Проблемы с заморозкой координат
-
viktor_1984
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm
Проблемы с заморозкой координат
Уважаемые коллеги! При оптимизации геометрии в firefly не получается заморозить координаты. По-видимому, это связано с тем, что я не задаю массив IZMAT в группе $ZMAT. А задать массив IZMAT не могу потому, что для системы, которую считаю, число внутренних координат 48. Если задать это число в переменной NZVAR в группе $contrl, расчет прерывается с ошибкой. Я экспериментировал с количеством внутренних координат - когда их было меньше 20, расчет выполнялся, и координаты замораживались. Подскажите пожалуйста, что можно сделать.
Re: Проблемы с заморозкой координат
Насколько я помню, это не лечится. Нам для заморозки большого кол-ва координат пришлось перейти на Орку.
Впрочем, я сталкивалась с этим в версии 7.1.G, возможно, в 8-й уже пофиксили. Попробуйте спросить на форуме FireFly.
Впрочем, я сталкивалась с этим в версии 7.1.G, возможно, в 8-й уже пофиксили. Попробуйте спросить на форуме FireFly.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
-
viktor_1984
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm
Re: Проблемы с заморозкой координат
Пока еще не уверен, но проблема похоже решилась. Похоже на то, что я просто где-то допустил синтаксическую ошибку при создании входного файла
. По крайней мере, сегодня я перепроверил файл, что-то поменял (не помню что), и сейчас у меня считается задача с NZVAR=51.
Re: Проблемы с заморозкой координат
а покажите, плз, инпут. Мне самой интересно. Насколько я помню, если заморожено много координат, то оптимизация работает только в декартовых, а это медленно и неэффективно.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
-
viktor_1984
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm
Re: Проблемы с заморозкой координат
Инпут
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
viktor_1984
- Сообщения: 7
- Зарегистрирован: Пн апр 23, 2012 9:21 pm
Re: Проблемы с заморозкой координат
Заморожено то не много координат. Заморожена одна, а почему не считалось - не знаю. Не получалось задать значение IZMAT=48, поменял сначала на 24 - не получилось, потом на 20 - получилось. А сегодня поменял обратно на 48 -все получилось. Видимо в этой строке и была ошибка, только какая - я не заметил.
Re: Проблемы с заморозкой координат
В GAMESS 10 замораживал более 100 координат - все работало.sanya1024 писал(а):Насколько я помню, это не лечится. Нам для заморозки большого кол-ва координат пришлось перейти на Орку.
Впрочем, я сталкивалась с этим в версии 7.1.G, возможно, в 8-й уже пофиксили. Попробуйте спросить на форуме FireFly.
Столкнулся с проблемой при оптимизации возбужденного состояния в MCSCF. Когда вычисляется градиент, делается расчет энергии MCSCF после смещения по каждой координате. Известно, что в расчете MCSCF могут возникать проблемы с электронной сходимостью. Так вот, смещение по некоторым координатам приводит к тому, что сходимости нет - в результате энергия не выдается, и градиент для этого смещения зашкаливает. Я пока лечу это понижением критериев сходимости. Возможно, правильнее было бы заморозить проблемные координаты? Но может существуют еще какие то способы?
Re: Проблемы с заморозкой координат
В Гамессе можно морозить много координат. Проблемы в FireFly.
А Вы действительно делали MCSCF в Гамессе? это же ужас как медленно...
В FireFly можно считать как аналитические градиенты в State-Specific MCSCF, так и численные в State-Averaged варианте. Причем для численных SA-MCSCF градиентов делается "смещение" не по координатам, а по весу целевого состояния, т.е. не 3N смещений на точку, а только 3 (расчет без смещения, смещение вперед и назад). И если есть проблемы с электронной сходимостью, нужно просто увеличить кол-во итераций (maxit в $MCSCF), а до этого -- сделать single-point расчет в стартовой геометрии и стартовать с уже сошедшихся орбиталей.
А Вы действительно делали MCSCF в Гамессе? это же ужас как медленно...
В FireFly можно считать как аналитические градиенты в State-Specific MCSCF, так и численные в State-Averaged варианте. Причем для численных SA-MCSCF градиентов делается "смещение" не по координатам, а по весу целевого состояния, т.е. не 3N смещений на точку, а только 3 (расчет без смещения, смещение вперед и назад). И если есть проблемы с электронной сходимостью, нужно просто увеличить кол-во итераций (maxit в $MCSCF), а до этого -- сделать single-point расчет в стартовой геометрии и стартовать с уже сошедшихся орбиталей.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 26 гостей