Ну я примерно это же и говорил два сообщения назад. Энергия исходников и барьеры.
Схема расчета одинакова для любого квантмех софта.
Создаете инпут для оптимизации исходного реагента для данной элементарной стадии (то есть молекула и все что с ней будет реагировать в логичной геометрии). Оптимизируете. Сохраняете в эксель значение абсолютной энергии. Проверяете (расчетом частот) что это минимум.
Создаете инпут для оптимизации продукта (разумеется брутто формула системы должна совпадать с бруттоформулой исходника). Оптимизируете. Сохраняете в эксель значение абсолютной энергии. Проверяете (расчетом частот) что это минимум.
Каким либо образом находите переходное состояние. Иногда это очень легко иногда это черная магия. У гауссиана есть утилиты QST2 и QST3 которые иногда облегчают процедуру если у вас корректно идентифицированные минимумы с правильной нумерацией атомов. В некоторых случаях удобнее проводить релаксированный скан по приниципиальной координате (я предпочитаю этот метод, но это вопрос вкуса и зависит от задачи, кроме того это довольно долго). У некоторого софта (например у DMol3 в Material Studio) есть Elastic Band алгоритм для тех же целей. После оптимизации переходного состояния расчетом частот проверяете что это действительно преходное состояние, а визуализацией колебания что это то переходное состояние что вы ищете.
Повторяете процедуру для следующей элементарной стадии.
По гауссиану примеров инпутов в сети море. Но не забудьте что это платный софт, а пиратская версия сильно ограничит вашу свободу публикации данных.
Весьма интуитивный инпут у ORCA, плюс к ней идет баальшой мануал, сайт с туториалом
https://sites.google.com/site/orcainput ... neralinput и вполне живой и активный форум.
Природа быстра, но по ее использованию в сети полторы старницы.