А давайте сделаем так - вы будете выкладывать свои аутпуты и обьяснять что обозначают использованные вами кейворды, а мы вас за это будем ругатьYeugen2018 писал(а): ↑Вт июн 19, 2018 5:28 pmЯ пока не совсем до конца разобрался как грамотно задавать параметры для расчета, поэтому пробую пока так. И это расчет оптимизации геометрических параметров только одной молекулы. Может подскажите как правильней оформить параметры для DFT-расчета. Ах , и да как проверить что это минимум, расчетом частот. Спасибо!
Взаимодействие молекул
Re: Взаимодействие молекул
Re: Взаимодействие молекул
1. Сильно не ошибетесь, если начнете с оптимизации rhf b3lyp/6-31G* (придет Гесс и скажет, что теперь модно считать с другим функционалом плотности, но как начальное приближение скорее всего сойдет)
2. у Вас есть ключ freq - это расчет частот, как Вы, наверное, знаете. Надо посмотреть в логе, есть ли среди них отрицательные. Если нет, то это минимум. Если искать лень, то визуализаторы типа Chemcrafta умеют выводить все частоты (возможно, Авогадро тоже умеет)
PS пока писал, Гесс уже пришел
2. у Вас есть ключ freq - это расчет частот, как Вы, наверное, знаете. Надо посмотреть в логе, есть ли среди них отрицательные. Если нет, то это минимум. Если искать лень, то визуализаторы типа Chemcrafta умеют выводить все частоты (возможно, Авогадро тоже умеет)
PS пока писал, Гесс уже пришел
Make quantum chemistry, not war
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Сразу выдало ошибку.
Что-то я делаю не так! Не подскажите?
Что-то я делаю не так! Не подскажите?
Re: Взаимодействие молекул
Название базисного набора написано неправильно. Def2svp надо, кажется.
Make quantum chemistry, not war
Re: Взаимодействие молекул
да, привычка из других пакетов и публикационное название.
У гауссиана все не как у людей.
Но можно и b3lyp/6-31G*
У гауссиана все не как у людей.
Но можно и b3lyp/6-31G*
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
И пока считается..., можно вопросик. А как, на будущие, можно было-бы аргументировать выбор базиса B3LYP/Def2svp, или где можно поискать такую информацию. Спасибо!
Re: Взаимодействие молекул
Если все прыгают с крыши, то аргументация, почему и Вы тоже это делаете, не требуется. Это самый общеупотребительный вариант, миллиард жителей Индии одобряет =)
Make quantum chemistry, not war
Re: Взаимодействие молекул
B3LYP это функционал а не базис. Он бешено популярен, очень удачный как минимум для классической органики, но пихают его везде. Там весьма удачная взаимокомпенсация ошибок и несмотря на его возраст перебить его не так просто (в его ценовой категории). Дальше его качество можно еще несколько повысить использованием дисперсионных поправок, но пока вам это еще не актуально. Кроме практической удачности его позитивной стороной является использование всего 3 эмпирических параметров причем весьма "глубоких", то есть не привязанных к конкретным атомам или соединениям. Функционалы с большим количеством эмпирических параметров есть (это например все Минесотовские функционалы (наиболее популярен M06) и BEEF), но у них есть свои особенности (а писать полстраницы про интегральную сетку и численную нестабильнгость мне лень). Есть и функционалы вовсе без эмпирических параметров, например PBE, который тоже очень удачен и даже дешевле чем B3LYP (потому что B3LYP это гибридный функционал а PBE - GGA, а что такое "гибридный функционал" это вы нам расскажите), но PBE довольно специфично вызывается в гауссиане (PBEPBE, впрочем под этим именем его предпочитают физики) поэтому я решил не создавать лишних сложностей.
Def2svp - это весьма дешевый double-zeta базисный набор (что такое double-zeta было бы интересно узнать у вас). По цене и качеству сопоставим с 6-31G* или возможно 6-31+G* (лень искать), он несколько меньше чем cc-pVDZ но тот и задумывался под несколько другие цели (хотя можно и в DFT). Для получения точных энергий его маловато но для оптимизации вполне.
Комбинацию B3LYP/def2-svp Я использовал регулярно (когда работал с молекулярными системами, правда для несколько бОльших систем), а тут я так понимаю гауссиан на винде - расчеты на домашней персоналке - сильно не разгуляешься.
в принципе любые DFT функционалы совместимы с любыми базисами и технически - с любыми задачами (однако скажем IGLO базисы нацелены на весьма узкий круг задач и выносить их из этого круга - моветон).
Def2svp - это весьма дешевый double-zeta базисный набор (что такое double-zeta было бы интересно узнать у вас). По цене и качеству сопоставим с 6-31G* или возможно 6-31+G* (лень искать), он несколько меньше чем cc-pVDZ но тот и задумывался под несколько другие цели (хотя можно и в DFT). Для получения точных энергий его маловато но для оптимизации вполне.
Комбинацию B3LYP/def2-svp Я использовал регулярно (когда работал с молекулярными системами, правда для несколько бОльших систем), а тут я так понимаю гауссиан на винде - расчеты на домашней персоналке - сильно не разгуляешься.
в принципе любые DFT функционалы совместимы с любыми базисами и технически - с любыми задачами (однако скажем IGLO базисы нацелены на весьма узкий круг задач и выносить их из этого круга - моветон).
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах: Учебное пособие. - Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004.- 150 с.:
Yeugen2018 писал(а): ↑Вт июн 19, 2018 6:11 pmИ пока считается..., можно вопросик. А как, на будущие, можно было-бы аргументировать выбор базиса B3LYP/Def2svp, или где можно поискать такую информацию. Спасибо!
Re: Взаимодействие молекул
Yeugen2018, и таки что Вы хотите этим сказать?
Make quantum chemistry, not war
Re: Взаимодействие молекул
не, он таки успешно нагуглил то что я хотел послушать, это хорошо, одними советами на форуме сыт не будешь рано или поздно (рано-рано) придется переходить на думание своей головой и осознание того что делаешь, так что знакомство с литературой это очень хорошо. Литература правда судя по ЭВМ - из прошлого столетия но это не беда.
P.S. А, не, заметил, 2004ый. Ну ЭВМ так ЭВМ.
P.S. А, не, заметил, 2004ый. Ну ЭВМ так ЭВМ.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Доброе утро!
Вот что получилось (расширение txt надо заменить на out):
Эти частоты указывают на рассчитанный минимум HF=-1150.177674?
Вот что получилось (расширение txt надо заменить на out):
Код: Выделить всё
Mode Freq IR
1 30,30 1,8871
2 41,95 2,4259
3 51,98 3,8009
4 80,12 1,4088
5 120,25 3,2273
6 143,51 0,7577
7 162,76 6,7192
8 184,44 5,9343
9 199,22 4,6104
10 253,84 7,7235
11 284,90 1,0787
12 306,99 17,3847
13 315,83 45,0672
14 329,37 22,0422
15 344,70 19,6067
16 353,30 9,2779
17 419,42 0,0106
18 472,52 1,1373
19 475,74 21,8924
20 522,04 2,3884
21 559,92 23,3642
22 572,09 18,9699
23 609,01 6,7562
24 632,71 0,3275
25 671,87 29,9491
26 676,95 45,8484
27 704,12 7,7959
28 721,71 16,3262
29 723,94 42,9950
ЗО 733,40 26,3533
31 742,51 0,6508
32 804,72 126,3393
33 808,20 23,0632
34 878,96 0,0773
35 955,39 56,6759
36 973,16 2,3070
37 1002,87 120,9335
38 1014,66 0,1065
39 1024,17 0,1369
40 1036,98 0,2396
41 1050,77 3,9048
42 1096,15 14,0729
43 1107,19 15,8180
44 1158,86 126,4014
45 1165,53 10,0273
46 1169,64 0,4240
47 1191,47 13,2945
48 1290,49 7,4610
49 1301,10 2,3297
50 1319,00 12,6332
51 1325,86 173,8344
52 1342,23 15,8121
53 1363,12 6,4695
50 1319,00 12,6332
51 1325,86 173,8344
52 1342,23 15,8121
53 1363,12 6,4695
54 1365,57 2,1614
55 1450,61 4,4299
56 1459,43 9,3461
57 1471,38 24,0953
58 1497,23 49,2114
59 1507,77 40,5643
60 1558,17 1,4007
61 1635,20 0,0535
62 1662,62 7,5083
63 1666,23 21,8654
64 1675,85 6,6496
65 1803,22 255,6821
66 3172,15 0,1982
67 3182,88 16,3885
68 3194,88 22,0405
69 3218,01 2,4745
70 3235,72 6,2882
71 3445,00 61,5720
72 3485,44 9,3714
73 3514,16 30,2886
74 3532,22 24,1774
75 3577,05 12,0854
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Взаимодействие молекул
Доброе, именно так, мнимых частот нет, все ок, это минимум.
Make quantum chemistry, not war
Re: Взаимодействие молекул
Или можно найти в архивной секции NImag=0 что обозначает что Number of Imaginary frequences равно 0
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Да, нашел.
Прогнал по этим же параметрам, бензальдегид. Получил HF=-345.3248398, NImag=0. Рассчитываю возможные интермедиаты и продукты реакции (учитываю брутто интермедиатов и продуктов реакции).
Прогнал по этим же параметрам, бензальдегид. Получил HF=-345.3248398, NImag=0. Рассчитываю возможные интермедиаты и продукты реакции (учитываю брутто интермедиатов и продуктов реакции).
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Пока считаются продукты, возникла проблема. Брутто интермедиатов не сходится с продуктом, так как в результате отщепляется молекула воды, и реакция проходит в кислой среде (наличие Н+). Может есть идея как выйти из этой ситуации? Или считать молекулу воды как продукт, а Н+ как реагент и продукт? Или как катализатор? Тогда другой вопрос, как это нарисовать и просчитать? Пошел изучать литературу....
Re: Взаимодействие молекул
Суммарная энергия образования продуктов и суммарная энергия образования исходников.
Если у вас протон и слева и справа то его суммирование ничего не меняет. Кстати - как вы думаете - чему равна энергия протона в вакууме?
Если у вас протон и слева и справа то его суммирование ничего не меняет. Кстати - как вы думаете - чему равна энергия протона в вакууме?
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Спасибо, понял!
Правда не знаю подходит базисный набор Def2svp для такого расчета.
Не нашел данной информации, но особо, и не искал. Но поскольку начал заниматься этим не легким делом решил просчитать по аналогии и вот ... HF=-0.5012589, NImag=0
Правда не знаю подходит базисный набор Def2svp для такого расчета.
Re: Взаимодействие молекул
Эммм. А как вы это считали? Интересует инпут, ну или хотя бы строка заряд/мультиплетность.
Эту информацию не надо искать, достаточно подумать что такое это HF= и из чего оно состоит.
Эту информацию не надо искать, достаточно подумать что такое это HF= и из чего оно состоит.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 56 гостей