Править структуру P450 в Spartan-e.
-
- Сообщения: 42
- Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am
Править структуру P450 в Spartan-e.
Приветствую!
Для нужд докинга, требуется навесить кислород, на атом железа, в структуре цитохрома P450BM3:
https://www.rcsb.org/structure/1jpz
Мне посоветовали сделать это в Spartan. Скачал и установил его, но вот править эту структуру никак не выходит.
Будьте добры и ткните меня нуба, как это делается.
Для нужд докинга, требуется навесить кислород, на атом железа, в структуре цитохрома P450BM3:
https://www.rcsb.org/structure/1jpz
Мне посоветовали сделать это в Spartan. Скачал и установил его, но вот править эту структуру никак не выходит.
Будьте добры и ткните меня нуба, как это делается.
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Я не работаю с белками или со спартаном, и мне много чего непонятно в вопросе.
1) спартан это всетаки расчетный код. Если надо воткнуть атом в некоторое место логично это делать в каком то визуализаторе. Можно например в Кемкрафте, он правда железо в структуре опознает как фтор, но достаточно визуализировать Mol3 и будет ясно куда тыкать.
Из софта заточенного под полипептиды мне понравился когда то SwissParam, но у меня его (за ненадобностью) нет установленного поэтому проверить не могу.
2) или таки потом надо переоптимизировать? все на форсфилде или ониом с порфириновыми фрагментами на ДФТ? Тогда возможно спартан имеет смысл.
1) спартан это всетаки расчетный код. Если надо воткнуть атом в некоторое место логично это делать в каком то визуализаторе. Можно например в Кемкрафте, он правда железо в структуре опознает как фтор, но достаточно визуализировать Mol3 и будет ясно куда тыкать.
Из софта заточенного под полипептиды мне понравился когда то SwissParam, но у меня его (за ненадобностью) нет установленного поэтому проверить не могу.
2) или таки потом надо переоптимизировать? все на форсфилде или ониом с порфириновыми фрагментами на ДФТ? Тогда возможно спартан имеет смысл.
-
- Сообщения: 42
- Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Добавил кислород в программе chemcraft, пытаюсь сохранить в формате XYZ, но при открытии haem domainн бообще исчезает. Не понимаю, что я делаю не так...Гесс писал(а): ↑Вс авг 05, 2018 11:25 pmЯ не работаю с белками или со спартаном, и мне много чего непонятно в вопросе.
1) спартан это всетаки расчетный код. Если надо воткнуть атом в некоторое место логично это делать в каком то визуализаторе. Можно например в Кемкрафте, он правда железо в структуре опознает как фтор, но достаточно визуализировать Mol3 и будет ясно куда тыкать.
Из софта заточенного под полипептиды мне понравился когда то SwissParam, но у меня его (за ненадобностью) нет установленного поэтому проверить не могу.
2) или таки потом надо переоптимизировать? все на форсфилде или ониом с порфириновыми фрагментами на ДФТ? Тогда возможно спартан имеет смысл.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Простите, а какой такой докинг вы собираетесь делать, что вам спартан нужен? Чем не устраивает более традиционный код для докинга?
Для модификаций удобно использовать Химеру.
Для модификаций удобно использовать Химеру.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
-
- Сообщения: 42
- Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Докинг делается в автодок вина, а в спартане мне посоветовали добавить кислород к железу.uchebnik fiziki писал(а): ↑Вт авг 07, 2018 3:18 pmПростите, а какой такой докинг вы собираетесь делать, что вам спартан нужен? Чем не устраивает более традиционный код для докинга?
Для модификаций удобно использовать Химеру.
В химере мне не удалось установить кислород на железо. Если вас не затруднит, вы не могли бы подсказать, как конкретно это делается?
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
не то чтобы я в этом разбирался, но если вам нужно иметь на выходе формат читаемый автодоком, причем правильно читаемый, и исходный формат - "правильный" - то сохранять нужно сохраняя максимум исходной инфы и по возможности в том же формате. Сохранение в XYZ явно тупиковый путь, там нет никакой информации о доменах и чем либо еще, там только голые координаты.
-
- Сообщения: 42
- Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Я не нашел опции сохранения в виде.pdb в Кемкрафте =((Гесс писал(а): ↑Вт авг 07, 2018 5:47 pmне то чтобы я в этом разбирался, но если вам нужно иметь на выходе формат читаемый автодоком, причем правильно читаемый, и исходный формат - "правильный" - то сохранять нужно сохраняя максимум исходной инфы и по возможности в том же формате. Сохранение в XYZ явно тупиковый путь, там нет никакой информации о доменах и чем либо еще, там только голые координаты.
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Я подозреваю что вам не просто надо воткнуть атом по координатам но и обозначить его в определенный домен. (Указание на автодок и домены появились после предложения кемкрафта). Я не уверен каким софтом это надо делать. Но посмотрите действительно Chimera и VMD.
- uchebnik fiziki
- Сообщения: 4265
- Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm
Re: Править структуру P450 в Spartan-e.
Не слушайте дурных советов. Делайте всё в MGLTools, при всей их некрасивости все нужные инструменты там имеются.Paul_Atreides писал(а): ↑Вт авг 07, 2018 4:39 pmДокинг делается в автодок вина, а в спартане мне посоветовали добавить кислород к железу.
Только помните, что серьёзного учёта влияния гема в вине, как и в автодоке, нет. Так что если с кислородом ничего не взаимодействует, его можно не добавлять.
Свобода, равенство, братство.
Или смерть.
Или смерть.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 23 гостя