Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

[limarodessa]

Люди ! Если проводится квантовохимический расчет, например, молекулы белка, по данным загрузки в "Гауссиан" файла PDB, - как узнать ориентировочное время завершения расчета ? То есть - есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ? А то иди знай - это сутки будет считаться или (на моем нетбуке) - несколько лет за которые я состарюсь ?

В связи с изложенным второй вопрос

Вот белки (в PDB файлах) http://en.wikipedia.org/wiki/Histone

ну, для конкретики, например, вот такой http://www.rcsb.org/pdb/results/results ... ow=Current

каждый из указанных в приведенной мною из "википедии" таблицы это - несколько тысяч атомов. Как сориентироваться с мощностью компьютера или кластера чтобы время было приемлемым ?

[ИСН]

Квантовохимический? Несколько тысяч?

[limarodessa]

Квантовохимический? Несколько тысяч?

Невозможно ? Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены... Гауссиан файлы в формате PDB воспринимает. Запуск расчета, если я ничего не путаю, принципиально ничем не препятствуется...

[amge]

Невозможно ?

Практически да. Расчет всего лишь 100-атомной молекулы на минимально приемлимом уровне теории с использованием самых быстрых программ (а гауссиан не в их числе) занимает часы-сутки. С утяжелением молекулы время счета и другие ресурсы растут отнюдь не линейно.

Для белков используют молекулярную механику. Для взаимодействия белков с малыми молекулами - MM+QM, т.е. саму малую молекулу и ближнюю к ней часть белка считают квантовохимически, остаток белка - молекулярной механикой.

Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены...

Это удачно. Хорошее начальное приближение для расчета много значит.

Гауссиан файлы в формате PDB воспринимает.

Ну это в качестве довода просто смешно. Существует масса конверторов, перевести любой химический формат в любой другой вообще не проблема.

Запуск расчета, если я ничего не путаю, принципиально ничем не препятствуется...

Это хорошо, но очень скоро расчет белка приличной квантовой химией (не полуэмпирикой) упрется в не недостаток памяти и/или места на диске.

[starless]

Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены...

Экспериментально? ну-ну

[ИСН]

ой, ну ладно тебе придираться. ясно, что понятие "видеть атомы" в белковой кристаллографии и в обычной имеет несколько разный смысл. Но здесь проблема в другом.

[starless]

Я к тому, что любая белковая структура в своём изначальном виде для квантов непригодна.

[limarodessa]

Я к тому, что любая белковая структура в своём изначальном виде для квантов непригодна.

Смею предположить что "белковая структура в своём изначальном виде" может быть "непригодна для квантов" исключительно в силу несовершенства софта или аппаратуры... Не сочтите за разглагольствования, но если природное явление невозможно просчитать на имеющейся технике, то - это проблема исключительно техники, но никак не Природы... Впрочем здесь обсуждаются куда более прагматичные вещи вовсе не "философского" порядка...

[starless]

В силу ненадёжности структурных данных. Вы бы изучили этот вопрос поподробнее прежде чем ставить невыполнимые задачи.

[limarodessa]

В силу ненадёжности структурных данных. Вы бы изучили этот вопрос поподробнее прежде чем ставить невыполнимые задачи.

С вниманием прислушаюсь к Вашему мнению. И приложу все усилия для того чтобы изучить данный вопрос. Он для меня крайне важен. Если можно, конкретизируйте, пожалуйста, какой смысл Вы вкладываете в "ненадежность структурных данных".

[starless]

Сначала читайте, потом считайте

[limarodessa]

Сначала читайте, потом считайте

Хорошая статья. Спасибо. Но автор достаточно осторожен в своих оценках (и как по мне - совершенно оправданно). Большинство оценок в данной статье дается вот, например, в таком вот характерном ключе:

...X-ray crystal structure is one crystallographer’s subjective interpretation
of an experimental electron density map expressed in terms of an
atomic model [9,10]. Such an interpretation may contain errors...

Очевидно что 'may contain errors' это не 'contain errors'. Думаю что одной статьи все же недостаточно для того чтобы бесповоротно дискредитировать в глазах научного сообщества метод рентгеноструктурного анализа. Есть ли еще авторитетные статьи где бы было четко указано что координаты и углы приведенные в общеизвестных базах по структурам молекул приведены с невысокой степенью точности и не подпадают под категорию данных пригодных для использования в квантовохимических расчетах ?

И в той же статье на которую любезно дал ссылку ув. starless:

Fortunately, cases where (almost) the entire protein structure is
modelled incorrectly are very rare.

[limarodessa]

Ну а то что проблемы с достоверностью существуют - так это не только кристаллографии беда:

http://science.compulenta.ru/670419/

http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 3531a.html
http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 3509a.html

Как говорится в анекдоте - "почему вы начали с нашей парикмахерской ?"

[sanya1024]

Смею предположить что "белковая структура в своём изначальном виде" может быть "непригодна для квантов" исключительно в силу несовершенства софта или аппаратуры... Не сочтите за разглагольствования, но если природное явление невозможно просчитать на имеющейся технике, то - это проблема исключительно техники, но никак не Природы...

Вообще-то это проблема постановки задачи. Если задача поставлена "в лоб", то бедная машинка будет дубасить ее, пока не запилит свой винт вусмерть. Нужно примерно представлять себе границу, за к-рой задача считается "невлезающей" на данную машину -- и не ставить таких задач.
Про QM/MM Вам дело говорят. Копните литературу: что за метод, с чем едят. Для белков ничего лучше еще не придумали.

[Yurii]

Расчет всего лишь 100-атомной молекулы на минимально приемлимом уровне теории с использованием самых быстрых программ (а гауссиан не в их числе) занимает часы-сутки.

Высокосимметричные системы (IH), содержащие до 1000 тяжелых атомов, gaussian позволяет считать в довольно приличном базисе (скажем, 6-311g**) на одном хорошем компе (6 ядер, 24 гига памяти, RAID-массив) за приемлемое время. Разумеется, без спектра.

[limarodessa]

Уважаемые участники обсуждения, вы позволите мне вернуться к самому первому вопросу (который собственно озвучен в названии темы) ? - То есть - существует ли в "Гауссиане" возможность определения ориентировочного времени окончания расчета ? - Есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ?

[Yurii]

Уважаемые участники обсуждения, вы позволите мне вернуться к самому первому вопросу (который собственно озвучен в названии темы) ? - То есть - существует ли в "Гауссиане" возможность определения ориентировочного времени окончания расчета ? - Есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ?

Это кто вас надоумил на такую постановку вопроса?

[limarodessa]

Это кто вас надоумил на такую постановку вопроса?

Никто не надоумил... подобного рода сервис существует во многих программных продуктах. Поскольку у меня расчет молекул, содержащих большое количество атомов, то соответственно время расчета достаточно велико и необходимо ориентировочно знать сколько суток будет работать программа.

[amge]

Нет "линейки прогресса". Если проводите оптимизацию геометрии, то дождитесь, пока закончится 1 цикл оптимизации и умножьте время на 20. Чтобы понять, когда цикл закончился, нужно пристально рассматривать log-файл. И конечно же "умножить на 20" - это сугубая условность. При очень хорошем начальном приближении достаточно нескольких шагов оптимизации, при плохом - и сотни может не хватить. В log-файле ищите кусок типа

Код: Выделить всё

         Item               Value     Threshold  Converged?
 Maximum Force            0.040107     0.000015     NO 
 RMS     Force            0.011405     0.000010     NO 
 Maximum Displacement     0.094048     0.000060     NO 
 RMS     Displacement     0.036263     0.000040     NO 

и следите как ведут себя критерии сходимости.

[limarodessa]

Спасибо