Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Природа

Сообщение sanya1024 » Вт сен 20, 2011 12:27 pm

В идеале должна быть серия точек (типа relaxed-scan расчетов, т.е. ограниченных оптимизаций), с энергиями идущими вниз от точки ПС. Что-то у Вас не так в инпуте... А мнимая частота соответствует чему нужно или это просто вращение метила (так бывает)? Кстати, в Природе тоже перед расчетом IRC нужно найти ПС и скормить программе гессиан. Вы это сделали?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт сен 20, 2011 2:02 pm

Nicolass писал(а):Сделал IRC. Вместо кривой получил 2 точки и 2 значения энергии (back=0). При back=1 вообще кривой не получил. Это говорит о том, что я наткнулся не на переходное состояние а на артефакт?
Больше похоже на артефакт, по крайней мере, такое поведение IRC типично для недооптимизированной геометрии. И, судя по тому, что переходное состояние Вы, похоже, не искали, это точно артефакт.
Nicolass писал(а):Если не трудно расскажите пожалуйста о процедуре IRC поподробнее (я ее впервые делаю). Что там должно быть в идеале на выходе и какие значения энергии должны быть на графике? И еще: в Gamess перед IRC надо сделать sadpoint. А в природе есть какие-то аналоги sadpoint или в ней сразу после расчета гессиана IRC можно сделать?
IRC обеспечивает плавный спуск с переходного состояния (ПС). В отличие от релаксированного скана, при котором фиксируется какой-либо геометрический параметр (длина связи, угол), в IRC фиксируется шаг, представляющий собой "различие" предыдущей геометрии от следующей (в единицах rmsd). Поэтому спуск по IRC всегда плавный, без рывков геометрии и всегда приводит к соседней стационарной точке (как правило, к минимуму, изредка к другому ПС). Чтобы сделать IRC, нужно найти ПС (в Природе task=optimize и saddle=1 в группе $optimize) и посчитать его гессиан. IRC - достаточно длительный расчет, я его делаю в двух случаях: когда не очевидно, к каким минимумам приведет спуск из ПС (часто это и так ясно, но IRC обеспечивает однозначную связь ПС с соответствующими минимумами) и если нужна красивая визуализация реакции (спуск по IRC, в отличие от скана, всегда плавный).

Partizan
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Вс сен 18, 2011 2:24 pm

Re: Природа

Сообщение Partizan » Ср сен 21, 2011 4:35 pm

Droog_Andrey писал(а):
Partizan писал(а):H39C36N5O5. Но, когда пытался посчитать с помощью Гауссиана, то после 10 суток расчетов отчаялся.
Какой-то огромный базис наверное брали?
Ну, я чуть ли не самый большой выбрал. 311G++. Не для той машины...

Partizan
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Вс сен 18, 2011 2:24 pm

Re: Природа

Сообщение Partizan » Ср сен 21, 2011 4:46 pm

Разобрался в ошибке. Правда, не совсем... Программа у меня не поддерживает выделение более 1000 Мб оперативной памяти. Как убедился, это лишка. Возможно, это из-за того, что я работаю в Windows. Как думаете, может быть такое?
Другая ошибка была в том, что сохранил текст в кодировке Юникод. Программа читает ANSI.
Спасибо за разъяснение понятия бреда. :)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Природа

Сообщение sanya1024 » Ср сен 21, 2011 8:22 pm

Виндовская Природа действительно не поддерживает больше какого-то порога оперативки. Я обычно ставлю 512 и мне всегда хватало, хотя зверюги у меня были немаленькие. Но с переходом на кластер виндовской Природой вообще перестала пользоваться.
311++ -- это чему он в Природе соответствует? там самые часто используемые -- 3z и L2, оба triple-zeta quality. Они не содержат диффузных функций сами по себе. Вы скармливали программе неродные базисы? она этого не очень любит (помимо вероятности ошибок при конвертации базисов в формат Природы). В Природе вспомогательные базисы для density-fitting-а не рассчитаны на использование сторонних основных базисов, надо отдавать себе в этом отчет. Может проканать, а может вызвать проблемы.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт сен 22, 2011 7:32 am

sanya1024 писал(а):311++ -- это чему он в Природе соответствует?
Насколько я понял, 311++ для гауссиана использовали, не для Природы. Не понял только, зачем для расчета хим. сдвигов диффузные функции. Поляризационные нужны. Т.е. 311**. Это будет нормальный базис, для углеродов можно и поменьше, для протонов меньше не стоит. В природовских базисах прямого аналога 311** нет, по числу базисных функций/контрактаций это примерно 3z/L2.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Природа

Сообщение sanya1024 » Чт сен 22, 2011 11:59 am

Sorry, запуталась где что :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Nicolass
Сообщения: 20
Зарегистрирован: Ср авг 24, 2011 3:40 am

Re: Природа

Сообщение Nicolass » Пт сен 23, 2011 3:02 am

Здравствуйте. А как в природе установить точность схождения оптимизации геометрии до до знака поле запятой? в Gamess optoll и в этом духе. как дело обстоит в природе?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Природа

Сообщение sanya1024 » Пт сен 23, 2011 5:16 pm

$optimize tolerance=%f,%f $end
Из мануала:
tolerance=%f,%f tolerance on gradient (first value)
and displacement (second value) in au.
default is 0.0001,0.01 ,
if only the first is given, the second is
computed as 100 times as much (recommended default)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: Природа

Сообщение OrganikNV » Вт ноя 01, 2011 12:52 am

Программа не выполняет task=scan. Ранее считала, а в определённый момент перестала считать, когда я задаю task=scan в исходном файле программа оптимизирует геометрию. Подскажите в чём может быть проблема?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт ноя 01, 2011 12:58 am

Пора бы уже ввести правила к разделу "квантовая химия".

Проект:
1. По всем конкретным вопросам приводите входной и выходной файл. (иначе всё будет сведено к пустому разговору и разгадыванию ребусов)

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: Природа

Сообщение OrganikNV » Вт ноя 01, 2011 1:13 am

Привожу входной файл и добавлю, что на другом компьютере считает, а на моём нет. Даже то, что самое простое ранее посчитано теперь не считает.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт ноя 01, 2011 7:44 am

Если Вы редактируете in-файлы Природы вордом, то запустить их потом нет шансов. Дело в том, что Природе, даже под виндой, нужны инпут-файлы с юниксовыми концами строк (не "\r\n", а "\n"). Как этого добиться, читайте здесь.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Природа

Сообщение Yurii » Вт ноя 01, 2011 10:52 am

Советую пользоваться TextPad-ом.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: Природа

Сообщение OrganikNV » Вт ноя 01, 2011 11:58 am

Я сбросила в ворде, потому что файл TextPad не сбрасывался на сайт. Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт ноя 01, 2011 1:08 pm

OrganikNV писал(а):Я сбросила в ворде, потому что файл TextPad не сбрасывался на сайт. Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.
Добавьте к расширению ".in" ещё ".txt", чтобы было "file.in.txt", форум примет.
И ещё добавьте нерабочий "file.out.txt", чтобы посмотреть, что не так сканирует.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт ноя 01, 2011 3:16 pm

OrganikNV писал(а):Я понимаю, что вордовские документы Природа не воспринимает.
Понятно, что Вы не пытались подсунуть Природе бинарный вордовский файл :) Но из ворда же можно сохранить в виде текстового файла. И все равно, если в нем потом не поменять концы строк, то Природа и такой файл не примет (такая вот фича). Есть редакторы (тот же TextPad), которые умеют сохранять в юниксовыми концами строк, но им об этом нужно специально сказать, по умолчанию будет с досовскими концами строк.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: Природа

Сообщение OrganikNV » Чт ноя 24, 2011 9:49 am

Здравствуйте! Подскажите,пожалуйста по какой причине программа не находит оптимальной геометрии.Викладываю входной и выходной файлы.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт ноя 24, 2011 11:10 am

Может, дело в том, что у Вас совсем старая Природа? И базис какой-то странный. 6-я версия Природы c близкими по размеру к Вашему базисами L2, L22m и L22 оптимизирует исходную геометрию за 6-7 шагов.

OrganikNV
Сообщения: 257
Зарегистрирован: Вт дек 07, 2010 6:27 pm

Re: Природа

Сообщение OrganikNV » Чт ноя 24, 2011 10:31 pm

Подскажите, пожалуйста, а где её можно достать?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя