[Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

[AK-87]

Допустим, нам нужно получить картинки молекулярных орбиталей в программе gOpenMol исходя из результатов расчетов в Gaussian. Почему именно в gOpenMol? Да, есть много других программ (Gabedit, Avogadro, Jmol наконец), в которых картинки можно сделать гораздо быстрее и проще. Но... не красивее. Количество настроек изображения в gOpenMol превосходит другие известные мне программы. Можете предложить получше? Милости просим.
Итак, по шагам:
1) Подготавливаем .fchk-файл. Для этого нужен .chk-файл.

Код: Выделить всё

formchk 1.chk

Для gOpenMol-2.32 нужен fchk-файл, сделанный в Gaussian 03. Файл, полученный после расчета в 9-м гауссиане приводит к зависанию сей древней программулины.
2) Запускаем gOpenMol и открываем Tools>Plugins>FCHK Handling. В открывшемся окне жмем Browse и выбираем наш .fchk-файл. Затем нажимаем кнопку Load. Получаем вот такое:

fchk.png

3) Выставляем все 3 Grid Parameters на 60 (для более гладких поверхностей). Нажимаем Reset Grain.
4) Ставим точку напротив Use selected orbital и выбираем нужную орбиталь. Звездочкой в списке обозначаются заполненные орбитали (внезапно). Список отсортирован по возрастанию энергии. Затем нажимаем Calculate Grid.
Этот пункт можно повторить столько раз, сколько орбиталей нам нужно отобразить для данной молекулы.
5) Закрываем окно, нажав кнопку Dismiss.
6) Изменим цвет фона в окне со структурой на белый. View>Background color>Color. Выбрать белый и нажать ОК.
7) Изменим стиль отображения молекулы на "balls and sticks". View>Atom type (Внезапно). В открывшемся окне выбираем Licorice. Поменяем толщину цилиндров связей на 0.15 в поле Cyl. rad. Нажмем Apply и закроем окно.
Наконец, приступим к отображению орбитали. Plot>Contour. Откроется вот такое окно:

contour.png

Орбитали будут отображаться в верхнем списке. Выберем одну из них.
9) В окне Define contour levels поставим две величины в первой и второй строке. Для этого случая подходящими оказались 0.04 и -0.04.
10) Выберем цвета для положительных и отрицательных областей. Мне нравятся темно-синий и серый.
11) Нажмем Apply.

mo-1.png

12) Еще не все, придется попотеть. Нажмем кнопку Details... возле строки со введенным числом в окне Define contour levels и в появившемся окне выставим настройки так, как на картинке:

contour_details.png

13) После ввода настроек в каждом маленьком окне нажмем Apply и закроем окно. Повторим ту же операцию для второй строки.
14) Почти готово. Теперь расположим нашу молекулу так, как нужно для финального изображения. Помним, что 3D-вращения производится с нажатой левой кнопкой мыши, масштабируем с нажатой правой, а вращаем в плоскости с нажатым колесиком. Размер полученного файла будет совпадать с размером экрана, так что сделаем молекулу как можно больше. Если нужно центрировать структуру, выбираем Edit>Rotate/Translate и в появившемся окне переместим молекулу на нужное расстояние по нужной оси в разделе Translation.
15) Сохраним изображение. File>Hardcopy... Выбираем BMP, указываем имя и расположение файла, нажав кнопку Browse и сохраняем нажатием Apply.
Готово. Вы восхитительны!

homo_h2o.png

Для удаления отображенной орбитали удалим 0.04 и -0.04 в окне Contour Control и нажмем Apply. Затем поставим точку напротив следующей орбитали и повторим пункты 9-15.

[Гесс]

Для gOpenMol-2.32 нужен fchk-файл, сделанный в Gaussian 03. Файл, полученный после расчета в 9-м гауссиане приводит к зависанию сей древней программулины.

То есть синглпоинт должен быть из третьего гауссиана или достаточно formchk использовать древний? Или formchk с годами не менялся?

[surius]

Или formchk с годами не менялся?

вот .fchk они слава богу не трогали, совсем, и fchk от G98 вы можете его хоть сейчас скормить G09

[AK-87]

То есть синглпоинт должен быть из третьего гауссиана или достаточно formchk использовать древний? Или formchk с годами не менялся?

Код: Выделить всё

 Read checkpoint file h2o.chk
 Write formatted file h2o.fchk
 Operation on file out of range.

Такое получается, если chk из G09 насиловать formchk`ом G03, и наоборот. По-видимому, утилиту переписали при переходе на новую версию Гаусяна.

Код: Выделить всё

 diff formchk /opt/g03/formchk
Binary files formchk and /opt/g03/formchk differ