В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

[Vadim]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Прошу Вашего совета, значит имеется органическая реакция которая в зависимости от реагентов (1-й один и тот же а второй различается лишь тем что изменяется заместитель) идёт различными путями. Так вот сам вопрос в какой программе лучше выполнить расчёты переходных состояний (энергии ПС, энергии активации, барьеры вращения вокруг связи и т.д.)?

Заранее Вам очень признателен!

[EvgeniX]

В той, в какой умеете =)

[Vadim]

Спасибо, очень конструктивный ответ

[EvgeniX]

А более конструктивного ответа быть не может.
Программы - это лишь инструменты, в которых реализованы разные методы. Есть бесплатные, есть платные программы, есть универсальные и медленные, есть узкоспециальные и быстрые, есть для суперкомпьютеров, есть для персональных ЭВМ. В зависимости от задачи могут понадобится совершенно разные методы, одни из которых проще (например, DFT), другие очень сложны в освоении. Не зная вашей задачи, вашей квалификации и т.п. помочь нельзя.

От себя могу предложить использовать какую-либо из следующих программ: ПРИРОДА, ORCA, Gaussian (платная), FireFly (медленная).
Настоятельно нерекомендую HyperChem (платная, медленная).

расчёты переходных состояний (энергии ПС, энергии активации, барьеры вращения вокруг связи и т.д.)

Это любой квантовохимический пакет программ может.

[kbob]

Где можно скачать программу ПРИРОДА?
http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda ... 0%B8%D1%85

По ссылке пустая папка.
http://www.physto.se/~laikov/

[sanya1024]

Просите у автора лично. Где-то в недрах форума есть его мейл

[kbob]

Просите у автора лично. Где-то в недрах форума есть его мейл

Такие программы у меня доверия не вызывают.

Попробую ORCA 2.9.0
http://www.mpibac.mpg.de/bac/logins/nee ... _neese.php
весит правда 1.2Gb

[o-oxhem]

Почему Вы так сразу. Алгоритмы опубликованы и признаны, например, тем же Frank Neese, базисные наборы опубликованы. Исходные коды доступны. библиография применения программы PRIRODA вполне существенна и включает в том числе статьи в междунарожных изданиях. А проблемы при применении любой программы бывают.

[amge]

Исходные коды доступны.

Ух ты! Не знал. Сильно хотелось бы их заиметь. Не подскажете, как?

[o-oxhem]

Собственно, автор их сам для версии 9 рассылает по просьбе. Это для параллельного исполнения. А для одного процессора то было приложено к одной из статей. Более старая версия кода лежит (точно, лежала) в обменнике CCL.

[amge]

Понятно. Я, помнится, просил коды, безуспешно, но это было давно, когда 4-я версия еще была. Большое спасибо за ценную информацию.

[EvgeniX]

Собственно, автор их сам для версии 9 рассылает по просьбе. Это для параллельного исполнения. А для одного процессора то было приложено к одной из статей. Более старая версия кода лежит (точно, лежала) в обменнике CCL.

Вроде он раньше рассылал скомпилированные файлы, но не слинкованные с библиотеками MPI. Т.е. это были не исходники, а уже код.

[o-oxhem]

Тогда поправка: очень старая версия кода лежит в CCL. Все новое, действительно, только нелинкованное.

Код: Выделить всё

 Lebedev, V.I. Zh. Vychisl. Mat. Fiz., 1975, 15, 48 (b) Lebedev, Zh. Vychisl. Mat. Fiz., 1976, 16, 293 © Lebedev; V.I.; Laikov, D.N. Doklady Mathematics, 1999, 59, 477 (d) Lebedev, V.I.; Skorokhodov, A.L. Sov. Phys.-­?Dokl., 1992, 45, 587 (e) Eden, M.; Levitt, M.H. J. Mag. Res., 1998, 132, 220 (f) Stroud, A.H. Approximate Calculation of Multiple Integrals, Prentice-­?Hall, Englewood Cliffs, 1971 (g) http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES/FORTRAN/Lebedev-­?Laikov-­?Grids/. These routines are based on C code provided by Dmitri Laikov (laikov@chem.msu.ru). Christoph van Wullen (Christoph.van.Wuellen@Ruhr-­?Uni-­?Bochum.de) has made the effort to obtain the code and convert it to Fortran77, and he obtained Dmitri's kind permission to make the routines publically available. 

http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES ... ndex.shtml

Скоро акты SOPA и PIPA будут. Так что имеет смысл заранее.

[kbob]

Скоро акты SOPA и PIPA будут. Так что имеет смысл заранее.

Причем тут SOPA. Я лично соблюдаю лицензионные соглашения.

[amge]

kbob, если хотите попробовать Природу, это можно сделать, не нарушая никаких лицензий и не вступая в переписку с автором.
По ссылке вложение 22767_ftp.pdf - это tgz-архив. Он же - SI к статье Лайкова в J. Chem. Phys.. В этом архиве бинарник data/bin/p1 - полнофункциональная Природа11 для linux x86-64 с единственным, но весьма существенным ограничением - не параллельная. В архиве нет базисов, пригодных для обычных расчетов. Их можно скачать здесь.

Главное, за что любят Природу - ее скорость при использовании pure DFT-функционалов. Она существенно быстрее, чем даже Orca. Насчет Вашего недоверия - уважаемый o-oxhem прав - Природа многократно многими людьми проверена.

[kbob]

kbob, если хотите попробовать Природу, это можно сделать, не нарушая никаких лицензий и не вступая в переписку с автором.
По ссылке вложение 22767_ftp.pdf - это tgz-архив. Он же - SI к статье Лайкова в J. Chem. Phys.. В этом архиве бинарник data/bin/p1 - полнофункциональная Природа11 для linux x86-64 с единственным, но весьма существенным ограничением - не параллельная. В архиве нет базисов, пригодных для обычных расчетов. Их можно скачать здесь.

Главное, за что любят Природу - ее скорость при использовании pure DFT-функционалов. Она существенно быстрее, чем даже Orca. Насчет Вашего недоверия - уважаемый o-oxhem прав - Природа многократно многими людьми проверена.

Спасибо. Заработало. Действительно загружено всего одно ядро процессора i7 (абыдна да).

Разговор видимо нужно продолжать в теме?
viewtopic.php?f=71&t=80217

Опроса на тему, "какую программу квантово-механических расчетов я предпочитаю" у вас на форуме случайно не было?

[amge]

Спасибо. Заработало. Действительно загружено всего одно ядро процессора i7 (абыдна да).

Конечно, обидно, если задача тяжелая. Но если много не очень тяжелых - просто запускайте 4 штуки одновременно, это даже эффективнее будет, чем подряд на 4-х ядрах каждая. На чистом DFT у Природы (как и у других DFT-программ) запросы по диску и памяти очень умеренные, так что тормозов не будет.

Разговор видимо нужно продолжать в теме? viewtopic.php?f=71&t=80217

Если о Природе, то логичнее здесь.

Опроса на тему, "какую программу квантово-механических расчетов я предпочитаю" у вас на форуме случайно не было?

Подобные темы регулярно появляются, но не помню, чтобы в них было что-то шибко полезное.