по поводу Gaussian 09
Re: по поводу Gaussian 09
А %NProcShared=<число процессоров> в начале инпута стоит?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: по поводу Gaussian 09
Так может можно указать в настройках проги, чтобы она всегда автоматом использовала все процессоры ? Это как то удобнее будет. На работе именно так и есть, в инпутах количество процессоров не указываю и расчет всегда ведётся всеми процессорами.
Re: по поводу Gaussian 09
На работе используется система очередей?
Re: по поводу Gaussian 09
на работе имеется один сервер и на него через ssh поступают задачи для расчёта с клиентов. Любителей посчитать несколько человек и обычно они запускают свои расчёты несогласованно. Смысла каждый раз при запуске расчета указывать количество загружаемых процессоров нет (ну или по крайней мере я не вижу). Судя по последним неудачным запускам расчётов, у нас всё накрылось. Раньше всю эту систему нам настраивал знакомый, которого теперь довольно трудно достать. В общем решили освоить своими силами. Судя по описанию методов установки в данной ветке, обычно параметры прописываются либо в баше либо запуск идёт скриптом. Посмотрел на сервере баш, там никаких упоминаний о gaussian нет. раньше запускали через терминал с клиента, однако это неудобно т.к. при отключении клиента расчёт прекращался. Теперь наверное есть смысл запускать с клиента скрипт, в таком случае и геморроя меньше и расчёт не зависит от клиента. Скриптом всё запускается, но как говорил выше, загрузка одной задачи только на один процессор (две задачи - два процессора), что неудобно. Проще весь объем расчетов распределять по всем процессорам.
Кстати сторонний вопрос, у нас имеется лицензия gaussian 2003, но для винды. Так уж сложилось, что на винде никто и не считает, считаем в линуксовой версии. Какие проблемы возникнут в дальнейшем при опубликовании результатов ? Не пересчитывать же под виндовой версией нужные данные ? Как там проходит проверка лицензии ? Или достаточно, что на организации висит лицензия ?
Кстати сторонний вопрос, у нас имеется лицензия gaussian 2003, но для винды. Так уж сложилось, что на винде никто и не считает, считаем в линуксовой версии. Какие проблемы возникнут в дальнейшем при опубликовании результатов ? Не пересчитывать же под виндовой версией нужные данные ? Как там проходит проверка лицензии ? Или достаточно, что на организации висит лицензия ?
Re: по поводу Gaussian 09
Насколько я понимаю, у Вас та же гуляющая по торрентам версия Г, что и у всех, т.е., распараллеленная только по ядрам одного узла, а не кластерная, способная задействовать несколько узлов. Тогда имеет смысл сделать стандартную шапку для всех инпутов, включающую в себя указанную выше строчку. Разве это трудно?
Лицензию проверять никто, скорее всего, не будет. Правда, если лицензия на Г03, а расчеты выполнялись какие-то специфические для Г09 или использовались дефолтные опции Г09, не совпадающие с дефолтами Г03, то теоретически могут и поинтересоваться фактом наличия лицензии на Г09. Но если не будете писать в статье, что считали линуксовой версией Г03, а не виндовской, то никто и не спросит.
Лицензию проверять никто, скорее всего, не будет. Правда, если лицензия на Г03, а расчеты выполнялись какие-то специфические для Г09 или использовались дефолтные опции Г09, не совпадающие с дефолтами Г03, то теоретически могут и поинтересоваться фактом наличия лицензии на Г09. Но если не будете писать в статье, что считали линуксовой версией Г03, а не виндовской, то никто и не спросит.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: по поводу Gaussian 09
А что вы подразумеваете под узлами ? У нас имеется сервер с несколькими процессорами (не ядрами на одном проце). Это имеет значение ? Конечно добавлю в инпут строку, но помню, что где то упоминалось, что достаточно подредактировать немного файлик самой программы, чтобы эту проблему снять, хотя возможно я и ошибаюсь.
А вообще, спасибо за совет.
А вообще, спасибо за совет.
Re: по поводу Gaussian 09
Ну это то же самое для считающей программы. Один узел, несколько процессоров/ядер.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: по поводу Gaussian 09
В Winodws версии в директории Gaussian-а есть файлы:
Default.r1
Default.r2
Default.r3
Есть ещё какой-то Default.Rou из Scratch.
Как они влияют на параметры по-умолчанию я не знаю, но вроде данные из них как-то используются.
Default.r1
Default.r2
Default.r3
Есть ещё какой-то Default.Rou из Scratch.
Как они влияют на параметры по-умолчанию я не знаю, но вроде данные из них как-то используются.
Re: по поводу Gaussian 09
Может кто-нибудь скинуть пример входного файла для Gaussian 03 с задачей оптимизации геометрии молекулы? если можно то пояснить как запустить расчет.
Re: по поводу Gaussian 09
например, вот так (но сразу - нужно прочитать web-site gaussian).
По запуску - есть варианты. Наример, на win можно с помощью интерфейса.
Можно создать .bat файл в нем с:\G03W\g03.exe имяфайла.gjf (путь, конечно, должен соответствовать актуальному)
По запуску - есть варианты. Наример, на win можно с помощью интерфейса.
Можно создать .bat файл в нем с:\G03W\g03.exe имяфайла.gjf (путь, конечно, должен соответствовать актуальному)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: по поводу Gaussian 09
Вот мой пример:
Код: Выделить всё
%Chk=C6F6.chk
#p VSXC/6-31G* Opt(VeryTight,GDIIS) Integral(UltraFine) Freq
C6F6
0 1
C 0 1.14 -0.57 -0.57
C 0 -0.57 1.14 -0.57
C 0 -0.57 -0.57 1.14
C 0 -1.14 0.57 0.57
C 0 0.57 -1.14 0.57
C 0 0.57 0.57 -1.14
F 0 2.24 -1.12 -1.12
F 0 -1.12 2.24 -1.12
F 0 -1.12 -1.12 2.24
F 0 -2.24 1.12 1.12
F 0 1.12 -2.24 1.12
F 0 1.12 1.12 -2.24
2^74207281-1 is prime!
Re: по поводу Gaussian 09
У кого-нибудь были проблемы с нахождением ПС QST3 на версии В.01 Gaussian09?
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.
Re: по поводу Gaussian 09
Слишком общо сформулировано.
Re: по поводу Gaussian 09
Ищу ПС для ацетилена в триплетном состоянии, хочу повторить результаты на G03 он выдает Linear angle in Bend, считаю другие структуры выдает ошибка во внутренних координатах.
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.
Re: по поводу Gaussian 09
Значит, какой-то валентный угол 180 оказывается задан явно и далее он изменяется. Нужно z-mat задавать или зафиксировать этот угол.
Re: по поводу Gaussian 09
Может мои вопросы могут показаться глупыми, но я рискну остаться глупым на 5 минут)). Мы планируем взять G09 под Linux, а GVW5 под Windows.
Можно ли запускать расчеты с GVW5 на G09?
Можно ли просматривать результаты с G09 на визуалайзере под Винду?
И как можно сделать удаленный доступ с визуалайзера к серверу?
Можно ли запускать расчеты с GVW5 на G09?
Можно ли просматривать результаты с G09 на визуалайзере под Винду?
И как можно сделать удаленный доступ с визуалайзера к серверу?
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.
Re: по поводу Gaussian 09
Расчеты запускаются не с помощью визуализатора, а с помощью команды g09 (можно простейшего скрипта, пути должны быть записаны в .bashrc или в тот же скрипт для запуска).
GVW на Win одинаково отлично просматривает как файлы, созданные на linux (для просмотра chk файлов нужно будет конвертировать на linux в fchk), так и на win.
Значит, если gvw на linux, то работая на клиентской машине linux или win, можно запускать на сервере графическое приложение и работать. Это называется ssh forwarding. Дальше детали, которые зависят от ОС, для клиентской win машины нужен x-server (x-ming например). можно вообще эмулировать графическую среду linux, того который на сервере. Это freenx.
GVW на Win одинаково отлично просматривает как файлы, созданные на linux (для просмотра chk файлов нужно будет конвертировать на linux в fchk), так и на win.
Значит, если gvw на linux, то работая на клиентской машине linux или win, можно запускать на сервере графическое приложение и работать. Это называется ssh forwarding. Дальше детали, которые зависят от ОС, для клиентской win машины нужен x-server (x-ming например). можно вообще эмулировать графическую среду linux, того который на сервере. Это freenx.
Re: по поводу Gaussian 09
у нас gvw на винду будет, а G09 под линукс. Поэтому мы интересуемся если результаты на линуксе были, а визаулайзер на винде можно ли эти результаты (построить графики, спектры) смотреть на винде.
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.
Re: по поводу Gaussian 09
Всё можно, формат log-файлов для linux и windows одинаковый.
Re: по поводу Gaussian 09
Если линуксовый комп в вашем располяжении, то сделайте на нем smb-шару и смонтируйте ее в винде на отдельный диск. Тогда с удаленными файлами можно будет делать все что угодно (в том числе и открывать вьювером).
Если на линуксовый комп доступ только по ssh, то самый простой вариант - копировать файлы себе (программа Winscp). Также можно посмотреть плагины к Total Commander'у и far'у, наверняка там есть что-то для ssh или sftp, чтобы можно было открывать удаленный файл без копирования в явном виде.
Если на линуксовый комп доступ только по ssh, то самый простой вариант - копировать файлы себе (программа Winscp). Также можно посмотреть плагины к Total Commander'у и far'у, наверняка там есть что-то для ssh или sftp, чтобы можно было открывать удаленный файл без копирования в явном виде.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 50 гостей