Ошибка #2070 в Gaussian 09W

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 600
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Пн авг 08, 2011 5:38 am

Кординационные центры представляют собой искаженные тетраэдры. Сами структуры подтверждены РСА. А вот схему предположительной диссоциации мне дали для расчета. Она ничем не подтверждена.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение o-oxhem » Пн авг 08, 2011 7:19 am

Уксусную кислоту нужно в любом случае правильно нарисовать.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 600
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Пн авг 08, 2011 7:27 am

А ВЫ ОБЪЯСНИТЕ, ЧТО НЕ ПРАВИЛЬНО.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение o-oxhem » Пн авг 08, 2011 8:03 am

Ясно, что Вы не химик по образованию. Тогда придется объяснять. Молекулу уксусной кислоты оптимизируйте. Далее нужно сравнить с тем, что у Вас. Надеюсь, Вы увидите, что то начальное приближение, что Вы выбрали, совсем не то, что нужно (я пока не говорю про координацию). Да, надеюсь, что метил у С(42) Вы уже поправили

Auld-Bore
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пт апр 29, 2011 5:38 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение Auld-Bore » Пн авг 08, 2011 12:55 pm

o-oxhem писал(а):Грамотный взгляд химика экономить время расчёта.
Категорически согласен!
AlexKsen писал(а):А ВЫ ОБЪЯСНИТЕ, ЧТО НЕ ПРАВИЛЬНО.
Во-первых, по-моему, Вы вообще не смотрите выходной файл. Получив ТРИ сообщения о ТРЕХ РАЗНЫХ ошибках (в первый раз - два атома оказались слишком близко, во второй - Gaussian не нашел строку заголовка, а в третий - из-за очень плохой геометрии не сошлась процедура ССП) Вы плачетесь, что у Вас "опять та же ошибка".
Во-вторых, прежде чем отправлять на счет задание, его разумно посмотреть в GaussView и убедиться, что с геометрией все более-менее сносно - связи, где надо, есть, атомы друг на друга не налезли и т.д.
В третьих, на начальном этапе расчетов разумнее все-таки хранить структуру не в виде координат, а в формате Z-матрицы - тогда ошибки легче исправлять.
В прилагаемом файле - возможный вариант стартовой геометрии. Я взял Ваш последний 2.log и поправил его в GaussView, вернув на место осиротевшую метильную группу и удалив обломки уксусной кислоты, затем сотворил модельную CH3COOH средствами GaussView и вручную приделал ее к одному из атомов меди. К сожалению, ничего поучительного: глаза и руки. Не поручусь, что такая исходная структура - наилучшая из возможных, но я не сильно и старался :wink: .
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 600
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Ср авг 10, 2011 6:39 am

Спасибо ВСЕМ за помощь!

Engager
Сообщения: 87
Зарегистрирован: Вс янв 23, 2005 3:24 am
Контактная информация:

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение Engager » Вс дек 16, 2012 7:09 pm

Аналогичная проблема.... Вбитая структура экспериментальня геометрия RuO2 (P42/mnm, №136, a=4.4911A, c=3.1065A, Ru-O=1.984A и 1.942А). Безразлично к изощрениям, "Atoms too close". Входной файл:

Входной файл:

%mem=100MW
%chk=E:\Quant\G09W\tests\rutenia-m2.chk
#p opt lsda/gen pseudo=lanl1

Ruthenium dioxide.

Ru 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ru 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Ru 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Ru 0.00000000 0.00000000 3.10650000
Ru 0.00000000 4.49110000 3.10650000
Ru 4.49110000 4.49110000 0.00000000
Ru 4.49110000 0.00000000 3.10650000
Ru 4.49110000 4.49110000 3.10650000
Ru 2.24555000 2.24555000 1.55325000
O 1.23033685 1.23033685 0.00000000
O 1.23033685 1.23033685 3.10650000
O 3.26074519 3.26074519 0.00000000
O 3.26074519 3.26074519 3.10650000
O 0.87226144 3.61883856 1.55325000
O 3.61883856 0.87226144 1.55325000
Tv 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Tv 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Tv 0.00000000 0.00000000 3.10650000

C таким вариантом тоже отваливается:

%mem=100MW
%chk=E:\Quant\G09W\tests\rutenia-m2.chk
#p opt lsda/gen pseudo=lanl1

Ruthenium dioxide.

Ru 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ru 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Ru 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Ru 4.49110000 4.49110000 0.00000000
Ru 2.24555000 2.24555000 1.55325000
O 1.23033685 1.23033685 0.00000000
O 3.26074519 3.26074519 0.00000000
O 0.87226144 3.61883856 1.55325000
O 3.61883856 0.87226144 1.55325000
Tv 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Tv 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Tv 0.00000000 0.00000000 3.10650000
Не стой где попало, а то опять попадет.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1806
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение amge » Вс дек 16, 2012 8:36 pm

Engager писал(а):Вбитая структура экспериментальня геометрия RuO2 (P42/mnm, №136, a=4.4911A, c=3.1065A, Ru-O=1.984A и 1.942А). Безразлично к изощрениям, "Atoms too close".
Атом Ru 0.00000000 0.00000000 0.00000000
после трансляции Tv 4.49110000 0.00000000 0.00000000
в точности совпадет со вторым атомом.
Т.е. попробуйте выкинуть все Ru, кроме уникальных, т.е. первого и последнего.
Аналогично с кислородами.

Engager
Сообщения: 87
Зарегистрирован: Вс янв 23, 2005 3:24 am
Контактная информация:

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение Engager » Вс дек 16, 2012 11:24 pm

Только те, что не получаются трансляцией:

%mem=100MW
%chk=E:\Quant\G09W\tests\rutenia-m2.chk
#p opt lsda/gen pseudo=lanl1

Ruthenium dioxide

0 1
Ru 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ru 2.24555000 2.24555000 1.55325000
O 1.23033685 1.23033685 0.00000000
O 3.26074519 3.26074519 0.00000000
O 0.87226144 3.61883856 1.55325000
O 3.61883856 0.87226144 1.55325000
Tv 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Tv 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Tv 0.00000000 0.00000000 3.10650000

Результат - все равно отламывается:

Cannot cope with ghost atoms or with translation vectors.
Stoichiometry O4Ru2
Framework group C1[X(O4Ru2)]
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Не стой где попало, а то опять попадет.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1806
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение amge » Пн дек 17, 2012 7:29 am

Пишут, что
The lattice constants of ruthenium dioxide are a = b = 4.4911, c = 3.1065, and u = 0.3058. The ruthenium atoms are located at the Wycoff 2(a) sites, (0,0,0) and ( ½,½,½). The oxygen atoms occupy the Wycoff 4(f) sites, ±(½+u,½−u,½) and ±(u,u,0).
Т.е. попробуйте так:
Ru 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ru 2.24555000 2.24555000 1.55325000
O 3.61892838 0.87217162 1.55325000
O -3.61892838 -0.87217162 -1.55325000
O 1.37337838 1.37337838 0.00000000
O -1.37337838 -1.37337838 0.00000000
Tv 4.49110000 0.00000000 0.00000000
Tv 0.00000000 4.49110000 0.00000000
Tv 0.00000000 0.00000000 3.10650000

kronus137
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Вс мар 03, 2013 4:48 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение kronus137 » Вс мар 03, 2013 4:52 pm

Здравствуйте. У меня такая же проблема. Подскажите пожалуйста, что делать. Не могу выложить входной и выходной файлы. Пишет, что расширение запрещено администратором. Могу на почту скинуть тому, кто помочь захочет.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11914
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение Гесс » Вс мар 03, 2013 6:01 pm

Поменяйте расширение на тхт ну или если они дикоогромные - архивните.

chronos377
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт мар 08, 2013 1:50 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение chronos377 » Пт мар 08, 2013 2:25 pm

Здравствуйте. Выдает ошибку 2070. В архиве входной, выходной и checkpoint файлы. Строил структуру в chem3d. Использовал различные методы расчета. Подскажите пожалуйста. Как правильно найти разницу энергии Гиббса. В выходном файле энергия Гиббса представлена отрицательной величиной. Разве энергия может быть отрицательной?? Соответственно дельта G получается больше 0. Какие методы вычислений использовать? Как правильно найти энергию HOMO и LUMO и энтальпию. Я извиняюсь за глупые вопросы. Я не химик. Читал литературу по этой теме, но почему-то полностью понять как это делается не смог.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение VTur » Пт мар 08, 2013 7:29 pm

В выходном файле нет эн. Гиббса.
dG=Продукты - реагенты
Может быть отрицательной - см. определение эн. Гиббса.
Энергия НСМО в ХФ методах бессмысленна, чтобы ни писали доморощенные теоретики, как и щель ВЗМО-НСМО
После отстоя требуйте долива

chronos377
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт мар 08, 2013 1:50 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение chronos377 » Пт мар 08, 2013 7:45 pm

VTur писал(а):В выходном файле нет эн. Гиббса.
dG=Продукты - реагенты
Может быть отрицательной - см. определение эн. Гиббса.
Энергия НСМО в ХФ методах бессмысленна, чтобы ни писали доморощенные теоретики, как и щель ВЗМО-НСМО
Спасибо за ответ. Из определения энергии Гиббса я понял, что названное число является разницей в энергии реагентов и продуктов. Но ведь (может я не правильно понял) gaussian считает именно общую энергию системы? А из значений энергии реагентов и продуктов можно вычислить дельта G. Я правильно понял?? Или нет?

chronos377
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт мар 08, 2013 1:50 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение chronos377 » Пт мар 08, 2013 7:49 pm

Sum of electron and thermal Free Energy -489.312216 Это же не разница в энергиях реагентов и продуктов? Я думал, что это именно свободная энергия системы. Я прав?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение VTur » Пт мар 08, 2013 7:54 pm

То, что выдает гауссиан - это полная св. эн. Гибсса, где энергия нулевых колебаний и колебательный вклад в температурный сдвиг рассчитаны в гармоническом приближении. Сильно зависит от набора метод/базис.

Считаете для реагентов, потом продуктов и берете разницу. Получаете dG в очень грубом приближении. Вопрос всегда упрется в - с какой точностью это нужно?
После отстоя требуйте долива

chronos377
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт мар 08, 2013 1:50 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение chronos377 » Пт мар 08, 2013 7:58 pm

VTur писал(а):То, что выдает гауссиан - это полная св. эн. Гибсса, где энергия нулевых колебаний и колебательный вклад в температурный сдвиг рассчитаны в гармоническом приближении. Сильно зависит от набора метод/базис.

Считаете для реагентов, потом продуктов и берете разницу. Получаете dG в очень грубом приближении. Вопрос всегда упрется в - с какой точностью это нужно?
Может ли эта свободная энергия быть отрицательной??? Потому, что dG при отрицательных значениях этой энергии больше 0. При положительных меньше 0. И это ведь большая разница. То ли разрешен процесс термодинамически, то ли нет. Подскажите пожалуйста. Точность очень важна.
Последний раз редактировалось chronos377 Пт мар 08, 2013 8:02 pm, всего редактировалось 1 раз.

chronos377
Сообщения: 56
Зарегистрирован: Пт мар 08, 2013 1:50 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение chronos377 » Пт мар 08, 2013 8:00 pm

И не могли бы вы подсказать какой лучше метод\базис использовать для расчета dG dH и для расчета смещения электронной плотности и величины полузаряда на атомах???

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение VTur » Вт мар 12, 2013 9:25 am

chronos377 писал(а):
VTur писал(а):То, что выдает гауссиан - это полная св. эн. Гибсса, где энергия нулевых колебаний и колебательный вклад в температурный сдвиг рассчитаны в гармоническом приближении. Сильно зависит от набора метод/базис.

Считаете для реагентов, потом продуктов и берете разницу. Получаете dG в очень грубом приближении. Вопрос всегда упрется в - с какой точностью это нужно?
Может ли эта свободная энергия быть отрицательной??? Потому, что dG при отрицательных значениях этой энергии больше 0. При положительных меньше 0. И это ведь большая разница. То ли разрешен процесс термодинамически, то ли нет. Подскажите пожалуйста. Точность очень важна.
Может быть отрицательной.
Св. эн. ГИббса - это т/д потенциал, величина которого зависит от выбора начала отсчета.
В Вашем случае это работа по отношению не к простым веществам или другим продуктам, а по отношению к свободным покоящимся бесконечно удаленным ядрам и электронам. Когда они собираются вместе - энергия выделяется. Поэтому здесь dG отрицательна.

Вам нужна обычная величина для реакции. Для этого нужно сосчитать полные эн. Гиббса реагентов, продуктов и вычесть из вторых первые.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя