Спасибо!!! Теперь понятно...Гесс писал(а): ↑Чт июл 19, 2018 9:54 amвизуализатор получает из файла исключительно координаты атомов (окей, из аутпутов иногда еще вектора их колебаний, силы и заряды).
Наличие связей между атомами, их размер, цвет и тому подобное это собственное решение визуализатора (которое вы обычно можете модифицировать). В ДФТ вообще нет понятия "связь", и атомы просто плавают в общем океане электронной плотности. Понятие "химическая связь" вообще очень запутанное и на эту тему можно говорить часми. Поэтому палочки между шариками рисуются исключительно из соображений расстояния между этими шариками. Иногда во внимание принимаются углы этих палочек между собой и традиционное количество палочек которое должно отходить от шарика конкретного атома. Безусловно наличие прорисованных связей существенно облегчает восприятие молекулы, но со стороны расчета это абсолютно нулевая информация - она никак не влияет на энергию молекул или другие свойства (несколько обособленно стоит AiM Бейдера но это совсем другая история). В кемкрафте наличие и тип связи вы можете варьировать во вкладке Tools - Chemcraft incorrectly identifies bonds in the molecule?
Взаимодействие молекул
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Error termination request processed by link 9999
Опять не получается...
Опять не получается...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
От я валянок, не добавил NoEigenTest, пробую еще раз...Yeugen2018 писал(а): ↑Чт июл 19, 2018 12:36 pmError termination request processed by link 9999
Опять не получается...
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Какой-то "черный день". А не подскажите как продолжить работу Gaussian с того же места если выключился компьютер?
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Добрый день!
Вот что получилось (система реагентов, два переходных состояния) Система реагентов HF=-1535.1987389, ПС1 HF=-1535.138371 и ПС2 HF=-1534.756691. Система продуктов пока оптимизируется. Подскажите, а этих данных будет достаточно для построения кривой потенциальной энергии и поверхности потенциальной энергии? И еще это делается тоже в Gaussian или нужна какая-то другая программа?
Вот что получилось (система реагентов, два переходных состояния) Система реагентов HF=-1535.1987389, ПС1 HF=-1535.138371 и ПС2 HF=-1534.756691. Система продуктов пока оптимизируется. Подскажите, а этих данных будет достаточно для построения кривой потенциальной энергии и поверхности потенциальной энергии? И еще это делается тоже в Gaussian или нужна какая-то другая программа?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Взаимодействие молекул
Ну эти два переходных состояния сложно сравнивать, у них разная брутто формула (на один протон), что довольно заметно уже из их энергий.
А геометрия "исходника" не относится к переходному состоянию (зуб не дам но почти уверен, можно проверить по IRC).
Нет, из этих данных профиль реакции не построишь. Нет, профиль реакции строят просто в экселе или на бумажке, исходя из энергий.
А геометрия "исходника" не относится к переходному состоянию (зуб не дам но почти уверен, можно проверить по IRC).
Нет, из этих данных профиль реакции не построишь. Нет, профиль реакции строят просто в экселе или на бумажке, исходя из энергий.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Доброе утро!
Вот что получилось при проверке IRC (как по мне так то что надо, следующий этап отщепление воды) и оптимизации продуктов реакции
Вот что получилось при проверке IRC (как по мне так то что надо, следующий этап отщепление воды) и оптимизации продуктов реакции
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Вот продукты:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
С учетом только одного переходного состояния (HF=-1535.138371), реагентов (HF=-1535,1987389) и продуктов (HF=-1535,2051554, было принято за 0) получился такой график (брутто всех этапов совпадает)
Так правильно? В данном случае это и есть барьер 41,90 ккал/моль?
Так правильно? В данном случае это и есть барьер 41,90 ккал/моль?
Re: Взаимодействие молекул
Технически скорее всего все правильно (я не смотрел последние файлы).
Практически мы вернулись к тому о чем amge говорил несколько страниц назад - слишком высокий барьер.
Практически мы вернулись к тому о чем amge говорил несколько страниц назад - слишком высокий барьер.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
То есть надо добавлять молекулу воды для переноса протона? Повторюсь наверное, я могу сравнить такие высокие барьеры в этих условиях (одинаковых), для того чтобы посмотреть какая реакция менее энергетически затратная? И еще, для построения профиля реакции надо брать переходное состояние с наибольшей энергией?
Re: Взаимодействие молекул
да, вероятно добавление воды сделает барьер реакции ниже.
Условия одинаковые, сравнить формально конечно можно но к практике это имеет отношение очень посредственное. Это как сравнивать сложенного (оригами) зайца с оригами-медведем. Они как бы в одинаковых условиях и их размеры могут как коррелировать с реальными событиями так и не коррелировать.
Для каждой из последовательности реакций надо найти самый низкий барьер, а потом выяснить какой из этих барьеров самый высокий. Вот он и лимитирует вашу реакцию. Для реакций протекающих при умеренном нагревании барьер должен быть ниже 30 ккал/моль, все что выше можно сразу выбрасывать как непротекающее.
Условия одинаковые, сравнить формально конечно можно но к практике это имеет отношение очень посредственное. Это как сравнивать сложенного (оригами) зайца с оригами-медведем. Они как бы в одинаковых условиях и их размеры могут как коррелировать с реальными событиями так и не коррелировать.
Для каждой из последовательности реакций надо найти самый низкий барьер, а потом выяснить какой из этих барьеров самый высокий. Вот он и лимитирует вашу реакцию. Для реакций протекающих при умеренном нагревании барьер должен быть ниже 30 ккал/моль, все что выше можно сразу выбрасывать как непротекающее.
Re: Взаимодействие молекул
Гесс меня опередил . Но я все равно отправлю, раз написал
Убрал кусочек своего текста, который все запутывает.
Каждое ПС имеет свою структуру, отличную от структуры другого ПС. И совершенно не факт, что влияние заместителей на энергию высокоэнергетичного ПС будет таким же, как и на энергию низкоэнергетичного ПС, через которое на самом деле идет реакция. Возможно, будет симбатность, но это еще надо специально доказать.Yeugen2018 писал(а): ↑Ср июл 25, 2018 9:04 amПовторюсь наверное, я могу сравнить такие высокие барьеры в этих условиях (одинаковых), для того чтобы посмотреть какая реакция менее энергетически затратная?
Убрал кусочек своего текста, который все запутывает.
Последний раз редактировалось amge Ср июл 25, 2018 12:02 pm, всего редактировалось 1 раз.
Re: Взаимодействие молекул
Во избежание путаницы.
Я в своем
Amge имеет в виду параллельные варианты протекания одной и той же раеакции.amge писал(а): ↑Ср июл 25, 2018 11:19 amЕсли одна и та же реакция может протекать через несколько ПС, то она (в основном) пойдет через ПС с наинизшей энергией.Yeugen2018 писал(а): ↑Ср июл 25, 2018 9:04 amИ еще, для построения профиля реакции надо брать переходное состояние с наибольшей энергией?
Я в своем
имел в виду последовательность переходных состояний.
Re: Взаимодействие молекул
И опять я не успел (вовремя отредактировать свой пост)
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Вот какое переходное состояние получилось с той-же брутто формулой что и другое переходное состояние. Правда не пойму что будет с связью С1 N2, или может сблизить эти два атома и поискать еще раз это ПС? Что бы сравнить эти два ПС, или для этого есть какие-то методы?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Взаимодействие молекул
Можно еще вопрос по отображению энергии в out файле ПС HF=-1535.138371 а в Сhemcraft min= -1535.1389981 какую энергию использовать в расчетах?
Re: Взаимодействие молекул
Сошедшегося переходного состояния, то есть последнюю точку отображаемую кемкрафтом (последнюю а не минимуальную), или из архивного блока гауссиана.Yeugen2018 писал(а): ↑Пн июл 30, 2018 1:49 pmМожно еще вопрос по отображению энергии в out файле ПС HF=-1535.138371 а в Сhemcraft min= -1535.1389981 какую энергию использовать в расчетах?
Re: Взаимодействие молекул
Хорошее переходное состояние. Не надо его больше переоптимизировать. С тем что у вас было можно сравнивать напрямую.Yeugen2018 писал(а): ↑Пн июл 30, 2018 1:08 pmПравда не пойму что будет с связью С1 N2, или может сблизить эти два атома и поискать еще раз это ПС?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 38 гостей