IB писал(а): ↑Ср фев 15, 2017 5:51 pm
Предлагаю сосредоточиться пока только на протонах.
Ну с протонами как таковыми всё ясно -- они практически не рассеивают рентген и хорошо рассеивают нейтроны, поэтому найти в структуре голый протон можно только нейтронографически. Другое дело, что голый протон -- теоретическая абстракция, да и не будет он голый локализован.
Если говорить об атоме водорода, то в соединении он всегда представлен более или менее локализованным протоном и электронной плотностью, сильно делокализованной за счёт участия в связях. На этой достаточно слабой и сильно делокализованной электронной плотности нейтроны сколько-нибудь заметно не рассеиваются, поэтому в нейтронографии и говорят об определении позиции протона (фактически, входящего в связанный атом водорода). Электронографически тоже будет определяться фактически положение протона, и именно из-за сильной делокализации электронной плотности водорода, которая не внесёт существенного вклада в рассеяние электронов и определение положения атома водорода.
В случае рентгенометрии определяется именно распределение электронной плотности и виден пик, или наплыв ЭП в области локализации атома водорода. Говорить о том, что максимум пика ЭП есть центр масс атома водорода, конечно, нельзя. Больше того, часто этот наплыв ЭП не имеет собственного максимума и проявляется как плечо на более сильном пике, который отвечает положению неводородного атома. Именно поэтому при уточнении структуры часто приходится накладывать ограничения на положение атомов водорода -- обычно на расстояние от атома, с которым водород связан. Расстояние это определяется из прочих соображений, по существу -- из теории химсвязи и статистики по известным структурам. Конечно, говорить о корректности определения координат атома водорода в этом случае нельзя, т.к. какое уж там определение, когда водород привязан, как коза на верёвке. Но за неимением лучшего, по крайней мере, по наличию пика ЭП можно достоверно сказать, что водород там есть. А его положение определяется ещё и по геометрическим соображениям и возможности образования водородных связей.
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.