Компьютеры для квантовохимических расчетов

[asp]

Предлагаю обсудить железо для расчетов.
Вопрос по Bulldozer от AMD с его "хитрыми" 8 ядрами (у него 2 ядра с командами х86 на один блок MMX и др. расширения). Как параллелятся задачи? Ускорение такое же как на полноценных ядрах? В частности интересует Priroda.

[Alex Granovsky]

Я тестирую эти процессоры вот уже месяц. Хотя про Природу ничего сказать не могу, могу уже достаточно уверенно сказать про Firefly и про общие ощущения. Микроархитектура и сами процессоры - крайне неудачные. Никому не советую покупать и использовать системы на базе Бульдозеров. Да и кодовое название какое неэстетичное, чего от таких ожидать В силу разных причин, я пока не проводил полностью систематического исследования на наших стандартных наборах тестов, поэтому на сайте ff, наверное, детальная информация появится несколько позже. Но есть большой соблазн просто там написать, что Firefly не поддерживает эти процессоры.

[asp]

Спасибо за ответ, а то уже собрался на нём комп собирать.

[jeck19862]

Распаралеливание процессов зависит от проги. На счет Природы не в курсах. Gamess автоматически паралелится, гауссина при повощи параметра "Shared processors" ....остальные не паралелятся, насколько я заню. Работаю На Dual CORE E5400

[kbob]

Предлагаю обсудить железо для расчетов.
Вопрос по Bulldozer от AMD с его "хитрыми" 8 ядрами (у него 2 ядра с командами х86 на один блок MMX и др. расширения). Как параллелятся задачи? Ускорение такое же как на полноценных ядрах? В частности интересует Priroda.

Все будет зависеть от компилятора.
http://opennet.ru/opennews/art.shtml?num=32245

Ресурс Phoronix провёл тестирование производительности кода, сгенерированного компиляторами GCC 4.6.2, LLVM/Clang 3.0-RC1 и AMD Open64 4.2.5.2 на платформах Intel Sandy Bridge и AMD Shanghai. Отдельно представлены результаты тестирования на платформе AMD Bulldozer.
Компилятор AMD Open64 продемонстрировал отличную производительность на платформах компании AMD, почти в два раза обогнав конкурентов в тесте C-Ray....

[VIPer]

а про nvidia cuda для dft методов пока ничего не слышно? в фф вроде как было для mp4..

[kbob]

а про nvidia cuda для dft методов пока ничего не слышно? в фф вроде как было для mp4..

Что-то тестировали.
http://www.nvidia.ru/object/computation ... ry_ru.html

Но судя по названиям "Бакиболл", "Холестерол" это были не специалисты в химии.

[Kuzmin]

Уважаемые форумчане!
Считаю катализаторы на основе переходных металлов в основном DFT, MP2(3,4) в PC GAMESS, GAMESS-US, редко в Gaussian 09W из-под Windows 7 x64 и OpenSuse 12.1.
Хочу собрать расчетную машину, помогите выбрать процессор.
1. AMD Phenom II X6 1100T 3.3 GHz
2. AMD FX-6100 3.3GHz
3. AMD FX-8150 3.6GHz
4. Intel Core i7-2600K 3.4GHz
5. Intel Core i7-3930K 3.2 ГГц
Предполагается СЖО и небольшой разгон ~20%.
По поводу №3 все понятно из данной ветки форума (неудачный вариант). Что скажете по поводу остальных? Вариант: двухпроцессорный сервер на Socket LGA 1366 рассматривал, но выходит дороговато.
Что посоветуете? Может есть альтернативные варианты.

Буду благодарен за ответы!

[Yu/2]

При ограниченном бюджете лучше i7-2600K и побольше быстрой памяти.

[Kuzmin]

При ограниченном бюджете лучше i7-2600K и побольше быстрой памяти.

Спасибо. А что скажете по-поводу модели постарше i7 3930K?

[Yu/2]

Спасибо. А что скажете по-поводу модели постарше i7 3930K?

Можно купить, но не в ущерб памяти и материнской плате, и если нужные методы в используемом софте хорошо параллелятся.

[Kuzmin]

По поводу памяти есть комплект DDR3 Corsair XMS3 4*2Gb с частотой 1600 МГц стоит в связке с i5 750... Склоняюсь к покупке все-же камня i7 3930K для него скорее всего возьму комплект DDR3 4096MBx4 PC12800 1600MHz Corsair Vengeance LP 9-9-9-24 и мать ASUS LGA2011 P9X79 PRO X79 8xDDR3-2400 (4xPCI-E3,0(16+16+8+8) 8ch BT 4xSATA 4xSATA3 RAID 6xUSB3 eSATA ATX). Остальные запчасти в принципе имеются: 2шт. SSD по 90Гб, 2шт. SATA2 по 1 Тб и киловаттник.

Я так понимаю что довольно проблематично параллелится можно и на меньшем числе ядер запустить, ну или две задачи одновременно решать?
Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?

[kbob]

А зачем вам 2 штуки SSD?

[starless]

Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?

Оптимально в качестве бенчмарков использовать задачи, максимально приближенные к тем, которые вы собираетесь решать.

[VIPer]

зачем память корсар? возьмите хайникс или самсунг, они и стоят дешевле, и гонятся очень даже. на тех же корсаровских частотах спокойно будут работать. корсар - это только доплата за брэнд, а зачастую ещё гемор с матерями.. сам сталкивался, во времена ddr-2

[Alex Granovsky]

Что касается более-менее репрезентативных бенчмарков Firefly, то они есть у нас на сайте в разделе "Performance". Кончается там все на i7-2600K, но с тех пор ничего качественно лучшего не появлялось, за исключением наращивания числа ядер. Для полноты картины не хватает результатов для Бульдозера. Каюсь, немного подзапустил это дело, но довольно скоро все же надеюсь их тоже опубликовать. В целом, на AMD FX 8120 с формальной частотой 3.1 GHz результаты на всех восьми ядрах совсем немного получше, чем для старенького уже Phenom II X4 955 3.2 GHz

Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?

Оптимально в качестве бенчмарков использовать задачи, максимально приближенные к тем, которые вы собираетесь решать.

[Kuzmin]

А зачем вам 2 штуки SSD?

Удобно в RAID0 считать MP2, например, на 4-х ядрах.

[Kuzmin]

зачем память корсар? возьмите хайникс или самсунг, они и стоят дешевле, и гонятся очень даже. на тех же корсаровских частотах спокойно будут работать. корсар - это только доплата за брэнд, а зачастую ещё гемор с матерями.. сам сталкивался, во времена ddr-2

Вы, конечно, правы. У хиникса и самсунга пока не встречал такие комплекты памяти, у кингстона есть, и цена совсем на немного отличается... В любом случае учту Ваши замечания!

[VIPer]

да там и комплекты не нужны, просто берите сколько нужно штук планок по 4 гб и всё одна планка будет порядка 700-800 р где-то. 8 гигов - почти 1,5 тыщи, 16 - 3 тыщи. не помню, когда так память дёшево стоила) я брал корсар 2 по 2 китом за 5 с чем-то.. DDR-2.. потом еле продал.

[Reginmaister]

Доброго времени суток! Собираем комп для расчетов (молекулярная квантовая химия, задачи, в основном, DFT оптимизация) и есть сомнение в том, стоит ли переплачивать за DDR5 вместо DDR4 и более высокую тактовую частоту (4,5 ГГц против 3,4 ГГц) при условии, что ядер будет меньше, 12 вместо 16. Конкретные сравниваемые процы AMD Ryzen 9 7950X и AMD Ryzen 9 5950X. Если у кого-то есть опыт или мысли по этому поводу, пожалуйста, поделитесь