3 заморожен.
Re: Расчет барьеров вращения
Спасибо, вроде получилось, но вот только в расчете в мопаке у меня задействован только один процессор из трёх. Можно как то раскинуть это на все процессоры ?
Re: Расчет барьеров вращения
Похоже, нельзя, по крайней мере, mopac2009: http://openmopac.net/manual/index_troub ... %20versionRupreht писал(а):Спасибо, вроде получилось, но вот только в расчете в мопаке у меня задействован только один процессор из трёх. Можно как то раскинуть это на все процессоры ?
Re: Расчет барьеров вращения
Я такой "проскок" и "срыв" наблюдал при попытке сканированием межатомного расстояния оценить барьеры таутомерных переходов имин-енамин. Признаться, я подумал, что проблема в недоучете диффузной части в базисе для водорода (я считаю в Орке, базис был Def2-TZVP). Amge, а насколько реально далее использовать полученные структуры при поиске ПС? И какие из них брать - ведь самые верхние две точки могут оказаться с одной стороны от ПС? Кстати, аналогичные явления были и при попытке сканированием определить барьеры Z-E изомеризации C=N-H.amge писал(а):Но во многих случаях при движении к ПС собственно вращение сменяется другими "движениями", и тогда на графике координата-энергия будет "проскок" мимо ПС и затем "срыв". При этом часто бывает, что ни высшая точка на этом графике, ни соседние, совершенно не похожи на истинное ПС, причем уменьшение шага не помогает.Rusia писал(а):А насколько я делаю неправильно - замораживаю нужное через з-матрицу и вращаю, считая аб инитио фаерфлаем?
Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.
Re: Расчет барьеров вращения
Ситуация "проскок"-"срыв" обусловлена формой ППЭ и по большому счету не зависит от метода/базиса/программы. Использовать полученные структуры при поиске ПС вполне реально, я обычно беру ту из них, вид которой наиболее соответствует моим представления о ПС. Это не обязательно самая высокая по энергии, может быть и одна из предыдущих, а иногда больше нравится следующая за "срывом".RAS писал(а):Я такой "проскок" и "срыв" наблюдал при попытке сканированием межатомного расстояния оценить барьеры таутомерных переходов имин-енамин. Признаться, я подумал, что проблема в недоучете диффузной части в базисе для водорода (я считаю в Орке, базис был Def2-TZVP). Amge, а насколько реально далее использовать полученные структуры при поиске ПС? И какие из них брать - ведь самые верхние две точки могут оказаться с одной стороны от ПС? Кстати, аналогичные явления были и при попытке сканированием определить барьеры Z-E изомеризации C=N-H.
По поводу таутомерных переходов имин-енамин. Я немного занимался подобным, поэтому думаю (даже уверен), что расчет барьера изолированной молекулы в вакууме не даст Вам ничего похожего на экспериментальный барьер (рискну предположить, что расчетный барьер будет в районе 60 ккал/моль

Re: Расчет барьеров вращения
Согласен, и более того, в присутствии кислот можно рассматривать и постадийный процесс - присоединение протона с последующим его отщеплением в другом месте. Но для меня важно было оценить "проходимость" барьеров при комнатной температуре в принципе. Кстати, они получились около 30 ккал/мольamge писал(а): По поводу таутомерных переходов имин-енамин. Я немного занимался подобным, поэтому думаю (даже уверен), что расчет барьера изолированной молекулы в вакууме не даст Вам ничего похожего на экспериментальный барьер (рискну предположить, что расчетный барьер будет в районе 60 ккал/моль). Но любая сольватация этот барьер понизит.

Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.
Re: Расчет барьеров вращения
Почти.amge писал(а): Ситуация "проскок"-"срыв" обусловлена формой ППЭ и по большому счету не зависит от метода/базиса/программы.
Зависит от релаксации электронной плотности. В небольших базисах не хватает числа функций, что бы описать сложную ППЭ. Диффузных и поляризационных. Это же бойзовские гауссианы.
В B3LYP дошел до QZ, прежде, чем получил нужную сходимость формамид-формальдоксим. Тогда МР2 еще не тянул, а так, используйте теорию возмущений.
После отстоя требуйте долива
Re: Расчет барьеров вращения
>> VTur
Сомневаюсь я, что тут столь велика роль базиса. Неужели у Вас при TZ ППЭ "ступеньками", а при QZ - гладкая?
И "сходимость формамид-формальдоксим" - можно расшифровать, что имели ввиду?
Сомневаюсь я, что тут столь велика роль базиса. Неужели у Вас при TZ ППЭ "ступеньками", а при QZ - гладкая?
И "сходимость формамид-формальдоксим" - можно расшифровать, что имели ввиду?
"Если миру не нужен свет - Не беда, проживёт и так.
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Если стал не нужен поэт - Не беда, он наймётся в кабак..."
Re: Расчет барьеров вращения
Рассматривал термодинамику переход протона от О к N (а также в HNC(OH)H). Потенциальная функция с увеличением базиса становилась более плавная. Тот график не сохранился. Опубликовано ничего не было.
Сейчас изучаем внутреннее вращение в динитроалкане. Здесь потенциальная функция стала более симметричной при переходе от B3LYP к MP2. Хотя и в MP2/6-311++G(3df,3pd) есть небольшая асимметрия, но терпимая. А больший базис уже тяжело. Сплошная линия симметризованная кривая.
Сейчас изучаем внутреннее вращение в динитроалкане. Здесь потенциальная функция стала более симметричной при переходе от B3LYP к MP2. Хотя и в MP2/6-311++G(3df,3pd) есть небольшая асимметрия, но терпимая. А больший базис уже тяжело. Сплошная линия симметризованная кривая.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
После отстоя требуйте долива
Re: Расчет барьеров вращения
Тут недавно задумался, а не нормальное ли явление асимметрия в некоторых случаях внутреннего вращения. К примеру, есть относительно нежесткий фрагмент (например, -СН3), который крутится и взаимодействует с относительно жестко сидящим фрагментом (например, >С=СН2) ("цепляет" его при вращении). Тогда максимумы энергии при вращении по и против часовой могут быть сдвинуты на некоторый угол и сами максимумы будут несимметричны. Примерно так, как при движении упругой пластинки вдоль плоскости со штырьком она будет цепляться за него, потом соскакивать.VTur писал(а): есть небольшая асимметрия, но терпимая.

Или я не прав?

Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей