Программный комплекс Modyp

[Kira]

Здравствуйте, коллеги. Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь пользовался программным пакетом Modyp для расчёта молекулярной динамики. Не могу сделать файл со структурой. premd.exe не нравиться мой файл с топологией, а я не могу понять, что не так.
Если у кого-то есть опыт, помогите, пожалуйста, посмотрите файл - что не так. Прикрепила сам файл в формате txt, т.к. tpl запрещён.
Заранее спасибо.

[Marxist]

На вашем месте я бы воспользовался каким-нибудь общепринятым ПО, благо его навалом.

[Kira]

Каким, например? И если я прошу помощи, значит у меня есть резоны работать в этой программе.

[Marxist]

Интересно, какие? Опубликовать эти результаты вы всё равно не сможете, это во-первых, поскольку при использовании непонятно какой программы у вас получатся непонятно какие результаты. Во-вторых, советы по использованию экзотического ПО надо спрашивать у его разработчиков, потому что больше никто этим ПО не пользуется. В-третьих, классическое ПО для молдинамики -- GROMACS, AMBER, NAMD, Tinker. Все эти программы могучи и качественно поддерживаются, в мэйллистах там отвечают быстро и по делу.

UPD. Вы, кстати, задаёте некорректный вопрос, не приводя текст ошибки. У вас в файле структура чего-то похожего на графен, а вы пытаетесь использовать для него силовое поле AMBER99. Мне бы это тоже не понравилось, будь я программой.