TDDFT GAMESS
TDDFT GAMESS
Всем привет.
Столкнулся с проблемой, все время слетает TDDFT расчет. Из ошибки видно, что не хватает памяти. Однако, как я понял из собственного опыта, больше 500 MW на кластере MBC 100K задать я не могу. Помогите найти способ решения возникшей проблемы.
Спасибо.
Столкнулся с проблемой, все время слетает TDDFT расчет. Из ошибки видно, что не хватает памяти. Однако, как я понял из собственного опыта, больше 500 MW на кластере MBC 100K задать я не могу. Помогите найти способ решения возникшей проблемы.
Спасибо.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: TDDFT GAMESS
Как я понимаю, никто не знает, как помочь с этим вопросом. Может у кого-нибудь имеются в данный момент свободные ресурсы и время, чтобы поставить TDDFT. Однако, понимая, что это слишком нагло, я не ожидаю положительного ответа:)))
Re: TDDFT GAMESS
В принципе, можно попробовать уменьшить количество используемых процессоров, перераспределив память между ними. Я не специалист в GAMESS, но, по-моему, вы забыли указать значение MEMDDI, которое отвечает за распределение памяти между узлами, не исключено, что именно там и кроется ошибка. Быть может, MEMDDI=1300 MWORDS=260 исправят дело, и не придется клянчить ресурсы, имея аж 16 узлов на МВС. Столько есть мало у кого.
Re: TDDFT GAMESS
У гамесса очень специфичный формат задачи памяти, там помнится два кейворда, один отвечающий за память на процесс а другой за память вцелом причем жти две памяти кажется независимы и в разных типах расчетах они требуются по разному. Вообщем очень загадочная комната с швабрами.
Re: TDDFT GAMESS
mizuchi, спасибо за совет. Однако, MEMDDI не помогло решить проблему
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: TDDFT GAMESS
Тогда попробуйте сократить число процессоров до 48 (3 ядра на узел) и выставить MEMDDI=1600 MWORDS=1300. Если и это не поможет, сокращайте размер задачи.
Re: TDDFT GAMESS
mizuchi, ок, сейчас попробуем. Однако, размер задачи уже уменьшен до нельзя:)
-
- Сообщения: 191
- Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm
Re: TDDFT GAMESS
насколько я понимаю написанное в мануале - MEMDDI в этом расчете не используется.
Re: TDDFT GAMESS
Тут где-то обсуждалось что оригинальный GAMESS это ведро с гайками с точки зрения кода.
Может попробовать Firefly или Orca?
Может попробовать Firefly или Orca?
Re: TDDFT GAMESS
mizuchi, к сожалению, неудача. Спасибо за совет.
Может есть, кто считает на МСЦ (MBC 100K) в Firefly? Если не жалко поделитесь софтом
-
- Сообщения: 191
- Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm
Re: TDDFT GAMESS
ну, орка с использованием RIJCOSX с этой системой и на 8 ядрах довольно быстро справляется. Результаты правда довольно странные, на первый взгляд, хотя, может быть, для такой молекулы это и закономерно.
с 3-21G совсем ему не хорошо.У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: TDDFT GAMESS
endlesslake, спасибо Вам огромное. Результаты действительно странные. Подскажите, такие маленькие f и большие длины волн - это особенности orca?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 191
- Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm
Re: TDDFT GAMESS
Больше похоже на занижение энергии дальнего переноса заряда в tddft, возможно усиленное континуумным растворителем. Это вроде довольно известная проблема, но в методы борьбы я не вникал.
Там, по крайней мере первые 8 состояний - перенос заряда с комплекса на фуллерены.
Там, по крайней мере первые 8 состояний - перенос заряда с комплекса на фуллерены.
Re: TDDFT GAMESS
для системы фуллерен-линкер-порфирин - перенос заряда это обязательное и очень интенсивное явление.
-
- Сообщения: 191
- Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm
Re: TDDFT GAMESS
Да, вот вроде с range separated функционалом - по приличнее выглядит, на первый взгляд. Но тоже не без странностей. Как то перенос на оба фуллерена одновременно подозрительно выглядит.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: TDDFT GAMESS
endlesslake, спасибо большое. Однако, такой перенос вполне может быть.endlesslake писал(а): ↑Ср май 02, 2018 6:02 pmДа, вот вроде с range separated функционалом - по приличнее выглядит, на первый взгляд. Но тоже не без странностей. Как то перенос на оба фуллерена одновременно подозрительно выглядит.
Re: TDDFT GAMESS
endlesslake, еще раз вы ражую благодарность за проделанную работу. Если Вы не против (напишите в ЛС), то я хотел бы ее выразить Вам в статье.
Re: TDDFT GAMESS
проходя мимо: если не трудно, покажите потом статью. Можно просто "дойку" в этом топике оставить.
Спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: TDDFT GAMESS
С удовольствием.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей