Теоретический ИК спектр

[Rupreht]

Подскажите пожалуйста, имеются результаты расчета молекул в гауссиане, в результате так же получен теоретический ИК спектр, визуально можно провести отнесение частот к типу колебания в гаусвью. Но, как можно определить (оценить) вклад данного типа колебаний на суммарный пик поглощения?

[VTur]

Нужно брать производную от частоты этого колебания по силовым постоянным всех координат и смотреть вклад. Вроде, в каких-то пакетах это реализовано. Типа внутренний колебательный анализ. Не помню. Посмотрите ГАМЕСС.

[Rupreht]

А можно чуточку подробней, а то я знаю про гамесс только по наслышке?!

[amge]

как можно определить (оценить) вклад данного типа колебаний на суммарный пик поглощения?

Немного непонятно, что Вы имеете в виду. Суммарный пик поглощения - это неразрешенный пик (как в реальном спектре), в котором наложились несколько отдельных нормальных колебаний? Или это пик одного единственного сложного нормального колебания, а определить требуется вклад колебательного движения отдельного фрагмента?

[Rupreht]

Именно оценить вклад в неразрешенный пик частоты конкретного колебания.

[amge]

Тогда почему не отношение интенсивности конкретного колебания к сумме интенсивностей всех колебаний, попадающих в неразрешенный пик?

[VTur]

Именно оценить вклад в неразрешенный пик частоты конкретного колебания.

А! Я понял немного по-другому. Но, если будет полезно, Глава 8, параграфы 1-3

Коптев Расчет колебаний молекул.pdf

[Rupreht]

спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

[VTur]

спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

Ну, тогда, я понял правильно. Читайте ту книгу, что я подгрузил.

В ГАМЕССе это как-то реализовано

[Гесс]

спасибо, но у меня несколько другой вопрос, извините за неполноту формулировки. Дело в том, что лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота. Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

[Rupreht]

Ну, тогда, я понял правильно. Читайте ту книгу, что я подгрузил.

В ГАМЕССе это как-то реализовано

Книга хорошая, не спорю, но она не отвечает на мой основной вопрос, как это сделать (так, чтобы, извините, не вручную сидеть и пересчитывать интенсивности и.т.п.).
Повторюсь, расчеты проводил в гауссиан, логи уже есть со спектрами, соответственно можно ли этот лог открыть, допустим в гамесс и получить то что я хочу.
А то пардон, получается что я спрашиваю как сварить сардельку, а мне начинают рассказывать об основах животноводства.

[VTur]

В ГАМЕССе пересчитывать не хотите?

Сделайте рестарт в ГАУССИАНЕ с freq(readfc,InternalModes). Но конкретизацию выдачи нужно смотреть в каких-то статьях по этому поводу.

[Rupreht]

Пересчитывать не особенно хочется, т.к. время поджимает.

Спасибо за совет, попробую (подскажите только как сделать рестарт), банально запустить расчет этого же файла или указывать ещё доп параметры для рестарта (ну помимо, разумеется, того что Вы советовали)?

[VTur]

В директорию Scratch помещаете тот же chk файл и пишите
%chk=тотжеchk
# freq(readfc,InternalModes) int=ultrafine geom=allcheck guess=read
За секунду пересчитается

[ Post made via Android ]

[amge]

лог полученный из гауссиана я могу посмотреть в гаусвью или химкрафте и так же визуализировать ИК спектр. Но отнести какую то полосу к определенному типа колебаний я могу только визуально. А хотелось бы, чтобы было что то вроде таблицы в которой указан тип колебаний и его частота.

Может, пригодится: молден рисует интерактивный спектр - тыкаешь в нем на какую-нибудь полосу, и он визуализирует колебание и показывает соответствующую строчку в таблице частот.

Ну и хорошо бы чтоб при этом выводился вклад этого колебания в неразрешенный пик. В общем тут больше софтовые проблемы)

Думаю, что готового софта, который делает все это, просто не существует: слишком узкоспециальная задача (если я правильно ее понимаю). Но могу легко написать скрипт, которому указываешь интервал частот, а он парсит лог и печатает частоты, попадающие в этот интервал, и их вклады.

[Rupreht]

Посмотрите софт в приложении. запускается через командную строку. Пишем:FtirF.exe name.log
Есть ли альтернатива данной программе?

не смог добавить как вложение, вот ссылка на яндекс диск http://yadi.sk/d/4no_ZejFNXzsp

[VTur]

Rupreht, вы пересчитали спектр во внутренних координатах Гауссиана? Там должны быть вклады от координат

[ Post made via Android ]

[amge]

Rupreht, помните, я спрашивал, что же Вы хотите анализировать:
- неразрешенный пик (как в реальном спектре), в котором наложились несколько отдельных нормальных колебаний?
- или пик одного единственного сложного нормального колебания, а определить требуется вклад колебательного движения отдельного фрагмента?
Тогда Вы выбрали 1-й вариант. А сейчас интересуетесь программой, которая отвечает на 2-й вопрос. В итоге я окончательно запутался, что нужно.

Есть ли альтернатива данной программе?

Насколько я понимаю, именно ее и предлагает VTur.

[Rupreht]

Извиняюсь, сам уже запутался. Первый вариант можно сделать и в гаусвью, второй вариант сложнее и он то в основном и вызывал вопрос. Ситуация более менее прояснилась. Спасибо

[amge]

второй вариант сложнее и он то в основном и вызывал вопрос.

Нечто родственное обсуждалось: viewtopic.php?f=11&t=49893