Молекулярный переходник
Молекулярный переходник
Пытаюсь придумать молекулу которая бы обладала следующими характеристиками:
1) на одном конце одинарная связь, на другом двойная, связи соосны.
2) жесткая геометрия (для поддержания соосности) и относительная устойчивость (то есть чтобы вид молекулы не вызывал сердечного приступа ибо такого не может быть впринципе) ну и симметрия (иначе соосности не будет)
Пока придумал вот такое чудо: Рассчет его пока не проводился. Синтезнутых аналогов ненайдено.
Что могут сказать уважаемые коллеги? Интересно как по теме так и не по теме тоже.
На данный момент это just for fun, теоретически может оказаться полезным в каких-либо вращающихся нанохренях.
1) на одном конце одинарная связь, на другом двойная, связи соосны.
2) жесткая геометрия (для поддержания соосности) и относительная устойчивость (то есть чтобы вид молекулы не вызывал сердечного приступа ибо такого не может быть впринципе) ну и симметрия (иначе соосности не будет)
Пока придумал вот такое чудо: Рассчет его пока не проводился. Синтезнутых аналогов ненайдено.
Что могут сказать уважаемые коллеги? Интересно как по теме так и не по теме тоже.
На данный момент это just for fun, теоретически может оказаться полезным в каких-либо вращающихся нанохренях.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Молекулярный переходник
Любопытная молекула. Но расчет проведите все же. А то у меня большие сомнения, что будет соосность и что эта молекула будет приемлимо ненапряженной.
Re: Молекулярный переходник
если вам нетрудно дайте XYZ or z-matrix!?!
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Молекулярный переходник
Ха. Меня всегда интересовали идеи, когда надо по заранее заданным свойствам сконструировать молекулу с любым химическим составом, но чтобы подходила под условие...
Вопросы к рисунку:
Это всё углероды? С бензольным кольцом связана одинарная связь, а с бициклом - двойная?
И по сколько водородов у каждого атома на полициклическом фрагменте (а то сходу непонятно, где там двойные связи, а где - одинарные)?
UPD: Понял. Там, видимо, все связи одинарные, жёсткость обеспечивается полициклическим каркасом.
Вопросы к рисунку:
Это всё углероды? С бензольным кольцом связана одинарная связь, а с бициклом - двойная?
UPD: Понял. Там, видимо, все связи одинарные, жёсткость обеспечивается полициклическим каркасом.
А можно хотя бы одной фразой для несведующих - как этому (хотя бы в самых общих чертах) предполагается работать? Потому что, например, непонятно, до каких пор эта одинарная связь может быть (по условию) сопряжённой с п-системой, а с каких пор это уже нежелательно...Гесс писал(а):Теоретически может оказаться полезным в каких-либо вращающихся нанохренях.
...Reveal your face to me, guide me through the Stygian fields,
Enthral my soul to Sepedet's beams to serve your will!
(Nightwish - "The Pharaoh Sails To Orion")
Enthral my soul to Sepedet's beams to serve your will!
(Nightwish - "The Pharaoh Sails To Orion")
Re: Молекулярный переходник
А что? Вполне уважаемая забава. Давайте посчитаем, у кого прямее. Мой кандидат:
Такого как-то не хватает в учебных курсах. Буквально, спросишь студента "приведите молекулу симметрии C4v" - а в ответ вот такие глаза
Re: Молекулярный переходник
все прочел, всем спасибо за отзывы.
позже отвечу подробнее, пока так:
amge - рассчет будет, отпишусь.
surius - xyz координаты неоптимизнутого (после кемофиса-3Д) могу дать хоть счас, оптимизнутые - будя рассчет будут координаты.
Reizen - да все углероды, двойная одна. торчащая вверх из норборнана. Как это может использоваться - ну например есть приколы типа nanorachets и nanogyroscopes (есои интересно кину десяток ссылок), в которых некий "ротор" через С-С или С-С(тройная)С-С "ось" коннектится к массивному статору (замещенные триптицилы и пр). Применения у этого пока толком нет, но свет горит, конторы пишут. Разумеется вращение может быть только вокруг одинарной связи что несколько ограничивает применение множества потенциальных роторов. Я не претендую чтобы именно это стало его применением, но как вариант?
ИСН - хм, прикольный, и размер наверное минимальный. А такой цвиттер-ион сам себя не схлопнет? я посчитаю доложусь. А насчет С4v, в первый момент сам задумался потом как вариант тетраметилкубан, все метилы на одной грани.
позже отвечу подробнее, пока так:
amge - рассчет будет, отпишусь.
surius - xyz координаты неоптимизнутого (после кемофиса-3Д) могу дать хоть счас, оптимизнутые - будя рассчет будут координаты.
Reizen - да все углероды, двойная одна. торчащая вверх из норборнана. Как это может использоваться - ну например есть приколы типа nanorachets и nanogyroscopes (есои интересно кину десяток ссылок), в которых некий "ротор" через С-С или С-С(тройная)С-С "ось" коннектится к массивному статору (замещенные триптицилы и пр). Применения у этого пока толком нет, но свет горит, конторы пишут. Разумеется вращение может быть только вокруг одинарной связи что несколько ограничивает применение множества потенциальных роторов. Я не претендую чтобы именно это стало его применением, но как вариант?
ИСН - хм, прикольный, и размер наверное минимальный. А такой цвиттер-ион сам себя не схлопнет? я посчитаю доложусь. А насчет С4v, в первый момент сам задумался потом как вариант тетраметилкубан, все метилы на одной грани.
Re: Молекулярный переходник
ПМСМ, для такого каркасика лучше плясать не от норборнана, а от биспидина или бициклононана
Re: Молекулярный переходник
О бициклононане я думал, но боюсь что он свои уши/ноги так не раздвинет, чтобы вместить мета-бензол. Кстати с ортобензолом такое есть. (получается такой себе аналог гомоадамантана). Ну впринципе посчитать можно, но как сравнить их напряжение и устойчивость я пока непонимаю. Я в компьютерной химии "тут понимаю, тут непонимаю, тут рыбу заворачивали".
Re: Молекулярный переходник
Вам достаточно придумать, как стабилизировать конформацию "ванна-ванна", не факт, что она хуже, чем "кресло-кресло". Литературы по конформационному анализу бициклононана и его гетероаналогов полно, поройтесь, может, найдёте чё.
Re: Молекулярный переходник
В смысле наизнанку его вывернуть? так его однометиленовый мост упрется в любой заместитель между "уше/ногами". Ладно, нарисую а там вскрытие покажет.
Re: Молекулярный переходник
Я не знаю, что значит "наизнанку". Глобальный минимум у него в конформации "кресло-ванна", но альтернативные можно стабилизировать как раз мостиками.
Re: Молекулярный переходник
Советую сразу заменить СН ароматического кольца, который Н-ом торчит внутрь норборнана, на азот, иначе, мне кажется, соосности не получится.Гесс писал(а):amge - рассчет будет, отпишусь.
Re: Молекулярный переходник
глобальный минимум у него кресло-кресло, как рассчетный так и экспериментальный. стабилизировать его в ванна-ванна наверняка можно мостом между двумя триметиленовыми ногами, но если мост жесткий он будет мешать монометиленовой голове, а если лабильный то нафиг-нафиг. Ладно, это пока переливание из пустого в порожнее.
Взять вместо бензола пиридин можно, идея хорошая, прогоню оба варианта.
Взять вместо бензола пиридин можно, идея хорошая, прогоню оба варианта.
Re: Молекулярный переходник
Whatever you wish. Can you upload file.mol(.cdx)? Any type of file...Гесс писал(а): surius - xyz координаты неоптимизнутого (после кемофиса-3Д) могу дать хоть счас, оптимизнутые - будя рассчет будут координаты.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Молекулярный переходник
Вот выровнянные кемофисом. Гауусианы счас буду запускать.
UPD. какие то хреновые молы получились, гифы гауссиана неприкладываются. счас чето переделаю.
UPD. какие то хреновые молы получились, гифы гауссиана неприкладываются. счас чето переделаю.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Молекулярный переходник
Переименовал гаусинпуты в txt, теперь прилагается.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Молекулярный переходник
интереса ради поставил все 3 на opt, nosymmГесс писал(а):Переименовал гаусинпуты в txt, теперь прилагается.
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Молекулярный переходник
Первый результат: на #P RB3LYP/6-311+G* Opt Freq=NoRaman Pop=None молекула ИСН не выпластилась:
Что скажут коллеги по выбору метод-базиса?
Возможно карбонилы вместо метиленовых групп спасут положение, но пока жду результатов от 2 других молекул с тем же методом и базисом. Что скажут коллеги по выбору метод-базиса?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Молекулярный переходник
Oh shit.
(Это я по поводу молекулы. Про базис ничего не скажу.)
(Это я по поводу молекулы. Про базис ничего не скажу.)
Re: Молекулярный переходник
Досчиталась оптимизация (пока без частот) молекулы amge. Point group C01, но выглядит очень даже C2v, без учета водородов. Сейчас пытаюсь разобраться как из нее Strain Energy вытянуть. Просветите несведующего , это правильно через гомодейсмику делать?
Upd: Люди добрые, такая гомодейсмика для рассчета Strain Energy пойдет? А то я то в зуб ногой то медведем по уху...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей