TD DFT
TD DFT
Уважаемые форумчане, дошли руки до TD DFT. Но как обычно, первый блин комом:) Помогите разобраться, что я не правильно сделал, чтобы запустить TD DFT расчет.
Re: TD DFT
до TDDFT и не дошло, все упало еще на SCF. Можно попробовать для очистки совести какой-нибудь стандартный базис из числа вшитых, т.к. я даже не очень понимаю, почему оно упало (точнее, если бы дело было на Чебышеве, то для него это вполне естественно, но в общем случае даже не знаю).
ЗЫ Посмотрел на саму модель - а Вы ее оптимизировали же, да? И SCF там сходилось, все хорошо было?
ЗЫ Посмотрел на саму модель - а Вы ее оптимизировали же, да? И SCF там сходилось, все хорошо было?
Make quantum chemistry, not war
Re: TD DFT
Еше не разу не приходилось считать переходные состояния. Все больше геометрия и NBO анализ. Да структура оптимизирована (аналогичный базис, только функционал М11) и все отлично сходится. Как Вы знаете Def2-SVP, аналогичен 6-31G(p). Думаете в базисе дело?
Re: TD DFT
Нет, просто это было единственное, на что гамесс хоть как-то ругнулся перед тем, как упасть. Это переходное состояние, да? Как вариант- можно взять волновую функцию из оптимизации и попробовать посчитать с ней как с начальным приближением. Ну или взять функционал, с которым задача сходилась. Но не знаю, если это переходное состояние, вполне возможно косяк с вырождением, например.
Make quantum chemistry, not war
Re: TD DFT
Возьмите в качестве начального приближения веки DFT расчета из dat файла (RUNTYP=ENERGY), и вставьте в конце TDDFT inp файла.
Потребуется строка $guess guess=moread norb=n $end где n это количество МО или количество строк в $VEC <> $END группе.
DIIS=.T. DAMP=.T. SHIFT=.T. - вот это всё мне кажется тут не нужно максимум SHIFT можно оставить, но попробуйте сначала без него.
Потребуется строка $guess guess=moread norb=n $end где n это количество МО или количество строк в $VEC <> $END группе.
DIIS=.T. DAMP=.T. SHIFT=.T. - вот это всё мне кажется тут не нужно максимум SHIFT можно оставить, но попробуйте сначала без него.
Re: TD DFT
А у Вас правда комплекс с Zn0, не с Zn2+? Задачи бывают разные, конечно. Но тогда меня не удивляет, что B3LYP отказывается сходиться, металлические кластеры он совсем не любит.
Re: TD DFT
Комплекс Zn(II). Вы думаете от этого зависит сходимость или лучше функционал поменять?
[ Post made via iPhone ]
[ Post made via iPhone ]
Re: TD DFT
Не, имелось, видимо, в виду, какой заряд должен быть у всего этого комплекса? Пока что он нулевой, это правильно? Лиганды заряженные?
Make quantum chemistry, not war
Re: TD DFT
А, прозевал, лиганды заряженные, так что с зарядом ОК. Но падает без диагностики, не ограничение ли это по времени? По TIMLIM диагностика всё же должна быть, а система очередей прибивает обычно так, с информацией только в stderr. На вид со сходимостью ведь всё неплохо.
И симметризовать бы это к D2 группе, к которой довольно близко, - сильно бы сэкономило время.
И симметризовать бы это к D2 группе, к которой довольно близко, - сильно бы сэкономило время.
Re: TD DFT
Да, лиганды заряженные, а комплекс нейтрален. Вы думаете стоит попробовать симметрию D2? Просто я их все время С1 рассчитываю.
[ Post made via iPhone ]
[ Post made via iPhone ]
Re: TD DFT
Использование симметрии упростит задачу, но если есть какая то проблема с ССП процедурой она никуда не исчезнет.AlexKsen писал(а):Да, лиганды заряженные, а комплекс нейтрален. Вы думаете стоит попробовать симметрию D2? Просто я их все время С1 рассчитываю.
[ Post made via iPhone ]
Попробуйте увеличить timlim и сделать те манипуляции, что писал выше. Использование начального приближения с DFT расчета мне кажется должно помочь.
Ещё вопрос не по теме: асимметрия комплексов снимает запрет на электронные переходы. Как повлияет использование симметрии на расчет спектров люминесценции (напр комплексов РЗЭ?)
Re: TD DFT
Учел все Ваши замечания. Расчет запустился нормально, но все равно слетел! Посмотрите, пожалуйста, в чем ошибка.
Re: TD DFT
Как я говорил ССП процедура сошлась нормально за 16 иттераций на этот раз вылет при расчете возбужденных состояний - вам просто не хватает памяти, будьте внимательны (требует 320 миллионов слов). Если вы в первый раз считаете TDDFT, то помните он более затратен.
П.С. Вы всё таки не изменили настройки в группе $SCF и не задали NORB в $GUESS. Но раз он сошёлся то все нормально.
П.С. Вы всё таки не изменили настройки в группе $SCF и не задали NORB в $GUESS. Но раз он сошёлся то все нормально.
Re: TD DFT
DIIS=.T. по умолчанию, его что убрать, что не убирать. На Чебышеве у меня Гамесс иногда просто так падает, звезды не так сложились, бывает. Может и здесь то же самое.Fanfate писал(а):Как я говорил ССП процедура сошлась нормально за 16 иттераций на этот раз вылет при расчете возбужденных состояний - вам просто не хватает памяти, будьте внимательны (требует 320 миллионов слов). Если вы в первый раз считаете TDDFT, то помните он более затратен.
П.С. Вы всё таки не изменили настройки в группе $SCF и не задали NORB в $GUESS. Но раз он сошёлся то все нормально.
По поводу памяти: надо либо mwords задать что-нибудь типа 350, либо, если столько нет, то пытаться либо уменьшать MAXVEC (по дефолту 50), либо уменьшать NSTATE. Из этого лога можно прикинуть, сколько один вектор весит: требуемое количество памяти делить на MAXVEC*NSTATE. Плохие новости в том, что если векторов будет мало, то тд-дфт расчет может не сойтись даже до дефолтных критериев сходимости. Короче, играйтесь)
Make quantum chemistry, not war
Re: TD DFT
Там и так NSTATE 5 поэтому его точно лучше не понижать. А вот MAXVEX можно до 10 ниже сделать и потом просто ещё раз запустить скопировав $TDVEC (или как их там) и соответствующий флажок в $TDDFT (надо инструкцию глянуть, помню ток для $CIS RDCISV=.T.)Shorku писал(а):По поводу памяти: надо либо mwords задать что-нибудь типа 350, либо, если столько нет, то пытаться либо уменьшать MAXVEC (по дефолту 50), либо уменьшать NSTATE. Из этого лога можно прикинуть, сколько один вектор весит: требуемое количество памяти делить на MAXVEC*NSTATE. Плохие новости в том, что если векторов будет мало, то тд-дфт расчет может не сойтись даже до дефолтных критериев сходимости. Короче, играйтесь)
Но вообще это не так много даже для персонального компьютера: 1 гБ RAM примерно равно 125 миллионам слов. то есть 4 гб хватит вполне.
Что касается кластера, то стоит сначала проверить задачу EXETYP=CHECK сколько она всего потребует и запустить по минимуму.
Скажите пожалуйста, что это за базис меня смущают водороды коэффициенты поляризационных функций такие же как у азота и углерода. (Обычно не так)
Re: TD DFT
Спасибо всем за советы. Попробую все учесть. Базис Def2-SVP
[ Post made via iPhone ]
[ Post made via iPhone ]
Re: TD DFT
Че то некрафтится каменный цветок: вторая колонка не соответствует тому что предлагает bse.pnl.gov ни для водорода ни для углерода.AlexKsen писал(а):Базис Def2-SVP
Или это фишка Гамесса?
Re: TD DFT
Всем большое спасибо за помощь!
Re: TD DFT
Коллеги, я опять к Вам за советом. Взгляните, пожалуйста, почему слетел расчет! И подскажите, что с этим можно сделать. Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: TD DFT
Памяти точно хватает? top на нодах смотрели?
Недавно столкнулись с ситуацией, когда гамесс вылетал из-за отжирания памяти, превышающее лимит, заданный через qsub. При этом в output-файле не было даже намека на нехватку памяти.
Недавно столкнулись с ситуацией, когда гамесс вылетал из-за отжирания памяти, превышающее лимит, заданный через qsub. При этом в output-файле не было даже намека на нехватку памяти.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей