BiW6O23CuO5 в Гауссиане

[Брунгильда]

Доброго времени суток.
При расчетах в Гауссиане не получается оптимизировать
геометрию. Цель - провести оптимизацию молекулы BiW6O23CuO5.
Согласно сайту bse.pnl.gov/bse/portal базис выбран корректно -
lanl2dz. В чем же подвох?

[Yu/2]

Выкладывайте выходной файл.

[Брунгильда]

Выкладывайте выходной файл.

Пожалуйста:

[Гесс]

Как то неожиданно. А оно упало изза гауса, а не изза внешних причин? Вы его пробовали рестартовать? Запускать на синглпоинт? С другим базисом?

Дайте еще и инпут

[Yu/2]

(Какие-нибудь другие расчеты именно этим гауссианом уже делали?)

Ага, Гесс уже спросил.

[sanya1024]

На перезаказ памяти похоже. %mem=999MW -- это без малого 8 гигов. Возможно, у Вас нет столько оперативки. Или 32-битная Винда не видит больше 4 Гб, сколько бы там физически ни было.

[Брунгильда]

(Какие-нибудь другие расчеты именно этим гауссианом уже делали?)

Ага, Гесс уже спросил.

Да. Получалось оптимизировать WBiH10. При замене водорода на кислород расчет уже не идет. При расчете W3H14 - тоже шляпа.
Базисы - не прбовала. Методы - hf или, где не проходило, b3lyp.

Об оперативке - молекула W3H14 не шибко-то сложная, странно что на нее нужно столько памяти.

Для Гесса: инпут в первом сообщении, блокнотный (gif запрещен модератором)

[Гесс]

Чтото оччень муторно.
Инпут Брунгильды с первыми строками

$RunGauss
%mem=20Gb
%nproc=40
%chk=Brun.chk
#p hf/lanl2dz opt freq

H6O3

0 2

Прошел у меня на сервере, первым делом уведомив что

...
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link 1 at Wed Oct 2 16:52:12 2013, MaxMem= 2684354560 cpu: 6.8
(Enter /Адрес/exe/l101.exe)
----
H6O3
----
Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 2
W 0.91946 -0.42957 2.67983
W 2.72899 -0.10223 0.85702
...

А вот на ноуте мне не удалось это дело запустить, даже укоротив инпут всего до атомов вольфрама, дав 2 проца и 7 гигов памяти на 64 битной системе.
Но обрывается при этом сказка не так:

Leave Link 1 at Wed Oct 02 16:57:58 2013, MaxMem= 805306368 cpu: 0.0

Хотя счас у меня на ноуте чтото вообще ничего запускаться не хочет!

[Гесс]

Аааа!
Там где то какая то лажа в инпуте которую невидно, возможно нечитаемые и некопируемые виндосовские символы или еще чтото.
Я прочел файл Молекулой, создал из геометрии новый инпут без указания памяти и процов и оно шустренько побежало!

Shade.txt

А не запускалось на ноуте у меня потому что я из своих серверных инпутов постепенно заменил в файле все постоянно рестартуя. И оно не шло.

Кстати, согласно ауту сервера - лечите сразу инпут от

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2832.53698215 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.31D-03 -V/T= 2.1484
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>=12.7066 S= 3.0995
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 2.466555336455D+03 PE=-2.292017358088D+04 EE= 9.429892213120D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 12.7066, after 40.4676
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /Адрес/l502.exe at Wed Oct 2 17:11:48 2013.
Job cpu time: 0 days 13 hours 1 minutes 53.6 seconds.

[Брунгильда]

Аааа!
Там где то какая то лажа в инпуте которую невидно, возможно нечитаемые и некопируемые виндосовские символы или еще чтото.
Я прочел файл Молекулой, создал из геометрии новый инпут без указания памяти и процов и оно шустренько побежало!

Shade.txt

Гугл при поиске "программа молекула" выдает некую шляпу из камеди клаб
Вы имеете в виду программу "виртуальная молекула"?


Кстати, согласно ауту сервера - лечите сразу инпут от

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2832.53698215 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.31D-03 -V/T= 2.1484
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>=12.7066 S= 3.0995
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 2.466555336455D+03 PE=-2.292017358088D+04 EE= 9.429892213120D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 12.7066, after 40.4676
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /Адрес/l502.exe at Wed Oct 2 17:11:48 2013.
Job cpu time: 0 days 13 hours 1 minutes 53.6 seconds.

О Гесс, как это сделать - вылечить?

[Гесс]

http://docs.notur.no/application-suppor ... lculations
Вот здесь есть набор рекомендаций к типичным проблемам. Они невсегда помогают но имхо с них стоит начинать.
На ваш случай рекомендовано либо увеличивать число циклов SCF=(MaxCycle=N), либо переходить на SCF=qc или его мягкую версию SCF=xqc.
Дабы не выжидать еще 13 машиночасов я бы предложил совместить, типа SCF=(xqc,MaxCycle=500), мне обычно помогает.
Ну и чисто на всякий случай - я не знаю физики и математики которая за этим стоит, просто эти кнопки обычно помогают "сделать хорошо".

У вас моя версия инпута запускается?

[Гесс]

освойте цитирование на форуме, ваш коментарий к оказался в центре цитаты и я его незаметил.
Молекула это довольно непопулярная программа, все что умеет делать она умеет делать большинство визуализаторов.
Вот я ее выкладывал тут. viewtopic.php?f=71&t=94768

[Брунгильда]

освойте цитирование на форуме, ваш коментарий к оказался в центре цитаты и я его незаметил.

Ок.

У вас моя версия инпута запускается?

Увы, нет. Гауссиан даже не собирается запускаться - подвисает после указания пути сохранения выходного файла (в пути только латиница). Перезагрузка не помогла

[Гесс]

Ничего не понимаю. У меня ранится...
Вы в нем чтото меняли/дополняли?

Сколько у вас процов на машине? Если 2 - дайте ему %nproc=1, память не указывайте.

[Брунгильда]

Ничего не понимаю. У меня ранится...
Вы в нем чтото меняли/дополняли?

Сколько у вас процов на машине? Если 2 - дайте ему %nproc=1, память не указывайте.

Поскакал Утро вечера мудренее

[Брунгильда]

Спасибо всем, принявшим участие в обсуждении.

Гессу - отдельная благодарность

[Брунгильда]

К этой же теме: непонятно,что значат подобные цифры:

Прошел у меня на сервере, первым делом уведомив что

...
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;

Сбросьте пожалуйста ссылку на соответствующую литературу

[Yurii]

">>>>>>>>>> Convergence criterion not met."
Возможно, это поможет: IOp(5/13=1)

[Гесс]

К этой же теме: непонятно,что значат подобные цифры:

6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;

Сбросьте пожалуйста ссылку на соответствующую литературу

Это перевод ключевых слов из предыдущей строки в понятные машине IOPы. IOPы можно также задавать самому в строке ключей, как например выше написал Yurii.
Строка 6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1 читается как
IOP(6/7=2) Do not print any MOs.
IOP(6/8=2) Do not print Density matrix (default)
IOP(6/9=2) Do not print Full Populational analysis
IOP(6/10=2) Do not print Gross orbital charges
IOP(6/19=2) Whether to rotate exact polarizability before comparing with approximate (which will be calculated in the standard orientation). Exact is already in z-matrix orientation, so rotate.
IOP(6/28=1) Mark SCF density as current density - Yes

Расшифровка IOPов взята из http://www.gaussian.com/g_tech/g_iops/iops2.pdf
От греха подальше приложу.

iops2.pdf

В конце есть оглавление.
Первая цифра строки или отдельного иопа - номер оверлея к которому он относится. По Оверлеям было расписано в КХ Тима Кларка, которая есть на русском.

[Брунгильда]

Спасибо.